本文關鍵詞：基于保守序列挖掘的乙型肝炎病毒進化研究

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【摘要】：乙型肝炎是一種十分嚴重的全球性傳染疾病,乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)是導致乙型肝炎的直接原因。而HBV突變是乙肝病毒進化過程中的一個重要部分,近幾年,國內(nèi)外針對HBV突變進行了廣泛研究。但是,對乙肝病毒序列中保守序列的研究為仍處于起步階段。本文首先采用MEME(Multiple EM for motif elicitation)算法挖掘HBV基序(生物序列中的保守序列片段,即Motif),并提出了一種新的度量標準保守指數(shù)(Conserved index,CI),然后對HBV序列進行系統(tǒng)發(fā)育分析,最后對構建的系統(tǒng)發(fā)育樹進行可靠性評價。結果表明,新的度量標準CI可以有效地利用MEME方法挖掘出多個保守序列,進行HBV序列的系統(tǒng)發(fā)育樹構建,進而分析HBV序列之間的進化關系,并可以找出樣本可能的祖先序列。本文的實驗方法對HBV大數(shù)據(jù)集分析方法的研究有積極地啟示作用。
【作者單位】： 昆明理工大學信息工程與自動化學院生物醫(yī)學工程研究所;
【關鍵詞】： 基序挖掘 乙型肝炎病毒 系統(tǒng)發(fā)育樹 保守指數(shù) 可靠性評價
【基金】：國家自然科學基金(No.11265007) 云南省基礎應用研究基金(No.2009Zc049M) 云南省教育廳科學研究基金(No.2012Y551)
【分類號】：R373
【正文快照】： 乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)是一種部分單鏈的環(huán)狀雙鏈小DNA病毒,屬于嗜肝DNA病毒家族。HBV易發(fā)生突變,其原因尚未被完全解釋。一些學者指出,HBV突變與病毒自身特性、宿主免疫系統(tǒng)、遺傳和實驗方法等因素有緊密聯(lián)系[1-3]。近幾年來,HBV病毒學和免疫學特征已經(jīng)得到了

【共引文獻】

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中國碩士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前9條

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2 楊s，

本文編號：761661