本文關(guān)鍵詞：應(yīng)用SELDI-TOF-MS技術(shù)對患脂肪肝奶牛血漿差異蛋白的分離鑒定及生物信息學(xué)特征

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【摘要】：【目的】脂肪肝是圍產(chǎn)期奶牛主要代謝性疾病之一,50%產(chǎn)后奶牛受其影響。產(chǎn)后奶牛生產(chǎn)力降低、繁殖性能低下、免疫功能減弱、肝功能衰竭和過早死亡都與脂肪肝有關(guān)。表面增強激光解析/電離飛行時間質(zhì)譜(SELDI-TOF-MS)是一種對生物樣本蛋白質(zhì)研究的新型高敏感性蛋白質(zhì)組學(xué)方法,文章旨在探討脂肪肝奶牛血漿蛋白質(zhì)組學(xué)特征�！痉椒ā坑诤邶埥臣s化養(yǎng)牛場選擇產(chǎn)后7—28d,1—2胎次荷斯坦奶牛40頭。清晨空腹尾靜脈采血10m L,應(yīng)用肝素抗凝(150U)迅速離心(3 000 r/min,5 min)分離血漿,置于-80℃冰箱冷凍保存。依據(jù)血漿甘油三酯(TG0.20 mmol·L-1),血漿β-羥丁酸(BHBA1.2mmol·L-1)濃度和臨床癥狀,將其分為試驗組(T)20頭和健康對照組(C)20頭。應(yīng)用SELDI-TOF-MS技術(shù)測得血漿蛋白質(zhì)譜,利用Ciphergen Protein Chip Software(Version 3.1.1)對在試驗組和對照組所有樣品中得到的峰圖進行分析,得到原始數(shù)據(jù)。將兩組之間的數(shù)據(jù)峰值做wilcoxon sum rank test統(tǒng)計檢驗,用計算出的P值判斷峰在兩組中是否有顯著差異。以0.01作為P值的閾值,篩選出P值小于0.01的差異峰。在得到的差異峰中,將差異峰的m/z值與Swissport蛋白數(shù)據(jù)庫中多肽的理論荷質(zhì)比(mass to charge ratio,m/z)進行比較,找到最相似的蛋白作為差異峰可能檢測蛋白的預(yù)測結(jié)果。【結(jié)果】與對照組相比,試驗組奶牛血漿蛋白質(zhì)譜存在39個差異峰,在得到的39個差異峰中,將差異峰的m/z值與Swissport蛋白數(shù)據(jù)庫中多肽的理論荷質(zhì)比值進行比較,最終獲得26個可預(yù)測的差異峰,預(yù)測蛋白11種。結(jié)果顯示,相對于C組,11種預(yù)測蛋白在T組中均表達下調(diào)。通過生物信息學(xué)(Network,GO,Pathway)分析,應(yīng)用Cytoscape軟件對獲得的11種蛋白進行牛類基因網(wǎng)絡(luò)搜索,得到Networks分析結(jié)果圖。在數(shù)據(jù)庫中搜索到了試驗結(jié)果中的淀粉樣肽前體蛋白(amyloid precursor protein,APP)和纖維蛋白原α鏈(fibrinogen alpha chain,FGA)兩種差異蛋白,并得到其相關(guān)的Networks分析結(jié)果。應(yīng)用Cytoscape軟件中Bin GO插件對11種蛋白進行GO分析,并得到GO分析結(jié)果。對這些蛋白質(zhì)經(jīng)軟件搜庫得到已經(jīng)注釋的差異蛋白有9種,分別為FGA、血清淀粉樣蛋白A(serum amyloid A protein,SAA)、血漿蛋白酶c1抑制劑(plasma protease c1 inhibitor,SERPING1 or C1INH)、血清載脂蛋白-CⅢ(apolipoprotein c-Ⅲ,Apo CⅢ)、海帕西啶(hepcidin,HAMP)、骨橋蛋白(osteopontin,OPN or SPP1)、甲狀腺素運轉(zhuǎn)蛋白(transthyretin,TTR)、胱蛋白酶抑制劑C(cystatin-c,CysC or CST)、神經(jīng)分泌血管生長因子蛋白(neurosecretory protein,VGF)。應(yīng)用KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)pathway數(shù)據(jù)庫搜索。搜索結(jié)果顯示只有6種蛋白質(zhì)可在數(shù)據(jù)庫中搜到,分別是FGA、SERPING1、APO-CⅢ、APP、CysC、SPP1。并得到其相關(guān)的Pathway分析結(jié)果。這些蛋白可能是與奶牛脂肪肝發(fā)病機制相關(guān)的物質(zhì)�！窘Y(jié)論】應(yīng)用SELDI-TOF-MS技術(shù)有效的分離了健康牛與患病牛之間的血漿差異表達蛋白,均在肝臟代謝或脂肪肝疾病發(fā)生發(fā)展過程中起重要的調(diào)節(jié)作用,對探究奶牛脂肪肝發(fā)病機理及其對機體生物學(xué)功能的影響具有重要的理論價值。差異蛋白對奶牛脂肪肝的發(fā)病機理的影響尚待進一步研究。
【作者單位】： 黑龍江八一農(nóng)墾大學(xué)動物科技學(xué)院;
【關(guān)鍵詞】： 奶牛 脂肪肝 SELDI-TOF-MS 血漿蛋白質(zhì)組學(xué) 差異表達蛋白
【基金】：國家自然科學(xué)基金青年基金(31372625) 黑龍江省教育廳黑龍江省高校新世紀優(yōu)秀人才項目(1252-NCET-003) 科技部科技支撐計項目(2013BAD21B01)
【分類號】：S858.23
【正文快照】： 0引言【研究意義】脂肪肝是圍產(chǎn)期奶牛主要代謝性疾病之一,50%產(chǎn)后奶牛受到其影響[1]。產(chǎn)后奶牛生產(chǎn)力降低、繁殖性能低下、免疫功能減弱、肝功能衰竭和過早死亡都與脂肪肝有關(guān)。高產(chǎn)奶牛在泌乳早期由于能量過度需求,超過從飼料中攝取能量使奶牛處于能量負平衡狀態(tài)[2],導(dǎo)致機，

本文編號：1078572