本文關(guān)鍵詞： 雞 Brd基因 SNP Indel 進(jìn)化樹　出處：《安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)》2017年02期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：Brd2(bromodomain containing protein 2)基因位于MHC(major histocompatibility complex)基因家族中,探究不同雞種Brd2基因的SNP和Indel位點(diǎn)具有重要意義。試驗(yàn)選取我國(guó)26個(gè)優(yōu)良的地方雞種,對(duì)Brd2基因進(jìn)行目標(biāo)捕獲測(cè)序,以NCBI中原雞(Gallus gallus)的Brd2基因序列為參照,篩選出Brd2基因外顯子和內(nèi)含子中的SNP和Indel以及氨基酸的改變位點(diǎn),最后制作進(jìn)化樹。在26個(gè)雞種中,Brd2基因的外顯子篩選出25個(gè)SNP位點(diǎn),沒有檢測(cè)到Indel位點(diǎn);內(nèi)含子篩選出30個(gè)Indel位點(diǎn),沒有篩選出SNP位點(diǎn);外顯子中氨基酸僅有4個(gè)發(fā)生錯(cuò)義突變,其余均發(fā)生同義突變。從進(jìn)化樹看出,26個(gè)雞種分為3大類:安卡雞、雪山草雞、文昌雞、北京油雞和蕭山雞類聚在一起;泰和烏骨雞、SPF-來航雞、河南斗雞和廣西黃雞類聚在一起;剩余的雞種類聚在一起,但同源性相對(duì)較低。在我國(guó)優(yōu)質(zhì)雞種中Brd2基因具有一定的保守性,不同雞種同源性較低。
[Abstract]:Brd2(bromodomain containing protein 2 gene is located in MHC2. In the major histocompatibility complex family. It is of great significance to explore the SNP and Indel loci of Brd2 gene in different chicken breeds. 26 excellent local chicken breeds in China were selected and the Brd2 gene was sequenced by target capture. The Brd2 gene sequence of Gallus gallus in NCBI was used as reference. The mutation sites of SNP and Indel and amino acids in exon and intron of Brd2 gene were screened. Finally, the evolutionary tree was made in 26 chicken breeds. 25 SNP loci were screened out of the exon of Brd2 gene, and no Indel loci were detected. 30 Indel loci were screened in intron, but no SNP loci were screened. Only 4 amino acids had missense mutations in exons, while the others had synonymous mutations. From the evolutionary tree, 26 chicken breeds were classified into 3 groups: Anka chicken, snow mountain grass chicken and Wenchang chicken. Beijing oil chicken and Xiaoshan chicken together; Taihe Black-bone Chicken (SPF-Laihang), Henan Cockfight and Guangxi Yellow Chicken were gathered together. The remaining chicken species were clustered together, but the homology was relatively low. The Brd2 gene was conserved to some extent and the homology was lower in different breeds in China.
【作者單位】： 揚(yáng)州大學(xué)動(dòng)物科學(xué)與技術(shù)學(xué)院;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(31301966) 江蘇省六大人才高峰計(jì)劃共同資助
【分類號(hào)】：S831.2
【正文快照】： BET(bromodomain and extra C-terminaldomain)家族蛋白是新發(fā)現(xiàn)的一類轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子(transcriptional regulator),其典型特征是具有兩個(gè)串聯(lián)的Bromodomain,并且在C端有一個(gè)ET域[1]。Brd2基因又稱Ring3,含有2個(gè)溴功能結(jié)構(gòu)域(bromodomain,BRD),屬于BET蛋白家族中的一員[2]。雞的

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本文編號(hào)：1447605