[目的]本文旨在解決轉(zhuǎn)錄組技術(shù)研究食源性致病菌致病機(jī)制過程中核糖體RNA(rRNA)無法高效去除的問題。[方法]以9種常見食源性致病菌的201條rRNA序列為參考對象,設(shè)計(jì)每條rRNA編碼基因的反向互補(bǔ)配對DNA探針,隨后將探針與細(xì)菌總RNA進(jìn)行雜交,在RNase H和DNaseⅠ的作用下去除rRNA。以大腸桿菌O157:H7 Sakai、單增李斯特菌EGD-e、腸道沙門氏菌CT18以及銅綠假單胞菌PAO1這4株菌的總RNA為模板,分別使用本研究設(shè)計(jì)的rRNA去除探針以及建立的rRNA去除體系與Ribo-Zero rRNA Removal Kit(Bacteria)進(jìn)行rRNA去除,隨后用相同方法進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組文庫構(gòu)建,并使用Illumina Hi Seq X測序平臺進(jìn)行相同數(shù)據(jù)量的測序,最后通過生物信息分析比較rRNA去除效果。[結(jié)果]共設(shè)計(jì)rRNA去除探針541條。當(dāng)總RNA使用量范圍為1～5μg,探針使用量為100 pmol,RNase H使用量為2 U,DNaseⅠ保持過量為10 U時,rRNA去除體系的性能達(dá)到最優(yōu),去除效率達(dá)95%以上。使用本研究構(gòu)建的rRNA去除體系時,4株食...

【文章頁數(shù)】：7 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 試驗(yàn)材料與主要試劑
    1.2 試驗(yàn)方法
        1.2.1 菌株總RNA獲取
        1.2.2 去rRNA探針設(shè)計(jì)
        1.2.3 rRNA去除流程
        1.2.4 RT-qPCR
        1.2.5 rRNA去除效率計(jì)算
        1.2.6 RNA文庫構(gòu)建
        1.2.7 上機(jī)測序與數(shù)據(jù)分析
2 結(jié)果與分析
    2.1 食源性致病菌rRNA去除體系中探針使用量的確定
    2.2 食源性致病菌rRNA去除體系中總RNA使用量的確定
    2.3 食源性致病菌rRNA去除體系中RNase H使用量的確定
    2.4 食源性致病菌rRNA去除體系與商業(yè)化試劑盒去除效率的比較
3 討論



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