PEP、DOP-PCR單細胞多基因位點檢測研究
發(fā)布時間:2020-10-19 21:11
植入前遺傳學診斷(Preimplantation genetic Diagnosis,PGD)通過體 外輔助受精、胚胎細胞遺傳學分析,選擇正常胚胎移植,能將人類遺傳病控制 推進到胚胎植入子宮內膜之前,避免了異常妊娠的發(fā)生,具明顯的遺傳優(yōu)生學 意義。但由于PGD的分析材料僅限于1-2個活檢卵裂球細胞,單細胞多聚酶鏈 反應(Polymerase chain reaction,PCR)和熒光原位雜交(Fluorescence in-situ hybridization,F(xiàn)ISH)能提供的遺傳信息非常有限,難以滿足同時 檢測多個基因位點或重復檢測的需要。 全基因組擴增(Whole genome amplification,WGA)技術通過擴增微量 DNA模板甚至單個細胞的整個基因組,再將擴增產(chǎn)物分為多份,作為模板,進 行后續(xù)分析,增加微量DNA分析的遺傳信息量。應用于PGD,實現(xiàn)了單次胚胎活 檢,可分析多種不同基因病或多次重復檢測同種基因病。WGA技術主要有擴增 前引物延伸(Primer extension preamplification,PEP)、退變寡核苷酸引物 PCR(Degenerate oligonucleotide primer-PCR,DOP-PCR)。PEP以隨機組成 2001年浙江人學幀十學位論義 的 15堿基寡核昔酸作為引物,在低溫下連接、延伸,隨機擴增整個基因組 DNA。 DOP—PCR引物序列為 5’-CCGACTCGAGN’N’N’NNNATGTGG-3’,經(jīng)低溫引物 隨機連接和常溫特異引物連接延伸兩步法擴增,按比例均勻擴增整個基因組 D「A。?2P和D0?-?[R的隨機引物眾多,單一循環(huán)的PCR條件無法使所有隨機引 物同時處于良好的復性和延伸狀態(tài),其擴增全基因組DNA的完整性和擴增效率 尚存許多亟待探討之處。 單細胞PEP用于檢測基因位點的研究國外開展較早,迄今已有利用PEP 進行性別、神經(jīng)節(jié)昔脂病GM。I型、口地中海貧血.、IU:ln血型、高度多態(tài)短串 聯(lián)重復序列(short tandem repeat,STR)等基因位點的研究,但尚未見p地中 海貧血 CD17和 nt-28突變基因及連鎖基因(An?rlyl?T)、18和 ZI號染色體特異短 串聯(lián)重復序列 D18551、D21511和 D2151411位點的報道。國內研究才剛剛起步, 僅徐晨明和王敏分別進行單個淋巴細胞、單個胚胎細胞和單個胎兒有核紅細胞 的杜氏肌營養(yǎng)不良癥基因的檢測。單細胞DOP-PCR全基因組擴增產(chǎn)物目前局 限于比較基因組雜交,檢測全基因組或染色體組缺失和重復,應用于基因病的 檢測報道甚少。若能在DOP-PCR全基因組擴增,CGH染色體非整倍體檢測的 同時,利用其DOP-PCR產(chǎn)物,開展基因病的檢測或篩查,將具有明顯的臨床 應用價值。 第一部分 單細胞PEP多基因位點檢測的研究 目的:探索建立單細胞PEP全基因組擴增,后續(xù)巢式PCR 6地中海貧血 CD17和 nt-28突變基因及連鎖基因(ATTTTTT)、18和 21號染色體短串聯(lián)重復序 列 D18S51、D21Sll和 D2lS1411位點檢測技術,考察單細胞陀P同步檢測上述 基因位點以及囊性纖維病CF A F508及連鎖基因(GATT)、杜氏肌營養(yǎng)不良癥DMD 2 2001年浙江人學J袖十學位論義 基岡外顯子尸和48、Y染色體性別決定基因SRY的擴增準確率,分析單細胞 陀P擴增全基【間mA的完整性。方法:顯微操作獲取單個人淋巴細胞和胚胎 細胞,PEP全基回組擴增,后續(xù)特異性巢式PCR,檢測上述川個基囚位點的單 細胞擴增率(特異產(chǎn)物擴增出現(xiàn)的比率)、假陽性率(陰性管內山現(xiàn)擴增產(chǎn)物 的比率)、假陰性率(川性管內未出現(xiàn)擴增產(chǎn)物的比率)。擴增準確率(單 細胞利陰性、川性擴增產(chǎn)物的符合率)。結果:1.成功建立單細胞陀P全基 回組擴增,后續(xù)巢式 PCR D地中海貧血 CD17 t[ nt-28突變基因及連鎖基因 (ATI”TT)、18和 21號染色體短串聯(lián)重復序列 D18551、D21511和 D2151411位 點檢測技術。2.成功進行單細胞PEP-巢式PCR,上述基因位點以及綴性纖維病 CF八F508及連鎖基因(GATTTT)、杜氏肌營養(yǎng)不良癥皿D基因外顯子17和48、Y 染色體性別決定基因 SRY 10個位點的同步分析,單個淋巴細胞和單個胚胎細胞 擴增準確率分別達97.17%(583/600)和 gi.58%(174/190)。3.單個淋巴擴增 PEP后續(xù)巢式PCR擴增準確率高于單個胚胎細胞,假陽性率低于胚胎細胞,兩 者有顯著性差異(P<0.05)。 第二部分 單細胞DOP-PCR多基因位點檢測的研究 日的:探索建立單細胞DOP-PCR全基因組擴增,后續(xù)巢式PCR上述10個 基岡位點的同步檢測技術?
【學位單位】:浙江大學
【學位級別】:碩士
【學位年份】:2001
【中圖分類】:R710.2;R394.3
【文章目錄】:
一、 中文摘要
二、 英文摘要
三、 正 文
前言
第一部分 單細胞PEP多基因位點檢測的研究
材料與方法
結果
討論
第二部分 單細胞DOP-PCR多基因位點檢測的研究
材料與方法
結果
討論
結論
參考文獻
四、 綜 述
Ⅰ. 全基因組擴增技術的研究進展
Ⅱ. 熒光PCR在植入前遺傳學診斷的應用
五、 致 謝
【參考文獻】
本文編號:2847734
【學位單位】:浙江大學
【學位級別】:碩士
【學位年份】:2001
【中圖分類】:R710.2;R394.3
【文章目錄】:
一、 中文摘要
二、 英文摘要
三、 正 文
前言
第一部分 單細胞PEP多基因位點檢測的研究
材料與方法
結果
討論
第二部分 單細胞DOP-PCR多基因位點檢測的研究
材料與方法
結果
討論
結論
參考文獻
四、 綜 述
Ⅰ. 全基因組擴增技術的研究進展
Ⅱ. 熒光PCR在植入前遺傳學診斷的應用
五、 致 謝
【參考文獻】
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1 金帆,黃荷鳳,葉英輝,邢來鳳;單細胞的DOP—PCR—CGH分析[J];中國計劃生育學雜志;1999年08期
2 金帆,黃荷鳳,葉英輝,徐晨明,邢蘭鳳;簡并寡核苷酸引物聚合酶鏈反應擴增單細胞全基因組均勻性研究[J];中華婦產(chǎn)科雜志;2000年08期
本文編號:2847734
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