目的研究L02/HBx細(xì)胞與L02/pcDNA3.0細(xì)胞的長(zhǎng)鏈非編碼RNA（lncRNA）表達(dá)譜,對(duì)差異基因進(jìn)行初步生物信息學(xué)分析。 方法選取實(shí)驗(yàn)組L02/HBx,對(duì)照組轉(zhuǎn)染空質(zhì)粒的L02細(xì)胞（L02/pcDNA3.0）作為實(shí)驗(yàn)對(duì)象,分別提取兩組細(xì)胞的總RNA并純化,檢驗(yàn)RNA質(zhì)量,反轉(zhuǎn)錄得到cDNA,并合成生物素標(biāo)記的cRNA探針。利用lncRNA芯片技術(shù)檢測(cè)兩組的lncRNAs和mRNAs表達(dá)譜的差異,經(jīng)過(guò)對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理、均一化后,篩選出差異表達(dá)的lncRNAs和mRNAs,進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析。分別選取上調(diào)的lncRNA4個(gè)：TCONS₀0006195, ENST00000557524, NR₀37597, ENST00000539975,下調(diào)的lncRNA3個(gè)：ENST00000508424, ENST00000447433, uc0011va.4,采用SYBRGREEN I實(shí)時(shí)熒光定量聚合酶鏈反應(yīng)（RT-PCR）在兩細(xì)胞株中驗(yàn)證,并用GAPDH做內(nèi)參。綜合NCBI RefSeq, UCSC, RNAdb, lncRNAs等數(shù)據(jù)... 

【文章頁(yè)數(shù)】：76 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
符號(hào)說(shuō)明
前言
第一部分 L02/HBx細(xì)胞的lncRNA芯片結(jié)果分析
    1 材料及方法
        1.1 實(shí)驗(yàn)對(duì)象
        1.2 儀器
        1.3 試劑
        1.4 實(shí)驗(yàn)方法和技術(shù)
    2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        2.1 RNA質(zhì)量控制
        2.2 lncRNA芯片結(jié)果
    3 討論
    4 小結(jié)
第二部分 L02/HBx細(xì)胞與L02/pcDNA3.0細(xì)胞差異表達(dá)lncRNA的實(shí)時(shí)熒光定量PCR驗(yàn)證
    1 材料和方法
    2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
    3 討論
    4 小結(jié)
第三部分 L02/HBx與L02/pcDNA3.0差異表達(dá)基因的初步生物信息學(xué)研究
    1 材料和方法
    2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        2.1 差異表達(dá)基因在基因本體論三個(gè)功能方面的富集表達(dá)譜
        2.2 差異表達(dá)mRNA數(shù)據(jù)KEGG生物學(xué)通路分析
    3 討論
    4 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄
綜述
    參考文獻(xiàn)
攻讀學(xué)位期間主要的研究成果
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號(hào)：3684224