目的探索志賀菌中成簇的規(guī)律間隔短回文重復(fù)序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)與毒力基因和耐藥基因的關(guān)系。方法從GenBank數(shù)據(jù)庫中獲得志賀菌的基因組、毒力基因和耐藥基因的序列,通過多序列比對等方法獲得志賀菌中CRISPR1、CRISPR2和CRISPR-Q1的分布情況、重復(fù)序列和間隔序列信息,通過BLAST方法獲得毒力基因和耐藥基因在志賀菌中的分布情況,SPSS 21.0軟件分析CRISPR與毒力基因和耐藥基因的關(guān)系。結(jié)果志賀菌中的CRISPR1和CRISPR2在不同菌株中的間隔序列差別較大,CRISPRQ1分布更為廣泛(超過99%)。毒力基因在志賀菌中分布比較廣泛(均超過56%),耐藥基因中的blaOXA-1、camr、Sul2、tetB分布也比較廣(超過50%)。CRISPR1/CRISPR2與是否攜帶9種毒力基因、4種耐藥基因有關(guān)(P0.05),CRISPR-Q1與是否攜帶3種毒力基因、4種耐藥基因有關(guān)(P0.05)。CRISPR1/CRISPR2和CRISPR-Q1均與志賀菌中存在的毒力基因和耐藥基因的個數(shù)間有統(tǒng)計(jì)學(xué)關(guān)聯(lián)(P0.05)。CRISPR1/CRISPR2與CRISPR-Q1的間隔序列數(shù)目之間存在統(tǒng)計(jì)學(xué)關(guān)聯(lián)(χ2=61.6,P0.001)。結(jié)論志賀菌中不同CRISPR的分布差異比較大,存在的間隔序列數(shù)目不等;志賀菌CRISPR與部分毒力基因和耐藥基因之間存在負(fù)相關(guān);CRISPR1/CRISPR2與CRISPR-Q1的間隔序列數(shù)目存在正相關(guān)。
【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 數(shù)據(jù)來源
    1.2 CRISPR的識別與提取
    1.3 毒力基因和耐藥基因的選取
    1.4 統(tǒng)計(jì)學(xué)分析
2 結(jié)果
    2.1 志賀菌CRISPR1、CRISPR2和CRISPR-Q1的分布
    2.2 毒力基因和耐藥基因的分布
    2.3 CRISPR1/CRISPR2和CRISPR-Q1與毒力基因和耐藥基因的關(guān)系
    2.5 志賀菌CRISPR-Q1中間隔序列數(shù)目與CRISPR1/CRISPR2的關(guān)系
3 討論

【參考文獻(xiàn)】

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2 王鵬飛;王穎芳;段廣才;王琳琳;郭向嬌;薛澤潤;郗園林;楊海燕;;志賀菌成簇的規(guī)律間隔短回文重復(fù)序列的檢測及同源性分析[J];吉林大學(xué)學(xué)報(醫(yī)學(xué)版);2015年02期

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【共引文獻(xiàn)】

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【二級參考文獻(xiàn)】

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本文編號：2875962