為了明確Sox9基因密碼子的使用特征,揭示山羊和其他物種Sox9基因的進(jìn)化規(guī)律,為建立骨科腰椎間盤退變動(dòng)物模型提供基礎(chǔ)研究試驗(yàn)依據(jù),此研究利用生物信息學(xué)軟件CodonW、Usage Codon和DNAMAN分析山羊Sox9基因完全編碼區(qū)密碼子偏愛性,比較不同物種Sox9基因密碼子偏愛指標(biāo),基于完整編碼區(qū)序列生成了親緣關(guān)系進(jìn)化聚類圖,計(jì)算出每個(gè)物種Sox9基因的總變異值。分析顯示山羊Sox9基因中有26個(gè)偏好使用密碼子以G/C為第三位堿基;夜猴、家犬、原雞、大猩猩、人、恒河猴、小家鼠、家兔、綿羊、黑猩猩、婆羅洲猩猩和褐家鼠等12個(gè)物種在密碼子使用上與山羊Sox9基因基本相似,但是在編碼丙氨酸、脯氨酸和蘇氨酸等個(gè)別氨基酸時(shí),原雞和小家鼠及褐家鼠與其他物種的密碼子偏愛性存在差異。Sox9基因偏好使用以G/C結(jié)尾的密碼子。親緣關(guān)系進(jìn)化聚類圖和不同物種RSCU值顯示Sox9基因密碼子偏好性與親緣關(guān)系的遠(yuǎn)近存在關(guān)聯(lián)性。 

【文章來源】：家畜生態(tài)學(xué)報(bào). 2019,40(12)北大核心

【文章頁數(shù)】：8 頁

【部分圖文】：

不同物種Sox9基因CDS區(qū)的聚類樹狀圖括號中數(shù)值為物種的總變異值

【參考文獻(xiàn)】：
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本文編號：3361966