目的了解云南省大理地區(qū)主要流行基因型3a丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus, HCV)E基因分子特征和遺傳進(jìn)化特點。方法 2014年1-5月,在大理州人民醫(yī)院采集臨床診斷為丙型肝炎患者血清,提取病毒RNA,采用3a HCV E基因特異引物進(jìn)行RT-PCR擴(kuò)增并測序,采用Clustal X2.1、DNASTAR、Mega 7.1、NetNGlyc 1.0和SYFPEITHI 1.0等生物信息學(xué)軟件進(jìn)行序列分析。結(jié)果共收集到丙型肝炎患者血清48份,其中4份(標(biāo)本號為3、4、9、12)3a HCV E基因擴(kuò)增陽性,測序后分別獲得4株病毒1327 nt序列。遺傳進(jìn)化分析顯示4株HCV病毒與國內(nèi)、外流行3a型HCV位于同一進(jìn)化分支內(nèi),核苷酸和氨基酸同源性分別為83.2%～91.5%和82.4%～92.3%,與基因3型其它基因亞型HCV同源性分別為69.6%～73.1%和73.6%～77.7%,與其它基因型HCV病毒同源性均低于66%和70.3%。4、9、12號病毒E基因均存在10個潛在糖基化位點,3號病毒缺少1個224位潛在糖基化位點,其余9個糖基化位點位置與另3株病毒均相同;與其...

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【文章目錄】：
材料與方法
1 材料
2 血清
    2.1 RNA提取、cDNA合成及RT-PCR擴(kuò)增
    2.2 序列分析 結(jié) 果
1 大理地區(qū)流行的3a型HCV E基因擴(kuò)增
2 3a型HCV E基因序列分析
    2.1 HCV E基因核苷酸和編碼氨基酸同源性分析
    2.2 3a型HCV E基因序列分析
    
2.2.1 HCV E基因編碼氨基酸潛在糖基化位點
    
2.2.2 HCV E基因編碼氨基酸T細(xì)胞抗原表位
    
2.2.3 大理地區(qū)流行的HCV E2基因編碼蛋白結(jié)構(gòu)區(qū)分析
3 大理地區(qū)流行的3a型HCV E基因遺傳進(jìn)化分析 討 論



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