一株缺失pMT1質(zhì)粒鼠疫菌的全基因組序列分析
發(fā)布時間：2021-08-30 18:14
目的通過基因測序及生物信息學(xué)分析,確定O-1菌株基因組的一般特征及與參考菌株的差異,確定O-1菌株的pMT1質(zhì)粒是否整合至染色體以及可能的整合機制。方法提取O-1鼠疫菌株的全基因組DNA,進行測序組裝,獲得全基因組序列及圈圖;通過與參考菌株比較來描述基因組一般特征;通過序列比對（Blast/Mauve）確定整合位點,再通過引物設(shè)計和PCR擴增來驗證整合位點。結(jié)果 O-1菌株基因組包括一個染色體,兩個質(zhì)粒（70.3Kb,9.6Kb）;O-1菌株染色體基因數(shù)目與CO92菌株有差異,染色體的插入序列（尤其是IS100和IS1541）較CO92菌株多;O-1菌株質(zhì)粒與CO92菌株很相似,但O-1菌株無獨立存在的pMT1質(zhì)粒。pMT1質(zhì)粒序列位于O-1菌株染色體中,從1429315至1526240,序列長度為96926bp;且整合位點被PCR擴增證實;O-1菌株pMT1質(zhì)粒序列含有5個IS序列;pMT1序列的插入位點處于O-1染色體的非編碼區(qū)。結(jié)論 O-1菌株的pMT1質(zhì)粒整合至染色體,而且是完整序列整合。O-1菌株染色體特征與CO92有差異,且插入序列較多。IS1541A介導(dǎo)的同源重組可能是p...
【文章來源】：現(xiàn)代預(yù)防醫(yī)學(xué). 2019,46(09)北大核心
【文章頁數(shù)】：5 頁
【部分圖文】：
－1菌株提取DNA電泳結(jié)果圖注:1，2，3，4，5分別為O－1菌株提取DNA的五個平行管
(續(xù)表)菌株名稱pPCP1長度(bp)G+C(%)CDSpCD1長度(bp)G+C(%)CDSpMT1長度(bp)G+C(%)CDSCO92961245.2797030544.84979621050.23103KIM51007240.30127100444.7710410099050.16120Antiqua1077745.4497029944.83899647150.249991001960945.26107015944.909810664250.31128D182038960845.2996966544.72689604650.2380注:CDS是編碼序列(Codingsequence)的縮寫�！埃贝頍o。圖3O－1菌株染色體序列與CO92菌株pMT1序列比對結(jié)果(Mauve)圖4O－1菌株染色體序列與CO92菌株pMT1序列比對結(jié)果(Blast)注:陰影部分為模塊間序列的重疊區(qū)。2.4pMT1質(zhì)粒序列的結(jié)構(gòu)及插入點在染色體的位置O－1菌株染色體上整合的pMT1序列含有3種5個IS，分別為2個IS100(位置為1466053－1468005，1504996－1506949)，2個IS1541A(位置為1429321－1430030，1525530－1526239)，1個IS285(位置為1488527－1489841)，其位置見圖5。該序列比CO92菌株的pMT1質(zhì)粒多了一個IS1541A。pMT1序列的插入位點處于O－1染色體的非編碼區(qū)，且通過尋找插入點附近的基因，將其與CO92相對應(yīng)的基因比對，未發(fā)現(xiàn)基因突變。研究還發(fā)現(xiàn)，插入點處也存在一個IS1541A。圖5O－1菌株染色體上整合的pMT1序列上的插入序列(IS)位置圖現(xiàn)代預(yù)防醫(yī)學(xué)2019年第46卷第9期ModernPreventiveMedicine，2019，Vol.46，NO.9·5761·
【參考文獻】：
期刊論文
[1]caf1基因為靶標的鼠疫檢測PCR法的改進[J]. 張艷,郭英,董珊珊,揭云翠,鐘佑宏,李偉,宋志忠,王鵬. 中華地方病學(xué)雜志. 2018 (03)
[2]2010-2015年全球鼠疫流行概況[J]. 龔震宇,龔訓(xùn)良. 疾病監(jiān)測. 2016(08)
[3]云南省家鼠鼠疫流行特征與強度分析[J]. 楊春光,趙文紅,董興齊. 中國媒介生物學(xué)及控制雜志. 2007(03)
[4]1982-2005年云南省家鼠鼠疫流行狀況分析[J]. 李俊勇,趙文紅,董興齊,梁云,洪梅. 中國地方病學(xué)雜志. 2006(06)
[5]云南省鼠疫菌質(zhì)粒特征及地理分布[J]. 董興齊,葉楓,彭何碧,李俊勇,高子厚,尹家祥,張洪英,吳明壽. 中華流行病學(xué)雜志. 2001(05)
[6]云南省鼠疫菌某些生物學(xué)特性及其流行病學(xué)意義[J]. 董興齊,彭何碧,葉楓,黃堅華. 大理醫(yī)學(xué)院學(xué)報. 1995(01)
本文編號：3373267
【文章來源】：現(xiàn)代預(yù)防醫(yī)學(xué). 2019,46(09)北大核心
【文章頁數(shù)】：5 頁
【部分圖文】：
－1菌株提取DNA電泳結(jié)果圖注:1，2，3，4，5分別為O－1菌株提取DNA的五個平行管
(續(xù)表)菌株名稱pPCP1長度(bp)G+C(%)CDSpCD1長度(bp)G+C(%)CDSpMT1長度(bp)G+C(%)CDSCO92961245.2797030544.84979621050.23103KIM51007240.30127100444.7710410099050.16120Antiqua1077745.4497029944.83899647150.249991001960945.26107015944.909810664250.31128D182038960845.2996966544.72689604650.2380注:CDS是編碼序列(Codingsequence)的縮寫�！埃贝頍o。圖3O－1菌株染色體序列與CO92菌株pMT1序列比對結(jié)果(Mauve)圖4O－1菌株染色體序列與CO92菌株pMT1序列比對結(jié)果(Blast)注:陰影部分為模塊間序列的重疊區(qū)。2.4pMT1質(zhì)粒序列的結(jié)構(gòu)及插入點在染色體的位置O－1菌株染色體上整合的pMT1序列含有3種5個IS，分別為2個IS100(位置為1466053－1468005，1504996－1506949)，2個IS1541A(位置為1429321－1430030，1525530－1526239)，1個IS285(位置為1488527－1489841)，其位置見圖5。該序列比CO92菌株的pMT1質(zhì)粒多了一個IS1541A。pMT1序列的插入位點處于O－1染色體的非編碼區(qū)，且通過尋找插入點附近的基因，將其與CO92相對應(yīng)的基因比對，未發(fā)現(xiàn)基因突變。研究還發(fā)現(xiàn)，插入點處也存在一個IS1541A。圖5O－1菌株染色體上整合的pMT1序列上的插入序列(IS)位置圖現(xiàn)代預(yù)防醫(yī)學(xué)2019年第46卷第9期ModernPreventiveMedicine，2019，Vol.46，NO.9·5761·
【參考文獻】：
期刊論文
[1]caf1基因為靶標的鼠疫檢測PCR法的改進[J]. 張艷,郭英,董珊珊,揭云翠,鐘佑宏,李偉,宋志忠,王鵬. 中華地方病學(xué)雜志. 2018 (03)
[2]2010-2015年全球鼠疫流行概況[J]. 龔震宇,龔訓(xùn)良. 疾病監(jiān)測. 2016(08)
[3]云南省家鼠鼠疫流行特征與強度分析[J]. 楊春光,趙文紅,董興齊. 中國媒介生物學(xué)及控制雜志. 2007(03)
[4]1982-2005年云南省家鼠鼠疫流行狀況分析[J]. 李俊勇,趙文紅,董興齊,梁云,洪梅. 中國地方病學(xué)雜志. 2006(06)
[5]云南省鼠疫菌質(zhì)粒特征及地理分布[J]. 董興齊,葉楓,彭何碧,李俊勇,高子厚,尹家祥,張洪英,吳明壽. 中華流行病學(xué)雜志. 2001(05)
[6]云南省鼠疫菌某些生物學(xué)特性及其流行病學(xué)意義[J]. 董興齊,彭何碧,葉楓,黃堅華. 大理醫(yī)學(xué)院學(xué)報. 1995(01)
本文編號：3373267
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