本文關(guān)鍵詞： microRNA 高通量測序 腸炎沙門氏菌 白來航雞 盲腸　出處：《山東農(nóng)業(yè)大學(xué)》2015年碩士論文　論文類型：學(xué)位論文

【摘要】：MicroRNA(miRNA)是一類長度約22nt的內(nèi)源性非編碼小RNA,與靶基因3'UTR結(jié)合在轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控靶基因的表達(dá),在細(xì)胞增殖、分化、凋亡、神經(jīng)發(fā)育、脂肪代謝等很多生物學(xué)過程中發(fā)揮重要作用。最近研究顯示,miRNA在細(xì)菌、病毒感染中也發(fā)揮重要作用。腸炎沙門氏菌是一種食源性病原菌,具有重要的公共衛(wèi)生學(xué)意義,主要通過侵襲腸道粘膜,引起嚴(yán)重的腸道炎癥。宿主的遺傳背景在雞抵御腸炎沙門氏菌感染中起重要作用,不同品系(品種)的雞對(duì)腸炎沙門氏菌的易感性／抗性有顯著差異。近幾年,Solexa高通量測序技術(shù)成為各物種microRNA分析鑒定的有力工具,目前關(guān)于細(xì)菌、病毒感染雞的方面都有應(yīng)用,microRNA在雞腸炎沙門氏菌感染中的調(diào)控機(jī)制尚不清楚。本研究利用腸炎沙門氏菌感染20周齡白來航雞,感染后第7天采集盲腸樣品,對(duì)照組與處理組分別構(gòu)建3個(gè)小RNA文庫,即對(duì)照組：Cp1、Cp2、Cp3,處理組：Tpl、Tp2、Tp3,共6個(gè)文庫。利用Solexa高通量測序技術(shù)分析鑒定腸炎沙門氏菌感染后差異表達(dá)的miRNA,并利用熒光定量PCR對(duì)測序結(jié)果進(jìn)行分析驗(yàn)證,同時(shí),利用熒光定量PCR分析腸炎沙門氏菌感染后白來航雞與壽光雞盲腸組織中miRNA與其靶基因的表達(dá)情況。結(jié)果顯示：(1)通過Solexa高通量測序,在Cp1、Cp2、Cp3、Tp1、Tp2、Tp3六個(gè)文庫中經(jīng)過篩選獲得clean data分別為1972566、3017995、2244711、10673073、1852677和2708904,分別占到其總讀數(shù)的17.724%、33.542%、17.995%、58.832%、17.570%和30.987%。(2)通過生物信息學(xué)分析,共鑒定了404個(gè)已知的雞miRNA以及194個(gè)新miRNA。處理組與對(duì)照組間共有37個(gè)顯著差異表達(dá)microRNAs,其中已知的miRNA19個(gè),包括15個(gè)上調(diào)miRNA和4個(gè)下調(diào)miRNA;預(yù)測的新miRNA共18個(gè),包括7個(gè)上調(diào)miRNA和11個(gè)下調(diào)miRNA.(3)采用miRanda軟件對(duì)差異表達(dá)的miRNAs進(jìn)行靶基因預(yù)測,共預(yù)測到2897個(gè)不同的靶基因,其中636個(gè)靶基因僅由下調(diào)的miRNA調(diào)控(G1)；841個(gè)靶基因僅由上調(diào)的miRNA調(diào)控(G2)；1420個(gè)靶基因同時(shí)由下調(diào)和上調(diào)的miRNA調(diào)控(G3)。通過與Biomart數(shù)據(jù)庫中免疫相關(guān)的基因比對(duì),共得到176個(gè)免疫相關(guān)的靶基因。(4)利用DAVID數(shù)據(jù)庫對(duì)靶基因進(jìn)行功能分析,其中G1相關(guān)的生物學(xué)過程注釋有118條,G2相關(guān)生物學(xué)過程注釋有73條,G3相關(guān)生物學(xué)過程注釋有178條,各組中均有免疫相關(guān)的生物學(xué)過程注釋顯著富集。顯著富集的信號(hào)通路主要有細(xì)胞外基質(zhì)-受體相互作用、糖酵解/糖異生、焦點(diǎn)粘連、黑色素生成和蛋白酶體等。(5)差異表達(dá)miRNAs的qRT-PCR驗(yàn)證,所選12個(gè)miRNA在白來航雞感染后第7天對(duì)照組與處理組盲腸組織中表達(dá)均差異顯著,其中11個(gè)miRNA的表達(dá)趨勢與測序結(jié)果一致,且差異倍數(shù)相近。在白來航雞感染后第14天盲腸中僅有4個(gè)miRNA顯著差異表達(dá),且調(diào)控方向均與測序結(jié)果相反；在壽光雞感染后第7天盲腸組織中,11個(gè)miRNA顯著下調(diào)。(6) miRNA與免疫相關(guān)靶基因互作關(guān)系分析,在白來航雞感染后7天盲腸組織中,gga-miR-1416與TLR21、gga-miR-1416與BCL10、gga-miR-1662與TLR1LA、gga-miR-34a-5p與NOTCH和gga-miR-34a-5p與THBS1中miRNA與靶基因的調(diào)控方向相反；在壽光雞感染后7天盲腸中,gga-miR-1416與IGJ、gga-miR-1416與TLR21、gga-miR-1662與TLR1LA和gga-miR-34a-5p與CCL4中miRNA與靶基因的調(diào)控方向相反。本研究鑒定出37個(gè)與腸炎沙門氏菌感染相關(guān)的重要候選miRNAs;炎癥反應(yīng)、免疫系統(tǒng)發(fā)育、淋巴細(xì)胞活性、NF-kB級(jí)聯(lián)正調(diào)控等生物學(xué)過程及焦點(diǎn)粘連、蛋白酶體信號(hào)通路相關(guān)miRNA在腸炎沙門氏菌感染中發(fā)揮重要的調(diào)控作用；遺傳背景影響miRNA與靶基因互作關(guān)系；gga-miR-1416、gga-miR-34a-5p及gga-miR-1662在腸炎沙門氏菌感染中起重要調(diào)控作用。為深入研究microRNA在腸炎沙門氏菌感染中的作用機(jī)制奠定基礎(chǔ),并為雞的分子抗病遺傳育種提供理論基礎(chǔ)和科學(xué)依據(jù)。
[Abstract]:MicroRNA (miRNA) is a class of endogenous non small length of about 22nt encoding RNA expression in the post transcriptional regulation of target genes combined with target gene 3'UTR, in cell proliferation, differentiation, apoptosis, neural development, play an important role in lipid metabolism and many other biological processes. Recent studies show that miRNA in bacteria, also play an important role in viral infection. Enteritis Salmonella is a foodborne pathogen, has important public health implications, mainly through the intestinal mucosa, intestinal inflammation caused by severe. The genetic background of the host against intestinal inflammation plays an important role in the infection of Salmonella in chicken, different varieties (varieties) of resistance / susceptibility of chicken the Salmonella enteritidis has significant difference. In recent years, high-throughput Solexa sequencing technology becomes a powerful tool for analysis and identification of the species of microRNA, the bacteria, virus infection of chickens are used, The regulatory mechanism of microRNA in chicken Salmonella enteritidis infection is not clear. This study used 20 week old white leghorn chickens infected with Salmonella enteritidis infection, seventh days after the acquisition of cecal samples, control group and treatment group were constructed 3 small RNA libraries, namely the control group: Cp1, Cp2, Cp3, treatment group Tpl, Tp2, Tp3, a total of 6 differentially expressed cDNA libraries. Identification of Salmonella enteritidis infection after miRNA using Solexa high-throughput sequencing, and using fluorescence quantitative PCR analysis verified the results of sequencing and expression of miRNA and its target gene by fluorescent quantitative PCR analysis of Salmonella enteritidis infection in white leghorn Shouguang chicken and cecum tissues. The results showed that: (1) by Solexa high-throughput sequencing, Cp1, Cp2, Cp3, Tp1, Tp2, clean after data were 197256630179952244711106730731852677 and 2708904 were Tp3 six library, respectively. The total accounted for 17.724% of reading, 33.542%, 17.995%, 58.832%, 17.570% and 30.987%. (2) by bioinformatics analysis, we identified the chicken miRNA 404 known and 194 new miRNA. treatment group and control group, there were 37 differentially expressed microRNAs, the known miRNA19, including 15 upregulation of miRNA and downregulation of miRNA 4; new miRNA predicted a total of 18, including 7 up-regulated and 11 down regulated miRNA miRNA. (3) on the expression of miRNAs using miRanda software to predict target gene, 2897 different target genes were predicted, which only 636 target genes regulated by miRNA (down G1); only 841 target genes regulated by miRNA up-regulated (G2); 1420 target genes regulated by miRNA and down regulated and up-regulated (G3). With the comparison of immune related gene Biomart in the database, there are 176 immune related target genes. (4) to the target database by using DAVID Functional analysis of genes, including G1 biological process annotation related with 118, G2 related biological processes notes 73, G3 related biological process has 178 notes, each group had immune biological process annotations related significantly enriched. Significant signal pathway enrichment of ECM receptor interaction, glycolysis / gluconeogenesis, focal adhesion, melanin and proteasome. (5) qRT-PCR to verify the expression of miRNAs, selected 12 miRNA seventh in white leghorn days after infection control group and treatment group were significantly different in cecal tissue expression, the expression trend of 11 miRNA and sequencing results. And the difference between the expression of multiple similar. Only 4 miRNA significant difference in White Leghorn chicken cecum in Fourteenth days after infection, and control the direction and the sequencing results on the contrary; in Shouguang, seventh days after infection of cecal tissue, 11 were miRNA Down. (6) miRNA and immune related target gene interaction analysis in White Leghorn chicken cecal tissue 7 days after infection, gga-miR-1416 and TLR21, gga-miR-1416 and BCL10, gga-miR-1662 and TLR1LA, miRNA and gga-miR-34a-5p target gene with NOTCH and gga-miR-34a-5p and THBS1 in the control of the opposite direction; in Shouguang, 7 days after infection the cecum, gga-miR-1416 and IGJ, gga-miR-1416 and TLR21, to control the direction of miRNA and target gene gga-miR-1662 and TLR1LA and gga-miR-34a-5p and CCL4 in the opposite. This study identified miRNAs important syndrome 37 associated with Salmonella enteritidis infection; inflammation, immune system development, lymphocyte activity, positive regulation of biological process of NF-kB cascade and focal adhesion, proteasome pathway related miRNA play an important regulatory role in Salmonella enteritidis infection; effect of genetic background and target gene miRNA interaction; G Ga-miR-1416, gga-miR-34a-5p and gga-miR-1662 play an important regulatory role in the infection of Salmonella enteritidis. This will lay a foundation for further research on the mechanism of microRNA in Salmonella enteritidis infection, and provide a theoretical basis and scientific basis for the molecular genetic breeding of chicken.

【學(xué)位授予單位】：山東農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：S858.31

【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 田明;費(fèi)菁;胡曉湘;李寧;劉娣;孟慶勇;;microRNA-1,-133,-206在鼠肌肉中的表達(dá)譜[J];中國畜牧獸醫(yī);2009年08期

2 王春梅;李慶章;;microRNA在小鼠乳腺不同發(fā)育時(shí)期差異表達(dá)譜及作用(英文)[J];遺傳學(xué)報(bào);2007年11期

3 蔡斌;李成慧;彭日荷;熊愛生;高峰;姚泉洪;章鎮(zhèn);;葡萄microRNA的計(jì)算識(shí)別[J];華北農(nóng)學(xué)報(bào);2008年S2期

4 鄒文輝;;新奇的調(diào)控分子——microRNA[J];安徽農(nóng)業(yè)科學(xué);2008年34期

5 李賀;印東升;王志剛;黃飛飛;常琳琳;張志宏;;草莓不同器官中microRNA表達(dá)差異研究[J];果樹學(xué)報(bào);2009年05期

6 魏娟;吳建勇;邢朝柱;郭立平;戚廷香;王海林;;棉花MicroRNA研究進(jìn)展[J];安徽農(nóng)業(yè)科學(xué);2011年15期

7 穆松;鐘金城;陳智華;徐利娟;;牛基因組per-microRNA SNP多態(tài)性[J];西北農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào);2011年10期

8 李構(gòu);張辰宇;;血清microRNA在癌癥診斷中的進(jìn)展[J];東北林業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào);2012年06期

9 李瑩;鞠輝明;白立景;李奎;敖紅;;豬microRNA-378-1過表達(dá)載體構(gòu)建及細(xì)胞水平驗(yàn)證[J];農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào);2012年08期

10 焦晶凱;莫蓓紅;高紅艷;;microRNA功能研究新進(jìn)展[J];中國畜牧獸醫(yī);2013年02期

相關(guān)會(huì)議論文 前10條

1 荊清;袁文俊;秦永文;;microRNA的基因調(diào)控新功能[A];中國生理學(xué)會(huì)第五屆全國心血管、呼吸和腎臟生理學(xué)學(xué)術(shù)會(huì)議論文摘要匯編[C];2005年

2 靳新;駱志剛;王金華;管乃洋;;microRNA靶標(biāo)研究進(jìn)展[A];中國遺傳學(xué)會(huì)功能基因組學(xué)研討會(huì)論文集[C];2006年

3 ;Comparasion of Inhibitory Effects on Survivin Gene Expression in Prostate Cancer by Vector-based microRNA and siRNA[A];2008年全國生物化學(xué)與分子生物學(xué)學(xué)術(shù)大會(huì)論文摘要[C];2008年

4 朱丹霞;徐衛(wèi);繆扣榮;方成;朱華淵;董華潔;王冬梅;范磊;喬純;李建勇;;慢性淋巴細(xì)胞白血病microRNA異常表達(dá)研究[A];第13屆全國實(shí)驗(yàn)血液學(xué)會(huì)議論文摘要[C];2011年

5 Yangchao Chen;;Small molecule modulators of microRNA-34a with anti-cancer activities[A];2013醫(yī)學(xué)前沿論壇暨第十三屆全國腫瘤藥理與化療學(xué)術(shù)會(huì)議論文集[C];2013年

6 金希;厲有名;;單純性脂變與非酒精性脂肪性肝炎間差異microRNA表達(dá)譜研究[A];2009香港-北京-杭州內(nèi)科論壇暨2009年浙江省內(nèi)科學(xué)學(xué)術(shù)年會(huì)論文匯編[C];2009年

7 賈新正;盧肖男;聶慶華;張細(xì)權(quán);;雞部分microRNA的同源預(yù)測與克隆驗(yàn)證[A];中國動(dòng)物遺傳育種研究進(jìn)展——第十五次全國動(dòng)物遺傳育種學(xué)術(shù)討論會(huì)論文集[C];2009年

8 李炯;段德民;鄭克孝;;新型非標(biāo)記高通量microRNA芯片技術(shù)[A];第一屆全國生物物理化學(xué)會(huì)議暨生物物理化學(xué)發(fā)展戰(zhàn)略研討會(huì)論文摘要集[C];2010年

9 徐小濤;陸曉;孫婧;束永前;;肺癌側(cè)群細(xì)胞microRNA表達(dá)譜檢測及初步分析[A];2010’全國腫瘤分子標(biāo)志及應(yīng)用學(xué)術(shù)研討會(huì)暨第五屆中國中青年腫瘤專家論壇論文匯編[C];2010年

10 王俊峰;李巍;吳小江;阮康成;;大鼠附睪microRNA表達(dá)譜的研究[A];第十一次中國生物物理學(xué)術(shù)大會(huì)暨第九屆全國會(huì)員代表大會(huì)摘要集[C];2009年

相關(guān)重要報(bào)紙文章 前2條

1 陳英云 喬蕤琳;哈醫(yī)大成功研發(fā)國內(nèi)首例microRNA轉(zhuǎn)基因及敲減小鼠模型[N];黑龍江經(jīng)濟(jì)報(bào);2010年

2 記者 陳青;2厘米以下肝癌檢出率88%[N];文匯報(bào);2011年

相關(guān)博士學(xué)位論文 前10條

1 崔洪亮;microRNA的腫瘤表達(dá)研究及協(xié)同調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析[D];中南大學(xué);2014年

2 馬建華;高粱低磷低氮形態(tài)生理特征及低氮響應(yīng)的microRNA研究[D];山西農(nóng)業(yè)大學(xué);2014年

3 李虔楨;microRNA相關(guān)基因遺傳多態(tài)性與冠心病臨床關(guān)聯(lián)及預(yù)后研究[D];福建醫(yī)科大學(xué);2015年

4 王耀輝;血清microRNA作為乳腺癌診斷標(biāo)志物的研究[D];復(fù)旦大學(xué);2014年

5 周霽子;環(huán)境因素對(duì)心臟畸形胎兒影響的表觀遣傳學(xué)機(jī)制[D];復(fù)旦大學(xué);2013年

6 張麗;microRNA通過調(diào)控小膠質(zhì)細(xì)胞炎性反應(yīng)參與血管性認(rèn)知障礙發(fā)生發(fā)展[D];復(fù)旦大學(xué);2014年

7 查若鵬;肝癌轉(zhuǎn)移相關(guān)microRNA的鑒定及其分子機(jī)制研究[D];復(fù)旦大學(xué);2013年

8 方硯田;結(jié)腸癌干細(xì)胞分選、差異microRNA表達(dá)譜檢測以及miR-449b-CCND1、E2F3通路在結(jié)腸癌干細(xì)胞自我更新的機(jī)制研究[D];復(fù)旦大學(xué);2014年

9 辛成齊;椰棗microRNA鑒定及其在果實(shí)發(fā)育過程中的表達(dá)譜研究[D];中國科學(xué)院北京基因組研究所;2015年

10 李棟;先天性心臟病血漿microRNA表達(dá)譜及與GATA4靶序列單核苷酸多態(tài)性的關(guān)聯(lián)研究[D];山東大學(xué);2015年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前10條

1 高智紅;應(yīng)用多樣性增量方法識(shí)別人類基因組microRNA前體序列[D];內(nèi)蒙古大學(xué);2010年

2 王娜娜;microRNA進(jìn)化關(guān)系及編碼特性研究[D];內(nèi)蒙古大學(xué);2007年

3 王玫;小麥microRNA的鑒定與分析[D];南昌大學(xué);2007年

4 秦保東;原發(fā)性膽汁性肝硬化microRNA表達(dá)譜的檢測及其功能研究[D];第二軍醫(yī)大學(xué);2013年

5 吳曉妍;基于納米復(fù)合材料及生物放大技術(shù)構(gòu)建的電化學(xué)microRNA傳感器的研究[D];西南大學(xué);2015年

6 周景輝;2型糖尿病microRNA表達(dá)譜及其信號(hào)通路研究[D];華南理工大學(xué);2015年

7 姜溪;血漿microRNA-486、microRNA-499在肺癌中的表達(dá)及臨床價(jià)值的研究[D];河北大學(xué);2015年

8 林杉;營養(yǎng)誘導(dǎo)舍飼綿羊非繁殖季節(jié)發(fā)情相關(guān)microRNA篩選及其靶基因功能驗(yàn)證[D];石河子大學(xué);2015年

9 林妹妹;microRNA-192 和 microRNA-21 在 IBD 患者中的表達(dá)情況[D];福建醫(yī)科大學(xué);2015年

10 徐嬌陽;循環(huán)microRNA用于低氧性肺動(dòng)脈高壓早期診斷的實(shí)驗(yàn)研究[D];石河子大學(xué);2015年

，

本文編號(hào)：1489782