發(fā)布時(shí)間：2018-02-28 16:15

  本文關(guān)鍵詞： 新城疫病毒 一步法RT-PCR 分離 遺傳進(jìn)化分析 基因型　出處：《揚(yáng)州大學(xué)》2017年碩士論文　論文類型：學(xué)位論文

【摘要】：新城疫(Newcastle disease,ND)是由新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)強(qiáng)毒株引起的一種急性烈性傳染病,給養(yǎng)禽業(yè)造成了嚴(yán)重的經(jīng)濟(jì)損失。自1926年以來ND在世界上已引發(fā)了四次大的流行,每次大的流行都由新的基因型毒株所引起,NDV一直處于不斷的進(jìn)化之中,目前NDV已出現(xiàn)了多個(gè)不同的基因型。NDV自1946年在我國(guó)首次分離至今已70多年,其在我國(guó)長(zhǎng)期存在和流行,使養(yǎng)禽業(yè)發(fā)生NDV感染的風(fēng)險(xiǎn)一直存在;此外我國(guó)新城疫病毒基因型的多樣性以及病毒的抗原變異,也給我國(guó)ND的防控帶來了挑戰(zhàn)。為了掌握NDV在不同禽群中的攜帶與感染情況,進(jìn)而為臨床上ND的防控提供重要依據(jù),我們對(duì)2014-2016年華東地區(qū)不同禽群中的ND流行情況進(jìn)行了監(jiān)測(cè),利用建立的NDV新型RT-PCR檢測(cè)方法對(duì)分離毒株進(jìn)行了基因型鑒定,并在此基礎(chǔ)上對(duì)病毒的遺傳進(jìn)化進(jìn)行了分析。1.檢測(cè)所有NDV的一步法RT-PCR方法的建立NDV分為class Ⅰ和class Ⅱ兩大類,這兩類病毒之間的遺傳距離遠(yuǎn),目前對(duì)NDV分離毒株進(jìn)行PCR鑒定時(shí),往往需要分別設(shè)計(jì)針對(duì)class Ⅰ和class Ⅱ病毒基因組的特異引物。為了給臨床上提供一種能夠快速檢測(cè)所有NDV的RT-PCR方法,我們參考了兩類病毒多種基因型的F基因序列,設(shè)計(jì)出了廣譜性的通用引物,在此基礎(chǔ)上建立了可檢測(cè)包括class Ⅰ和class Ⅱ在內(nèi)所有毒株的一步RT-PCR方法。通過對(duì)退火溫度、模板濃度、循環(huán)次數(shù)、反轉(zhuǎn)錄時(shí)間四個(gè)條件進(jìn)行優(yōu)化后,獲得了 RT-PCR反應(yīng)的最佳條件。不同基因型毒株的擴(kuò)增結(jié)果表明該方法能成功擴(kuò)增出所有受試class Ⅰ和class Ⅱ毒株的目的片段。此外新型一步RT-PCR方法擴(kuò)增的片段還可以用于基因分型與毒力分析,因此該方法的建立為臨床上NDV的快速鑒定提供了更為便捷的方法。2.2014-2016年華東地區(qū)活禽市場(chǎng)NDV的分離鑒定及遺傳進(jìn)化分析本文于2014-2016年在華東地區(qū)活禽市場(chǎng)中采集不同禽群泄殖腔棉拭樣品2101份,從中分離到56份NDV陽(yáng)性樣品,樣品的分離率為2.67%。鑒定結(jié)果顯示class Ⅰ樣品為42份,分離率為2%,class Ⅱ陽(yáng)性樣品14份,其中基因I型NDV 4株,基因Ⅱ型病毒8株,基因Ⅶ型病毒2株。遺傳進(jìn)化分析表明,基因Ⅰ型和Ⅱ型毒株分別與疫苗株V4和LaSota具有很高的同源性,推測(cè)其可能來源于我國(guó)廣泛使用的疫苗株;基因Ⅶ型毒株為當(dāng)前流行的Ⅶd2亞型。在42株class Ⅰ類NDV中,31株為雞源,11株為水禽源,表明其在雞群中分離率已明顯高于水禽。遺傳進(jìn)化分析顯示42株NDV全部屬于3c亞型,該亞型已成為華東地區(qū)活禽市場(chǎng)中class Ⅰ毒株的優(yōu)勢(shì)基因型。3.2014-2016年臨床樣品中NDV的分離鑒定及遺傳進(jìn)化分析2014-2016年在我國(guó)江蘇、山東等地收集并處理疑似病料185份,分離NDV 47株,全為class Ⅱ類病毒,其中基因Ⅰ型6株、Ⅱ型29株、Ⅶ型12株,基因Ⅰ和Ⅱ型分別與疫苗株V4和LaSota具有很高的同源性�；颌餍头蛛x毒株的遺傳進(jìn)化分析顯示,基因Ⅶ型分離毒株均屬于基因Ⅶd2亞型,說明基因Ⅶd2亞型仍然為華東地區(qū)NDV優(yōu)勢(shì)流行株。Ⅶ型分離株F基因核苷酸和氨基酸之間的同源性分別為96-100%和97.5-100%;HN基因核苷酸和氨基酸之間的同源性分別為96.6-99.9%和97.6-100%。HN蛋白線性表位氨基酸位點(diǎn)分析發(fā)現(xiàn),10/14毒株發(fā)生E347K變異,血清交叉中和試驗(yàn)顯示HN蛋白E347K變異可對(duì)病毒的抗原性產(chǎn)生明顯影響。此外,本文選取兩株基因Ⅶd2亞型NDV進(jìn)行全基因測(cè)序分析,結(jié)果顯示全基因組與單個(gè)基因分別繪制的遺傳進(jìn)化發(fā)生樹完全相似,表明新城疫病毒的進(jìn)化是從基因組水平上進(jìn)行的。
[Abstract]:......
【學(xué)位授予單位】：揚(yáng)州大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號(hào)】：S852.65

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前2條

1 劉華雷;王志亮;;新城疫的流行歷史與現(xiàn)狀[J];中國(guó)動(dòng)物檢疫;2015年06期

2 丁壯;尹仁福;薛聰;王建忠;錢晶;;新城疫流行病學(xué)新特點(diǎn)及鵝新城疫防控策略[J];中國(guó)獸醫(yī)學(xué)報(bào);2015年01期

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本文編號(hào)：1548016