利用長(zhǎng)距離PCR擴(kuò)增國(guó)內(nèi)腸道病毒流行株基因組方法的建立和評(píng)價(jià)
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生物技術(shù)通訊LETTERSINBIOTECHNOLOGYVol.30No.3May,2019增造成了諸多困難，主要體現(xiàn)在：在傳統(tǒng)的分段設(shè)計(jì)引物時(shí)，腸道病毒可能在引物的設(shè)計(jì)位點(diǎn)發(fā)生突變，導(dǎo)致引入突變或引物失效；混合腸道病毒感染情況時(shí)引物設(shè)計(jì)位點(diǎn)含有核酸多態(tài)性，特異性引物可能導(dǎo)致混合病毒序列信息的丟失；針對(duì)每一株腸道病毒或一批流行株腸道病毒進(jìn)行引物設(shè)計(jì)與合成不僅耗費(fèi)了人力物力，也對(duì)試劑和成本造成浪費(fèi)。因此，我們?cè)O(shè)計(jì)了一系列通用擴(kuò)增引物，能夠涵蓋近年來(lái)國(guó)內(nèi)暴發(fā)的腸道病毒流行株，獲得全基因組序列。在腸道病毒暴發(fā)流行中，EV-71型和CV-A16型為主要出現(xiàn)的病原體，這2種病原體在每年大流行中共同交替與進(jìn)化[14-15]，在臨床診斷和深入研究中，出現(xiàn)了患者混合腸道病毒感染的情況以及腸道病毒重組感染的情況。我們分別對(duì)這2種臨床可能出現(xiàn)的情況進(jìn)行了模擬與驗(yàn)證，結(jié)果顯示我們建立的方法具有分辨混合病毒感染的能力，且通過(guò)二代測(cè)序的序列讀數(shù)數(shù)量可大概推算2種混合腸道病毒的比例；重組腸道病毒的全序列擴(kuò)增也同樣能夠得到真實(shí)反映。我國(guó)每年暴發(fā)的腸道病毒流行株可能不盡相同，若每年根據(jù)腸道病毒流行株的分型信息設(shè)計(jì)特異性引物，將消耗很大的人力物力，并造成試劑和經(jīng)濟(jì)的浪費(fèi)。我們通過(guò)將建立的腸道病毒全基因組序列擴(kuò)增方法與二代測(cè)序技術(shù)相結(jié)合，節(jié)省了連接載體后測(cè)序等一系列步驟，節(jié)約了科研時(shí)間，也為進(jìn)一步的生物信息學(xué)研究提供了準(zhǔn)確、足量的數(shù)據(jù)。參考文獻(xiàn)[1]LiuW,WuS,XiongY,etal.Co-circulationandgenomicrecombinationofcoxsackievirusA16andenterovirus71duringalargeoutbreakofhand,foot,andmouthdiseaseinCentralChina[J].PLoSOne,2014,9(4):e96051.[2]YipCC,LauSK,ZhouB,etal.Emergen
【參考文獻(xiàn)】
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【相似文獻(xiàn)】
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