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單核苷酸錯配對于Cpf1特異性的影響(英文)

發(fā)布時間:2022-08-02 15:05
  CRISPR/Cas系統(tǒng)從發(fā)現(xiàn)和應(yīng)用以來,熱度持續(xù)上升。在過去幾年中,這種技術(shù)已經(jīng)成為了基因編輯的標(biāo)準(zhǔn)方案。該技術(shù)用一條指導(dǎo)RNA(guideRNA)來引導(dǎo)Cas9或Cpf1等核酸酶在特定的位點實現(xiàn)雙鏈打斷。但是這種系統(tǒng)也有可能在非特異性的位置進行切割,這種現(xiàn)象成為"脫靶效應(yīng)"。脫靶剪切現(xiàn)象可能會給基因功能研究或者臨床治療帶來很多麻煩。為了深入研究Cpf1的特異性,本研究通過一套雙熒光報告系統(tǒng)探索了單核苷酸錯配的影響。結(jié)果表明,間隔區(qū)內(nèi)的poly(T)結(jié)構(gòu)會阻止Cpf1的靶向切割。而且rA的錯配似乎是CRISPR/Cpf1容忍度最低的一類,這與CRISPR/Cas9的情況相同。這種相似性可能來源于兩種酶在進化上的同源性。上述結(jié)果表明,在使用CRISPR/Cp1或者CRISPR/Cas9的時候應(yīng)當(dāng)更多注意其脫靶效應(yīng),因為這種效應(yīng)是這套系統(tǒng)的一個內(nèi)在特性。 

【文章頁數(shù)】:9 頁

【文章目錄】:
1. Introduction
2. Materials and methods
    2.1. Plasmids and primers
    2.2. Cleavage efficiency assay
3. Results
    3.1. The cleavage efficiency can be sensitively detected by the dual-luciferase assay
    3.2. Poly (T) existing in spacer may abolish the cleavage activity
    3.3. Targeting specificity of PAM sequence
    3.4. rA Mismatches tend to be the lowest tolerance in AAVS1
4. Discussion



本文編號:3668745

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