發(fā)布時間：2017-10-05 22:09

  本文關(guān)鍵詞：基于結(jié)構(gòu)的HIV-1整合酶抑制劑的虛擬篩選

  更多相關(guān)文章： 人類免疫缺陷病毒- 整合酶 抑制劑 虛擬篩選 PyRx

【摘要】：目的虛擬篩選基于結(jié)構(gòu)的HIV-1整合酶抑制劑。方法從PDB(Protein Data Bank)下載HIV-1整合酶催化核心結(jié)構(gòu)域與LEDGF/p75整合酶結(jié)合結(jié)構(gòu)域(integrase binding domain,IBD)的晶體結(jié)構(gòu)(PDB ID:2B4J),通過AutoDockTools對結(jié)構(gòu)進(jìn)行處理;從ZINC數(shù)據(jù)庫下載化合物結(jié)構(gòu),用PyRx處理和轉(zhuǎn)換成pdbqt格式,建立一個處理后的化合物數(shù)據(jù)庫;以HIV整合酶為靶點(diǎn),通過新的虛擬篩選工具PyRx運(yùn)行AutoDock Vina,對ZINC數(shù)據(jù)庫的化合物進(jìn)行虛擬篩選;分析得到的小分子抑制劑與整合酶之間的結(jié)合情況,并用PyMol對小分子抑制劑與整合酶的結(jié)合模式進(jìn)行3D建模。結(jié)果經(jīng)3輪篩選,發(fā)現(xiàn)5個高活性的HIV-1整合酶抑制劑ZINC9486894、ZINC47636331、ZINC57383520、ZINC68964708、ZINC73549421;5個小分子抑制劑與整合酶之間的結(jié)合主要是氫鍵結(jié)合力和疏水相互作用。結(jié)論通過PyRx運(yùn)行AutoDock Vina,從ZINC數(shù)據(jù)庫的化合物中篩選出5個新的HIV-1整合酶抑制劑。
【作者單位】： 遵義醫(yī)學(xué)院免疫學(xué)教研室貴州省免疫學(xué)研究生教育創(chuàng)新基地;
【關(guān)鍵詞】： 人類免疫缺陷病毒- 整合酶 抑制劑 虛擬篩選 PyRx
【分類號】：R373.9
【正文快照】： HIV-1整合酶(integrase)可以催化前病毒整合進(jìn)入人類基因組,而整合進(jìn)入人類基因組是病毒利用人類細(xì)胞機(jī)制完成其自身的復(fù)制和增殖的第一步,也是整個病毒感染周期的關(guān)鍵步驟[1]。有研究表明,除了催化病毒cDNA插入人類基因組以外,整合酶還在病毒復(fù)制周期中發(fā)揮其他功能,如將病毒

【共引文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

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中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 唐峗;;HIV-1整合酶與人體LEDGF/p75相互作用界面抑制劑發(fā)現(xiàn)研究[A];第八屆全國化學(xué)生物學(xué)學(xué)術(shù)會議論文摘要集[C];2013年

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前1條

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中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前2條

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【相似文獻(xiàn)】

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6 郭嘉亮;陳衛(wèi)民;;細(xì)菌群體感應(yīng)信號分子與抑制劑研究進(jìn)展[J];生命科學(xué);2007年02期

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中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

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2 閆麗新;陶一之找到H5N1病毒弱點(diǎn)[N];健康報;2007年

3 陳超;科學(xué)家發(fā)現(xiàn)植物生長素抑制劑[N];科技日報;2010年

4 常麗君;研究揭示搗亂細(xì)胞被“刺殺”機(jī)制[N];科技日報;2010年

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中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

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3 李南;肺炎鏈球菌組氨酸激酶（VicK）的同源模建及其先導(dǎo)抑制劑的篩選和鑒定[D];重慶醫(yī)科大學(xué);2009年

4 徐煥宇;構(gòu)建表達(dá)φC31整合酶的工具鼠[D];上海交通大學(xué);2008年

5 萬小波;蛋白激酶小分子抑制劑選擇性及其JAK2激酶調(diào)控機(jī)制的計算化學(xué)研究[D];北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院;2013年

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中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 劉蒙蒙;結(jié)合虛擬篩選、分子動力學(xué)以及MM-PBSA方法對昆蟲β-N-乙酰己糖胺酶的新型潛在抑制劑的研究[D];西北大學(xué);2013年

2 馮微宏;HIV-1整合酶的生物活性及酶動力學(xué)分析[D];浙江大學(xué);2006年

3 楊佳倩;5-氨基乙酰丙酸脫水酶的克隆表達(dá)與酶學(xué)性質(zhì)的初步研究[D];浙江大學(xué);2008年

4 陳源;孔雀綠—磷鉬雜多酸法測定磷酸二酯酶活性及其抑制劑的影響[D];重慶醫(yī)科大學(xué);2009年

5 張寶花;復(fù)雜體系生物物理化學(xué)行為的理論研究初探[D];北京化工大學(xué);2010年

6 郭函子;冬棗(Ziziphus jujuba Mill.)果實(shí)多聚半乳糖醛酸酶多克隆抗體制備及抑制劑篩選[D];河北農(nóng)業(yè)大學(xué);2001年

7 鄧靜;幾種小分子物質(zhì)對胰蛋白酶部分性質(zhì)的影響研究[D];四川大學(xué);2007年

8 張春樂;抑制劑對蘑菇酪氨酸酶的抑制效應(yīng)及抗菌活性[D];廈門大學(xué);2007年

9 林敏;抑制劑對蘑菇酪氨酸酶與馬鈴薯多酚氧化酶抑制效應(yīng)的比較研究[D];廈門大學(xué);2007年

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本文編號：979089