[目的]溫帶臭蟲（Cimex lectularius）是世界性分布的吸血性寄生蟲,主要靠吸食人血為生。探究溫帶臭蟲轉(zhuǎn)錄組SSR和SNP分布規(guī)律,可為后期溫帶臭蟲的SSR和SNP分子標(biāo)記開發(fā)、遺傳多樣性分析以及遺傳圖譜構(gòu)建等研究奠定基礎(chǔ)。[方法]以轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)為基礎(chǔ),利用軟件msatcommander v0.8.2和SOAPsnp v1.03系統(tǒng)分析了SSR和SNP位點多態(tài)性和分布特征。[結(jié)果]溫帶臭蟲轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的25 468條unigene中含有4 758個SSR位點,分布在4 171unigene序列中。其中單核苷酸重復(fù)的次數(shù)最多,共有2 795個,占總數(shù)的58.74%,其次是三核苷酸重復(fù)和二核苷酸重復(fù)分別是984個（20.68%）和764個（16.06%）,四核苷酸重復(fù)有195個（4.10%）,而五、六核苷酸重復(fù)最少,僅出現(xiàn)20次（0.42%）。在溫帶臭蟲的SSR位點中,共出現(xiàn)30個重復(fù)基元,其中優(yōu)勢的重復(fù)基元類型是A/T,共有2 757個,其次是AT/AT,有474個,ATT/AAT有342個。在25 468個unigene中共發(fā)現(xiàn)76 562個simple SNPs,其中轉(zhuǎn)換類型... 

【文章來源】：山西農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2019年04期 北大核心

【文章頁數(shù)】：6 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的獲取
    1.2 溫帶臭蟲轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中SSR與SNP位點的發(fā)掘
2 結(jié)果與分析
    2.1 溫帶臭蟲轉(zhuǎn)錄組SSR數(shù)量及分布特征
    2.2 溫帶臭蟲SSR重復(fù)基元的種類及分布特征
    2.3 溫帶臭蟲SNP特征分析
3 討論與結(jié)論



本文編號：2957875