本文關(guān)鍵詞：基于多維液相色譜質(zhì)譜組合分析的痢疾桿菌蛋白質(zhì)基因組學(xué)

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【摘要】：目的應(yīng)用多維液相色譜質(zhì)譜組合體系為基礎(chǔ)的蛋白質(zhì)組學(xué)方法對福氏痢疾桿菌基因組注釋進行完善。方法痢疾桿菌福氏2a型301株(Sf2a301)的全菌蛋白經(jīng)胰酶消化,二維液相色譜分離后進行MALDI-TOF/TOF和ESI-MS/MS組合鑒定,質(zhì)譜數(shù)據(jù)分別應(yīng)用MASCOT和SEQUEST軟件檢索基于Sf2a301全基因組構(gòu)建的6個讀碼框數(shù)據(jù)庫,完成對原基因組注釋的驗證和補充。結(jié)果研究表明多維液相色譜質(zhì)譜組合體系能夠增加鑒定蛋白的覆蓋率,共鑒定Sf2a301的1231個蛋白編碼基因產(chǎn)物,涵蓋了COGs數(shù)據(jù)庫22個功能分類組中的20個,包含306個功能未知的假定蛋白。發(fā)現(xiàn)了9個未注釋的基因,得到RT-PCR和Northern blot的進一步驗證。新基因大多數(shù)是重疊基因,包含3個嵌套基因。結(jié)論多維液相色譜質(zhì)譜組合體系相對于單一的串聯(lián)質(zhì)譜技術(shù)能夠更加有效驗證、補充痢疾桿菌的基因組注釋,更新后的基因組注釋庫為今后開展痢疾桿菌功能研究提供更多的靶點。
【作者單位】： 華北理工大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院;
【關(guān)鍵詞】： 福氏痢疾桿菌 基質(zhì)輔助激光解吸電離 電噴霧電離 蛋白質(zhì)基因組學(xué) 基因組注釋
【基金】：國家自然科學(xué)基金(No.81302323) 河北省高等學(xué)校科學(xué)技術(shù)研究項目(No.QN20131059) 華北理工大學(xué)培育基金項目(No.GP201518);華北理工大學(xué)博士科研啟動基金聯(lián)合資助~~
【分類號】：R378.25
【正文快照】： 痢疾桿菌(Shigella)是一種引起人類和靈長類動物細菌性痢疾的革蘭氏陰性桿菌。細菌性痢疾是世界上尤其是發(fā)展中國家高發(fā)的急性腸道傳染病,每年有超過100萬人死亡。福氏痢疾桿菌(S.flexneri)是發(fā)展中國家引起菌痢的主要菌種,在我國福氏痢疾桿菌引起的感染占60%[1]。我國于2001

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本文編號：727825