本文關(guān)鍵詞： DGE 差異基因 寧都三黃雞 性早熟 關(guān)聯(lián)分析　出處：《江西農(nóng)業(yè)大學(xué)》2015年碩士論文　論文類型：學(xué)位論文

【摘要】：寧都三黃雞屬于江西地區(qū)具有肉質(zhì)鮮美和性早熟等特色的地方品種雞,是優(yōu)質(zhì)的性早熟性狀研究的遺傳資源。性成熟是一個復(fù)雜的繁殖性狀,若能找到控制該性狀的主要基因或是主要代謝途徑,能加快對性早熟的研究。但是目前對于寧都三黃雞性早熟的遺傳機(jī)制還未見報道。本試驗前期通過對寧都三黃雞性早熟未開產(chǎn)卵巢(P-F-O1)、性早熟開產(chǎn)卵巢(P-F-O2)、性晚熟未開產(chǎn)卵巢(L-F-O1)和性晚熟開產(chǎn)卵巢(L-F-O1)進(jìn)行Tag-DGE測序,并對部分差異表達(dá)基因開展qPCR驗證及在廣豐白耳黃雞卵巢表達(dá)量分析,在此基礎(chǔ)上進(jìn)一步選取基因HEP21和SOX14進(jìn)行在寧都三黃雞中的突變位點搜尋及其與繁殖性狀的關(guān)聯(lián)分析,主要結(jié)果如下:⒈DGE測序及功能富集分析:對測序結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計分析,P-F-O1與P-F-O2比較后得到差異表達(dá)顯著基因共有5083個,而在L-F-O1與L-F-O2比較中差異表達(dá)顯著基因共有4201個。其中,僅在早熟雞卵巢中出現(xiàn)的差異顯著基因有1840個,僅在遲熟雞卵巢中出現(xiàn)的差異顯著基因有966個。在P-F-O1和P-F-O2對比組中差異表達(dá)的基因,按照GO條目,富集到分子功能、所處細(xì)胞位置和參與的生物學(xué)過程分別有38、34和52個GO term。在L-F-O1和L-F-O2對比組差異表達(dá)基因富集于這三大類的GO term分別有52、40、57條。對P-F-O1和P-F-O2差異表達(dá)的基因與KEGG數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對時,歸類到69條生化途徑,其中11條顯著富集分別為:Ribosome、Intestinal immune network for IgA production、Neuroactive ligand-receptor interaction、Herpes simplex infection、Phagosome、Influenza A、Tryptophan metabolism、Cytokine-cytokine receptor interaction、Calcium signaling pathway、NOD-like receptor signaling pathway、Cell adhesion molecules(CAMs)。在L-F-O1和L-F-O2對比組中差異表達(dá)的基因與KEGG數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對時,歸類到68條生化途徑,其中12條顯著富集分別為:Calcium signaling pathway、Intestinal immune network for IgA production、Neuroactive ligand-receptor interaction、Cardiac muscle contraction、Herpes simplex infection、Phagosome、Jak-STAT signaling pathway、Vascular smooth muscle contraction、Dorso-ventral axis formation、Cell adhesion molecules(CAMs)、Cytokine-cytokine receptor interaction、ECM-receptor interaction。⒉通過功能富集結(jié)合表達(dá)差異情況最終篩選出10個(VMO1、ASPG、BMP5、BMP15、INHA、INHBA、PTGS1、RRH、HEP21和SOX14)與繁殖相關(guān)的功能候選基因,開展基于熒光定量PCR(qRT-PCR)的驗證分析及在廣豐白耳黃雞卵巢中表達(dá)量分析。結(jié)果顯示,8個基因(BMP5、BMP15、INHA、INHBA、PTGS1、RRH、HEP21和SOX14)在寧都三黃雞未開產(chǎn)和開產(chǎn)卵巢中表達(dá)趨勢與測序結(jié)果一致,表明前期Tag-DGE結(jié)果的準(zhǔn)確性�；騍OX14、PTGS1和BMP15在廣豐白耳黃雞未開產(chǎn)和開產(chǎn)卵巢中表達(dá)差異不顯著而其他基因差異顯著,由此初步推測基因SOX14、PTGS1和BMP15或許為寧都三黃雞母雞性早熟特色基因的候選基因。⒊基因HEP21和SOX14突變位點與寧都三黃雞繁殖性狀關(guān)聯(lián)分析表明,HEP21.A+550G位點與寧都黃雞84日齡和91日齡的冠高顯著相關(guān)(P0.05)。SOX14.G-1101A對各繁殖性狀的影響均不明顯。因此,HEP21.A+550G位點可作為寧都三黃雞早熟性狀選育的分子標(biāo)記。通過對寧都三黃雞不同發(fā)育狀態(tài)的卵巢進(jìn)行Tag-DGE測序,初步篩選出影響性早熟的候選基因,為我國地方雞品種遺傳資源種質(zhì)特性研究提供分子基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。
[Abstract]:......
【學(xué)位授予單位】：江西農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：S831

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7 yし，

本文編號：1502290