為了解廣東省蚊媒病毒的種類和分子特征,本研究對從蚊子中分離的三株黃病毒提取病毒核酸并進行二代測序,經(jīng)序列拼接和比對,基因組序列中缺失的gap通過RT-PCR進行擴增填補。用MEGA軟件登錄GenBank下載黃病毒代表株序列并繪制進化樹,同時用ClustalW2軟件與新毒株進行氨基酸同源性比對和編碼框序列的分析。結(jié)果顯示利用二代測序技術獲得了三株病毒基因組序列的96.35%～98.26%,并用RT-PCR成功補齊所有gap,序列比對顯示其中一株與黃斑庫蚊病毒核苷酸和氨基酸同源性98.51%,兩株病毒與廣平病毒的核苷酸同源性分別為97.30%和89.78%。三株病毒都屬于黃病毒家族中的未分類黃病毒或昆蟲特異性黃病毒,編碼區(qū)序列中C蛋白的同源性最低,NS5的同源性最高。本研究發(fā)現(xiàn)的三株蚊媒黃病毒中,庫蚊黃斑病毒在國內(nèi)為首次鑒定;兩株廣平病毒核苷酸同源性存在較大差異,可能存在不同基因亞型。

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【文章目錄】：
材料與方法 1毒株 2病毒復蘇及細胞培養(yǎng) 3病毒核酸的提取和二代測序 4基因組序列拼接及RT-PCR 5系統(tǒng)進化分析 結(jié)果 1二代測序 2基因組序列 3系統(tǒng)進化分析 4編碼區(qū)蛋白分析 討論



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