【摘要】：目的比較7株已完成全基因組測序的肺炎克雷伯菌單基因分子進化分析及多位點序列(MLST)分型與基因組系統(tǒng)學研究的結(jié)果,研究其親緣關系。方法采用Roche 454高通量測序技術對1株泛耐藥肺炎克雷伯菌JM45株做全基因組測序(完成圖),再與NCBI已完成全基因組測序的6株肺炎克雷伯菌9種看家基因進行單個基因分子進化分析,將該9個基因序列串聯(lián)作MLST分型,并將7株肺炎克雷伯菌的全基因組序列作聚類分析(為Fast Minimum Evolutin法)。結(jié)果 JM45株測得一條完整的基因組(染色體)序列及兩條質(zhì)粒序列;因為不同的基因進化率不同,7株肺炎克雷伯菌9種看家基因單個基因序列的分子進化圖并不一致;7株肺炎克雷伯菌MLST分型可見JM45株與HS11286株相同(即為同一型),1084株與NTUH-K2044株相同,但7株肺炎克雷伯菌基因組系統(tǒng)學分析可見,JM45株與HS11286株并不相同(即非為同一型),JM45株與HS11286株距離最近,與342株距離最遠,其他各株介于二者之間。結(jié)論采用單個基因序列的分子進化分析法及MLST分型用作菌株親緣性關系分析法并不可靠,本研究為國內(nèi)首個單個看家基因分子進化分析及MLST分型與基因組系統(tǒng)學研究的比較報道。
[Abstract]:Objective to compare the results of single gene molecular evolution analysis, multi-site sequence (MLST) typing and genomic systematics of 7 strains of Klebsiella pneumoniae that have completed genome sequencing, and to study their genetic relationship. Methods the whole genome of a pan-resistant Klebsiella pneumoniae JM45 strain was sequenced by Roche 454. the single gene molecular evolution analysis was carried out with 9 housekeeping genes of 6 strains of Klebsiella pneumoniae that had completed the whole genome sequencing of NCBI. The 9 gene sequences were tandem for MLST typing, and the whole genome sequences of 7 strains of Klebsiella pneumoniae were analyzed by cluster analysis (Fast Minimum Evolutin method). Results A complete genome (chromosome) sequence and two plasmid sequences were obtained by JM45 strain, and the molecular evolution map of single gene sequence of 9 housekeeping genes of 7 strains of Klebsiella pneumoniae was not consistent because of the different gene evolution rates. The MLST typing of 7 strains of Klebsiella pneumoniae showed that JM45 strain was the same as HS11286 strain (that is, the same type), 1084 strains were the same as NTUH-K2044 strain, but 7 strains of Klebsiella pneumoniae genome systematic analysis showed that JM45 strain was not the same as HS11286 strain (that is, not the same type), JM45 strain was the closest to HS11286 strain and farthest from HS11286 strain, while the other strains were between the two strains. Conclusion it is not reliable to use molecular evolution analysis of single gene sequence and MLST typing to analyze the affinity relationship of strains. This study is the first comparative report on molecular evolution analysis of single housekeeping gene and MLST typing and genomic systematics in China.
【作者單位】： 杭州市余杭區(qū)中醫(yī)院檢驗科;南通大學附屬第三醫(yī)院檢驗科;寧波市第一醫(yī)院檢驗科;浙江大學醫(yī)學院附屬第一醫(yī)院傳染病診治國家重點實驗室;
【基金】：國家“十一五”科技重大專項基金資助項目(2008ZX100-03-004) 杭州市科技計劃引導基金資助項目(2012027) 杭州市衛(wèi)生科技計劃基金資助項目(2010B078) 杭州市余杭區(qū)重大科技基金資助項目(2012001)
【分類號】：R378.996

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本文編號：2527408