背景:EgA 31蛋白是參與成蟲吸盤肌收縮的一類蛋白,是細(xì)粒棘球蚴絳蟲保護(hù)性免疫中重要的候選疫苗分子。目的:應(yīng)用生物信息學(xué)方法對細(xì)粒棘球絳蟲EgA31蛋白進(jìn)行分析,預(yù)測其可能的T細(xì)胞及B細(xì)胞優(yōu)勢抗原表位。方法:從GenB ank中獲取EgA31蛋白的氨基酸序列(GenB ank登記號為AAC21558.1),利用ProtParam在線程序分析EgA31蛋白的分子質(zhì)量、理論等電點、氨基酸組成、原子組成、消光系數(shù)、不穩(wěn)定系數(shù)和總平均疏水性,DNAstar Protein模塊、SOPMA在線服務(wù)器分析蛋白二級結(jié)構(gòu),Phyre的同源建模服務(wù)器預(yù)測其蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu),最后通過ABCpred、BepiPred、SYFPEITHI、IDBE等軟件聯(lián)合預(yù)測細(xì)粒棘球絳蟲EGA31蛋白的T細(xì)胞及B細(xì)胞的優(yōu)勢抗原表位。結(jié)果與結(jié)論:(1)EgA31蛋白由601個氨基酸組成,其中含有112個強(qiáng)堿性氨基酸,121個強(qiáng)酸性氨基酸,歸類為不穩(wěn)定且親水性蛋白;(2)在線分析發(fā)現(xiàn),EgA31蛋白的二級結(jié)構(gòu)中α-螺旋約占82.36%,延長鏈約占4.16%,β-轉(zhuǎn)角約占3.16%,無規(guī)則卷曲約占10.32%;(3)通過ABCp...

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【文章目錄】：
文題釋義:
0引言Introduction
1 材料和方法Materials and methods
    1.1 設(shè)計
    1.2 時間及地點
    1.3 材料
    1.4 實驗方法
        1.4.1 EgA31蛋白理化性質(zhì)預(yù)測
        1.4.2 EgA31蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)分析
        1.4.3蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)分析
        1.4.4 蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)分析
        1.4.5 EgA31蛋白的優(yōu)勢T細(xì)胞表位預(yù)測
        1.4.6 EgA31蛋白的優(yōu)勢B細(xì)胞表位預(yù)測
2 結(jié)果Results
    2.1 通過GenBank檢索后得到EgA31蛋白的氨基酸序列如下
    2.2 根據(jù)ProtParam在線服務(wù)器運(yùn)算結(jié)果
    2.3 利用DNAstar軟件Protein模塊兩種方法 (Gramier-Robson及Chou-Fasman) 進(jìn)行細(xì)粒棘球絳蟲EgA31蛋白的二級結(jié)構(gòu)分析
    2.4 SOPMA服務(wù)器分析Eg A31蛋白結(jié)果
    2.5 利用Phyre的同源建模預(yù)測EgA31蛋白的三級結(jié)構(gòu)
    2.6 EgA31蛋白的優(yōu)勢T細(xì)胞表位預(yù)測結(jié)果
    2.7 EgA31蛋白的優(yōu)勢B細(xì)胞抗原表位預(yù)測結(jié)果
3 討論Discussion



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