目的構(gòu)建大鼠頸動(dòng)脈球囊損傷模型的競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源RNA(competing endogenous RNA, ceRNA)調(diào)控網(wǎng)絡(luò),篩選血管新生內(nèi)膜形成中的關(guān)鍵調(diào)控基因。方法首先建立大鼠頸動(dòng)脈球囊損傷模型。將12只SD大鼠隨機(jī)分為2組(每組6只):手術(shù)組,利用2F取栓球囊于左頸總動(dòng)脈行球囊損傷術(shù);假手術(shù)組:夾閉左頸總動(dòng)脈,使血流阻斷時(shí)間接近球囊損傷術(shù)操作時(shí)間。術(shù)后14 d取頸總動(dòng)脈血管組織,提取總RNA,進(jìn)行長(zhǎng)鏈非編碼RNA(long non-coding RNA, lncRNA)和信使mRNA(messenger RNA, mRNA)測(cè)序。應(yīng)用生物信息學(xué)方法進(jìn)行差異表達(dá)lncRNA和mRNA共表達(dá)分析、基因功能(Gene Ontology, GO)和信號(hào)通路(Pathway)分析;通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)微小RNA(microRNA, miRNA)與lncRNA及mRNA的結(jié)合關(guān)系,并從中篩選已報(bào)道在大鼠血管內(nèi)膜增生過(guò)程中有生物學(xué)功能的miRNA相關(guān)的結(jié)合關(guān)系,得到最終的ceRNA網(wǎng)絡(luò)。結(jié)果與假手術(shù)組相比,手術(shù)組鑒定出1731個(gè)差異表達(dá)的mRNAs和99個(gè)差異表達(dá)的lncRNAs;GO和Pathway...

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圖1ceRNA網(wǎng)絡(luò)分析流程示意圖

ceRNA網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建如圖1所示。通過(guò)差異基因的GO和pathway分析結(jié)果中篩選P<0.01和Padjust<0.01的通路所包含的mRNA，隨后，用R3.5.3計(jì)算mRNA與差異表達(dá)lncRNA之間的共表達(dá)關(guān)系，篩選條件為P<0.0005，皮爾森相關(guān)系數(shù)r>0.95，將篩選出的m....

圖2大鼠球囊損傷頸動(dòng)脈HE染色和I/M值

GO分析分別從BP、MF和CC三個(gè)層次注釋差異表達(dá)mRNA的功能，差異基因顯著性功能按照-LgP值排序，分3類(lèi)展示排序的前10項(xiàng)（圖4A）。結(jié)果顯示，在BP中，差異顯著的生物過(guò)程集中在免疫反應(yīng)和細(xì)胞遷移等過(guò)程中。在MF中，差異顯著的細(xì)胞功能集中在細(xì)胞因子激活及整合素結(jié)合等過(guò)程中....

圖3大鼠頸動(dòng)脈球囊損傷模型差異表達(dá)mRNA、lncRNA聚類(lèi)圖及火山圖

圖2大鼠球囊損傷頸動(dòng)脈HE染色和I/M值根據(jù)KEGG分析中差異信號(hào)通路的P值和所包含的差異基因數(shù)量構(gòu)建顯著性差異基因通路的氣泡圖，按照-LgP值排序，展示顯著差異通路排序的前30項(xiàng)（圖4B）。結(jié)果顯示，差異基因主要富集在細(xì)胞因子受體、細(xì)胞粘附和趨化因子募集等通路中。內(nèi)皮細(xì)胞與....

圖4差異表達(dá)的mRNA的GO分析和Pathway分析

根據(jù)KEGG分析中差異信號(hào)通路的P值和所包含的差異基因數(shù)量構(gòu)建顯著性差異基因通路的氣泡圖，按照-LgP值排序，展示顯著差異通路排序的前30項(xiàng)（圖4B）。結(jié)果顯示，差異基因主要富集在細(xì)胞因子受體、細(xì)胞粘附和趨化因子募集等通路中。內(nèi)皮細(xì)胞與單核細(xì)胞的粘附導(dǎo)致內(nèi)皮功能受損，與AS的發(fā)....

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