本文關(guān)鍵詞：山麻鴨開產(chǎn)期和產(chǎn)蛋高峰期卵巢組織轉(zhuǎn)錄組分析　出處：《中國農(nóng)業(yè)科學(xué)》2016年05期 　論文類型：期刊論文

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【摘要】：【目的】探明山麻鴨開產(chǎn)期和產(chǎn)蛋高峰期卵巢組織的轉(zhuǎn)錄組差異,豐富蛋鴨轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)信息�！痉椒ā窟x取6份山麻鴨卵巢組織樣品(開產(chǎn)期和產(chǎn)蛋高峰期各3份),利用Illumina Hi SeqTM 2000進行高通量測序,構(gòu)建山麻鴨開產(chǎn)期和產(chǎn)蛋高峰期卵巢組織轉(zhuǎn)錄組文庫,并用測序評估、基因功能注釋等生物信息學(xué)方法進行分析�！窘Y(jié)果】經(jīng)過測序獲得質(zhì)量不低于20的堿基比例(Q20)均高于93%;開產(chǎn)期獲得了43 489 798條reads,4 380 847 061 bp數(shù)據(jù)量;高峰期獲得了42 782 676條reads,4 307 499 083 bp數(shù)據(jù)量;分別有70.92%和72.70%的reads能比對到鴨參考基因組序列上。對開產(chǎn)期與產(chǎn)蛋高峰期轉(zhuǎn)錄組進行比較,發(fā)現(xiàn)開產(chǎn)期有26 808個表達基因,產(chǎn)蛋高峰期有27 013個表達基因,與開產(chǎn)期為參考,在高峰期卵巢組織中共獲得1 929個差異表達基因,其中上調(diào)基因989個,下調(diào)基因940個;進一步將這些差異基因在Nr數(shù)據(jù)庫進行注釋,發(fā)現(xiàn)獲得注釋的基因有1 423個,其中上調(diào)基因695個,下調(diào)基因728個;COG功能注釋分析發(fā)現(xiàn)這些差異表達基因共獲得663個功能注釋,涉及25個功能分類;GO功能注釋分析表明,有1 122個基因獲得GO功能注釋,可以分為61個功能分類,這些分類主要涉及到分子綁定、催化活性、細胞過程、生物調(diào)節(jié)等諸多生理生化過程,其中涉及到發(fā)育繁殖生物學(xué)過程的相關(guān)注釋基因有406個;KEGG分析發(fā)現(xiàn)共有425個基因注釋到160個代謝通路中,其中Gn RH信號通路、GPI-anchor生物合成、TGF-β信號通路、核糖體生物合成等通路顯著富集。Gn RH信號通路和TGF-β信號通路在卵巢的生理生殖活動發(fā)揮了重要作用,而GPI-anchor生物合成和核糖體生物合成,這兩類代謝通路在卵巢生理生殖活動的作用尚不明確�！窘Y(jié)論】利用高通量測序技術(shù)對山麻鴨開產(chǎn)期和產(chǎn)蛋高峰期卵巢組織的轉(zhuǎn)錄組進行測序和分析,揭示了山麻鴨不同生理狀態(tài)下卵巢組織差異表達基因的數(shù)量,獲得了差異表達基因的功能、分類和代謝通路。為豐富蛋鴨卵巢組織轉(zhuǎn)錄組信息,為開展蛋鴨產(chǎn)蛋性狀相關(guān)基因的研究及分子調(diào)控機制研究奠定基礎(chǔ)。
[Abstract]:[Objective] the transcriptome differences in perinatal period and peak period of laying open mountain duck ovary, rich duck transcriptome data. [Methods] a total of 6 cases of ovarian tissue samples (open ShanMa duck egg peak in perinatal period and 3 copies each), using Illumina Hi SeqTM 2000 high-throughput sequencing, construct ShanMa duck egg peak period and open ovarian tissue transcriptome library and sequencing evaluation, gene annotation and other bioinformatics analysis. [results] after sequencing was not less than 20 of the mass base ratio (Q20) were higher than 93%; opening date obtained 43489798 reads and 4380847061 BP data; the peak obtained 42782676 reads and 4307499083 BP data; there were 70.92% and 72.70% reads compared to the reference genome sequence of duck. Comparison of open perinatal and egg peak transcriptome, found 26808 gene expression in perinatal period, egg laying peak period of 27013 gene expression, and open period for reference, at the peak of the ovarian tissue were obtained 1929 differentially expressed genes, including 989 up-regulated genes and 940 down regulated genes; these will further differential gene annotation in the Nr database, find notes 1423 genes, including 695 up-regulated genes and 728 down regulated genes; COG functional annotation analysis of gene expression were obtained 663 functional annotation of these differences, involving 25 functional classification; GO functional annotation analysis showed that 1122 genes for GO annotation can be divided 61 functional classification, the classification is mainly related to the molecular binding, catalytic activity, cellular process, biological regulation and other physiological and biochemical process, which involves the development of reproductive biology There were 406 annotated genes in the process. KEGG analysis revealed that 425 genes were annotated to 160 metabolic pathways, of which Gn RH signaling pathway, GPI-anchor biosynthesis, TGF- beta signaling pathway and ribosome biosynthesis pathway were significantly enriched. Gn RH signaling pathway and TGF- beta signaling pathway play an important role in the physiological and reproductive activities of the ovary, while GPI-anchor biosynthesis and ribosome biosynthesis, these two kinds of metabolic pathways are not clear in the physiological and reproductive activities of the ovary. [Conclusion] the transcriptome using high-throughput sequencing technology in perinatal period and egg peak of ShanMa duck ovarian tissues were sequenced and analyzed, revealed the differences in ovarian tissue ShanMa duck under different physiological conditions of gene expression quantity, function, classification and the differences of metabolic pathways of gene expression. Rich duck ovarian tissue transcriptome information for research and molecular gene related traits of laying ducks lay the foundation for study on the mechanism of regulation.
【作者單位】： 福建省農(nóng)業(yè)科學(xué)院畜牧獸醫(yī)研究所;龍巖市紅龍禽業(yè)有限公司;
【基金】：福建省科技計劃重大專項(2012NZ01040039) 福建省種業(yè)創(chuàng)新項目(2014S1477-13)
【分類號】：S834
【正文快照】： Transcriptome Analysis of Ovary Tissue in Early Laying Periodand Egg Laying Peak Period of Shanma DucksZHU Zhi-ming1,CHEN Hong-ping2,LIN Ru-long2,MIAO Zhong-wei1,XIN Qing-wu1,LI Li1,0引言【研究意義】提高家禽產(chǎn)蛋性能是家禽遺傳改良的重要任務(wù)。產(chǎn)蛋性狀屬低

【參考文獻】

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【共引文獻】

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6 楊秋s，

本文編號：1344289