本文關鍵詞：A型流感病毒同義密碼子的使用偏性對RNA二級結構的影響

  更多相關文章： A型流感病毒 同義密碼子使用偏性 RNA二級結構 RNA柔性 折疊自由能

【摘要】：以A型流感病毒為研究樣本,分析了同義密碼子使用偏性對RNA二級結構的影響,為進一步研究同義密碼子存在的意義及A型流感病毒RNA特征提供一些理論依據(jù)。收集整理了NCBI中收錄的全部A型流感病毒的核酸序列信息,計算了每一條核酸序列的RNA二級結構,計算出RNA環(huán)結構含量和莖結構含量及折疊自由能。在此基礎上,計算了RNA二級結構的柔性。同時,計算了每一條核酸序列的相對同義密碼子使用值。由此,建立了A型流感病毒RNA二級結構數(shù)據(jù)庫。分析每條核酸序列的相對同義密碼子使用值與RNA的環(huán)結構、莖結構及柔性之間的關系。分析結果表明,50%的氨基酸的相對同義密碼子使用值與RNA莖結構含量和環(huán)結構含量顯著相關;60%的氨基酸的相對同義密碼子使用值與單位平均折疊自由能顯著相關;50%的氨基酸的相對同義密碼子使用值與RNA柔性顯著相關。進一步分析發(fā)現(xiàn),與莖結構含量和環(huán)結構含量都顯著相關的密碼子,它們的相對同義密碼子使用值與兩種結構含量的相關性截然相反,而且發(fā)現(xiàn),在所選的參量中,RNA柔性與相對同義密碼子使用值顯示出更好的相關性。結果證實,對于A型流感病毒,同義密碼子的使用偏性對RNA二級結構存在很大的影響。
【作者單位】： 內蒙古師范大學物理與電子信息學院;
【關鍵詞】： A型流感病毒 同義密碼子使用偏性 RNA二級結構 RNA柔性 折疊自由能
【基金】：內蒙古自治區(qū)自然科學基金項目(項目號:2016MS0362),題目:氨基酸特性及mRNA序列和結構對相應蛋白質折疊速率的影響
【分類號】：R373.13
【正文快照】： RNA扮演了基因表達的重要角色,它首先作為蛋白質合成的中間體被發(fā)現(xiàn)。在生物學功能上,mRNA是一種既可以負責遺傳信息傳遞,又可以作為遺傳信息載體的多功能分子,并以各種不同的方式行使這些功能。研究表明,mRNA分子形狀是非常多變的,它作為遺傳信息的臨時攜帶者,不斷與蛋白質之

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