本文關(guān)鍵詞：雌性生殖干細(xì)胞全基因組范圍選擇性多聚腺苷酸化位點分析

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【摘要】：目的描繪小鼠雌性生殖干細(xì)胞(FGSCs)和胚胎干細(xì)胞(ESCs)全基因組范圍內(nèi)選擇性多聚腺苷酸化(APA)位點,通過細(xì)胞間的比較,分析生殖干細(xì)胞特異性的APA位點對其生物學(xué)特性的影響。方法利用本實驗室之前建立的基于高通量測序的轉(zhuǎn)錄本3’末端poly(A)位點捕獲方法3T-seq確定并比較兩個細(xì)胞系中所有APA位點,通過DAVID對具有APA位點差異的基因進(jìn)行Gene Ontology分析。結(jié)果在兩種細(xì)胞系中共確定16 973個基因的50 243個APA位點,發(fā)現(xiàn)FGSCs中相較于ESCs 3’UTR發(fā)生長度變化的基因1148個,其中795個(66%)3’UTR變短,353個(34%)基因3’UTR變長,與生殖發(fā)育密切相關(guān)的基因3’UTR存在顯著的縮短現(xiàn)象。結(jié)論 FGSCs存在與ESCs不同的APA譜,APA介導(dǎo)的3’UTR變化參與生殖發(fā)育相關(guān)的生物學(xué)過程,揭示了生殖干細(xì)胞的基因轉(zhuǎn)錄后調(diào)控機(jī)制。
【作者單位】： 上海交通大學(xué)系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)教育部重點實驗室;上海交通大學(xué)生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)院Bio-ID研究中心;西北大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院;
【關(guān)鍵詞】： 雌性生殖干細(xì)胞 小鼠胚胎干細(xì)胞 全基因組APA譜
【基金】：國家自然科學(xué)基金(91019004) 上海中醫(yī)藥大學(xué)國家臨床研究基地“龍醫(yī)團(tuán)隊項目”(LYTD-21,JDZX2012123)~~
【分類號】：R329
【正文快照】： 選擇性多聚腺苷化(APA)是一類很重要的基因轉(zhuǎn)錄后表達(dá)調(diào)控方式,通過調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄本3’非翻譯區(qū)(3’untranslated region,UTR)的長度來影響包括m RNA的穩(wěn)定性、亞細(xì)胞定位和翻譯效率等在內(nèi)的多個生物學(xué)過程[1-3]。APA在生物體生長發(fā)育和疾病發(fā)生發(fā)展過程中受到高度有序的調(diào)控[4-5]

【相似文獻(xiàn)】

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1 曹亞南;張燕;劉，

本文編號：847634