本文關(guān)鍵詞：A型流感病毒同義密碼子的使用偏性對RNA二級結(jié)構(gòu)的影響

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【摘要】：以A型流感病毒為研究樣本,分析了同義密碼子使用偏性對RNA二級結(jié)構(gòu)的影響,為進一步研究同義密碼子存在的意義及A型流感病毒RNA特征提供一些理論依據(jù)。收集整理了NCBI中收錄的全部A型流感病毒的核酸序列信息,計算了每一條核酸序列的RNA二級結(jié)構(gòu),計算出RNA環(huán)結(jié)構(gòu)含量和莖結(jié)構(gòu)含量及折疊自由能。在此基礎(chǔ)上,計算了RNA二級結(jié)構(gòu)的柔性。同時,計算了每一條核酸序列的相對同義密碼子使用值。由此,建立了A型流感病毒RNA二級結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫。分析每條核酸序列的相對同義密碼子使用值與RNA的環(huán)結(jié)構(gòu)、莖結(jié)構(gòu)及柔性之間的關(guān)系。分析結(jié)果表明,50%的氨基酸的相對同義密碼子使用值與RNA莖結(jié)構(gòu)含量和環(huán)結(jié)構(gòu)含量顯著相關(guān);60%的氨基酸的相對同義密碼子使用值與單位平均折疊自由能顯著相關(guān);50%的氨基酸的相對同義密碼子使用值與RNA柔性顯著相關(guān)。進一步分析發(fā)現(xiàn),與莖結(jié)構(gòu)含量和環(huán)結(jié)構(gòu)含量都顯著相關(guān)的密碼子,它們的相對同義密碼子使用值與兩種結(jié)構(gòu)含量的相關(guān)性截然相反,而且發(fā)現(xiàn),在所選的參量中,RNA柔性與相對同義密碼子使用值顯示出更好的相關(guān)性。結(jié)果證實,對于A型流感病毒,同義密碼子的使用偏性對RNA二級結(jié)構(gòu)存在很大的影響。
【作者單位】： 內(nèi)蒙古師范大學(xué)物理與電子信息學(xué)院;
【關(guān)鍵詞】： A型流感病毒 同義密碼子使用偏性 RNA二級結(jié)構(gòu) RNA柔性 折疊自由能
【基金】：內(nèi)蒙古自治區(qū)自然科學(xué)基金項目(項目號:2016MS0362),題目:氨基酸特性及mRNA序列和結(jié)構(gòu)對相應(yīng)蛋白質(zhì)折疊速率的影響
【分類號】：R373.13
【正文快照】： RNA扮演了基因表達的重要角色,它首先作為蛋白質(zhì)合成的中間體被發(fā)現(xiàn)。在生物學(xué)功能上,mRNA是一種既可以負責(zé)遺傳信息傳遞,又可以作為遺傳信息載體的多功能分子,并以各種不同的方式行使這些功能。研究表明,mRNA分子形狀是非常多變的,它作為遺傳信息的臨時攜帶者,不斷與蛋白質(zhì)之

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