本文關(guān)鍵詞：紅系細(xì)胞發(fā)育相關(guān)miR-196b的靶基因預(yù)測(cè)及意義

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【摘要】：目的預(yù)測(cè)紅系細(xì)胞發(fā)育相關(guān)miR-196b的靶基因,并探討其作用機(jī)制。方法應(yīng)用miRbase數(shù)據(jù)庫(kù)查找多物種已知的miR-196b成熟序列,比對(duì)后分析其在多物種間的保守性。應(yīng)用miRanda、miRDB、Targetscan7.1、PITA和miRWalk數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)miR-196b的靶基因進(jìn)行預(yù)測(cè),篩選重復(fù)率較高的靶基因。應(yīng)用Cytoscape3.3.0和KEGG對(duì)重復(fù)率較高的靶基因進(jìn)行GO分類富集分析和信號(hào)通路富集分析。查閱文獻(xiàn),再次篩選與紅系細(xì)胞發(fā)育相關(guān)的靶基因,采用Targetscan7.1和RNA22分析其與miR-196b的結(jié)合情況。結(jié)果 22個(gè)物種具有miR-196b成熟序列,序列比對(duì)發(fā)現(xiàn)miR-196b在多物種間高度保守。靶基因預(yù)測(cè)結(jié)果顯示,共得到5 004個(gè)miR-196b的靶基因,其中重復(fù)率較高的靶基因有302個(gè)。GO分類富集分析結(jié)果顯示,miR-196b靶基因在生物學(xué)過(guò)程顯著富集于發(fā)育過(guò)程、細(xì)胞過(guò)程和定位等,在分子功能顯著富集于蛋白結(jié)合和物質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)等,在細(xì)胞組分顯著富集于細(xì)胞突起和細(xì)胞器膜等(P均0.05)。結(jié)合信號(hào)通路富集分析結(jié)果,篩選出43個(gè)與紅系細(xì)胞發(fā)育相關(guān)miR-196b的靶基因,其信號(hào)通路富集于Ras信號(hào)通路、c AMP信號(hào)通路和PI3K-Akt信號(hào)通路等(P均0.05)。結(jié)合文獻(xiàn),最終篩選出與紅系細(xì)胞發(fā)育相關(guān)的miR-196b靶基因有5個(gè),分別為GATA1、Cdkn1b、Pld1、Cdh1和Ntrk2,其中GATA1、Cdkn1b和Cdh1可與miR-196b直接結(jié)合。結(jié)論紅系細(xì)胞發(fā)育相關(guān)miR-196b的靶基因可能為GATA1、Cdkn1b、Pld1、Cdh1和Ntrk2;miR-196b可能通過(guò)對(duì)上述靶基因的直接或間接作用激活相應(yīng)信號(hào)通路,在紅系細(xì)胞的發(fā)育過(guò)程中發(fā)揮生物學(xué)作用。
【作者單位】： 青海大學(xué)醫(yī)學(xué)院;
【關(guān)鍵詞】： 紅系細(xì)胞 miR-b 靶基因 生物信息學(xué)
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金資助項(xiàng)目(81441116) 青海省科技廳(應(yīng)用)基礎(chǔ)研究計(jì)劃項(xiàng)目(2012-Z-729) 青海大學(xué)“123高層次人才培養(yǎng)工程”-中青年學(xué)術(shù)帶頭人基金資助項(xiàng)目;青海大學(xué)醫(yī)學(xué)院中青年科研基金團(tuán)隊(duì)項(xiàng)目(2014-KT-1)
【分類號(hào)】：R331
【正文快照】： 微小RNA(miRNAs)是一種約有22個(gè)核苷酸的內(nèi)源性非編碼小RNA,通過(guò)與靶mRNA的不完全性互補(bǔ)配對(duì),在轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控基因表達(dá),參與生命體發(fā)生、發(fā)展和死亡的生物學(xué)過(guò)程[1]。miR-196家族通過(guò)對(duì)其靶基因的調(diào)控,在機(jī)體正常發(fā)育和腫瘤發(fā)生中發(fā)揮重要作用[2]。miR-196b在不同的細(xì)胞中表

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1 王偉良;轉(zhuǎn)鐵蛋白受體在紅系細(xì)胞內(nèi)表達(dá)的調(diào)節(jié)及其在貧血診斷中的臨床應(yīng)用[D];中國(guó)協(xié)和醫(yī)科大學(xué);1995年

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本文編號(hào)：661418