發(fā)布時(shí)間：2018-01-22 06:33

  本文關(guān)鍵詞： 豬 DDX基因 克隆 序列分析 原核表達(dá)　出處：《華北農(nóng)學(xué)報(bào)》2017年03期 　論文類(lèi)型：期刊論文

【摘要】：DEAD-box解旋酶21(DEx D-box helicase 21,DDX21)是含DEAD-box的RNA解旋酶家族成員之一,不僅參與RNA的合成和加工過(guò)程,同時(shí)還參與機(jī)體的天然免疫應(yīng)答,調(diào)控病毒的復(fù)制。為了研究豬DDX21基因的結(jié)構(gòu)和功能,以豬腎傳代細(xì)胞(PK-15)總cDNA為模板,根據(jù)GenBank公布的預(yù)測(cè)序列(XM_005657387.2)設(shè)計(jì)引物擴(kuò)增豬源DDX21基因,并采用分子生物學(xué)軟件將其編碼的氨基酸序列進(jìn)行生物信息學(xué)分析。結(jié)果顯示,首次成功克隆了豬DDX21基因的cDNA序列(GenBank登錄號(hào)為KX396051),其開(kāi)放讀碼框全長(zhǎng)為2 355 bp,編碼784個(gè)氨基酸;與牛、斑馬魚(yú)、人、小鼠、大鼠和非洲爪蟾的氨基酸序列同源性分別為91.7%,57.5%,88.0%,82.3%,83.8%和48.9%;該基因編碼的蛋白結(jié)構(gòu)域和人、牛、小鼠、大鼠一樣,其C端都具有保守的GUCT結(jié)構(gòu)域;系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)分析表明豬DDX21與牛DDX21的親緣關(guān)系最近。進(jìn)一步構(gòu)建原核表達(dá)質(zhì)粒p ET28a-DDX21,經(jīng)測(cè)序鑒定正確后,將其轉(zhuǎn)化感受態(tài)細(xì)胞BL21(DE3),對(duì)DDX21基因進(jìn)行原核表達(dá)。經(jīng)SDS-PAGE分析顯示重組菌可表達(dá)分子量約為90 k Da的融合蛋白,與預(yù)期相符;在IPTG誘導(dǎo)濃度一定的條件下,重組菌的最佳誘導(dǎo)時(shí)間為5 h。豬DDX21基因的克隆和原核表達(dá),為進(jìn)一步研究DDX21蛋白的結(jié)構(gòu)和生物學(xué)功能奠定了基礎(chǔ)。
[Abstract]:DEAD-box unwindase 21 (DEx helicase 21 D-box, DDX21) is one of the RNA helicase family member with DEAD-box, not only in the process of synthesis and processing of RNA, the natural immune response is also involved in the regulation of the body, the replication of the virus. In order to study the structure and function of DDX21 gene in pig, pig kidney cell (PK-15) cDNA as a template, according to the published sequences of GenBank (XM_005657387.2) amplification of porcine DDX21 gene primers were designed using molecular biology software to its amino acid sequence encoding the bioinformatics analysis. The results showed that the first cloned cDNA sequence of porcine DDX21 gene (GenBank accession No. KX396051), the open reading frame the total length of 2355 BP, encoding 784 amino acids; and bovine, zebrafish, human, mouse, rat and Xenopus amino acid sequence homology were 91.7%, 57.5%, 88%, 82.3%, 83.8% and 48.9%; the gene encoding Protein domain and code, cattle, mice, rats, the C terminal has a conserved GUCT domain; phylogenetic tree analysis indicated that the closest relationship between porcine DDX21 and bovine DDX21. Further to construct the prokaryotic expression plasmid P ET28a-DDX21, identified by sequencing after the transformation of competent cells BL21 (DE3), for prokaryotic expression of DDX21 gene. SDS-PAGE analysis showed that the expression of molecular weight of 90 K Da recombinant fusion protein, in line with expectations; in the condition of a certain concentration induced by IPTG, the best induction time for expression of recombinant bacteria for cloning and prokaryotic DDX21 base 5 h. pigs, laid the foundation for further study on the structure and biological function of DDX21 protein.

【作者單位】： 武漢生物工程學(xué)院應(yīng)用生物技術(shù)研究中心;湖北省病毒載體工程技術(shù)研究中心;河北北方學(xué)院醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)學(xué)院;華中農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)業(yè)微生物學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(31402181) 湖北省教育廳科學(xué)技術(shù)研究項(xiàng)目(B2016303)
【分類(lèi)號(hào)】：Q78;S828
【正文快照】： DEAD-box(DEAD-box proteins/DEAD-box heli-cases)家族蛋白是一類(lèi)兼具有ATP酶活性和RNA解旋酶活性的RNA解旋酶,屬于細(xì)胞RNA解旋酶超家族2型(SF2)。該家族蛋白廣泛存在于從細(xì)菌到哺乳動(dòng)物的許多物種中,通常含有9個(gè)保守的氨基酸基序,分別為基序Ⅰ、Ⅰa、Ⅰb、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、

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