本文關(guān)鍵詞： 線粒體基因組 四川麻鴨 遺傳進(jìn)化　出處：《畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào)》2017年03期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：本研究旨在獲得四川麻鴨線粒體DNA基因組全序列(mtDNA),為該遺傳資源的保護(hù)與利用提供參考。研究參照近緣物種線粒體基因組序列,用Primer 6.0設(shè)計(jì)引物16對(duì),采用PCR克隆測(cè)序技術(shù)獲得四川麻鴨mtDNA基因組序列。結(jié)果表明,四川麻鴨mtDNA基因組全長(zhǎng)16 604bp,堿基組成為A(29.19%)、C(32.82%)、G(15.79%)、T(22.20%),包含22個(gè)tRNA基因、2個(gè)rRNA基因、13個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因和1個(gè)非編碼控制區(qū)(Dloop區(qū))。使用在線軟件tRNAscan-SE1.21和RNA structure5.6分析發(fā)現(xiàn),22個(gè)tRNA基因是標(biāo)準(zhǔn)的4個(gè)恒定臂的三葉草二級(jí)結(jié)構(gòu)。對(duì)四川麻鴨mtDNA基因組D-loop區(qū)序列分析發(fā)現(xiàn)含有Poly(c)、TAS、E-box、F-box、D-box、Bird-similarity box及CXB1保守框。用MEGA6.0,采用N-J法基于線粒體D-loop區(qū)和全序列做進(jìn)化樹,發(fā)現(xiàn)四川麻鴨與隆盛鴨血緣關(guān)系最近。
[Abstract]:The purpose of this study was to obtain the whole mitochondrial DNA genome sequence of Sichuan duck, and to provide a reference for the protection and utilization of this genetic resource. According to the mitochondrial genome sequence of relative species, 16 pairs of primers were designed with Primer 6.0. The genomic sequence of Sichuan duck mtDNA was obtained by PCR cloning and sequencing. Sichuan duck mtDNA genome is 16 604 BP in length, and its base composition is A29.19, which is composed of 32. 822 and T22. 790 tRNA genes, including 22 tRNA genes, 2 rRNA genes, 13 protein coding genes and 1 non coding control region. By using online software tRNAscan-SE1.21 and RNA structure5.6 analysis, 22 tRNA genes have been found. It is a standard secondary structure of four constant arms of clover. The sequence of D-loop region of mtDNA genome of Sichuan duck was analyzed and found to contain the conserved frame of box and CXB1. With MEGA6.0, the phylogenetic tree was made based on the D-loop region and the whole sequence of mitochondria by N-J method. It was found that Sichuan Ma duck had the closest blood relationship with Lonsheng duck.
【作者單位】： 四川農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科技學(xué)院;
【基金】：四川省科技廳應(yīng)用基礎(chǔ)項(xiàng)目(2015JY0110) 大學(xué)生創(chuàng)新性試驗(yàn)項(xiàng)目(1510626046)
【分類號(hào)】：S834.83

【參考文獻(xiàn)】

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【二級(jí)參考文獻(xiàn)】

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