發(fā)布時(shí)間：2021-06-02 20:30

　　目的對(duì)microRNA-200（miR-200）家族成員的靶基因進(jìn)行預(yù)測(cè)和生物信息學(xué)分析,為進(jìn)一步探討miR-200家族的功能及其調(diào)節(jié)機(jī)制提供證據(jù)。方法運(yùn)用靶基因預(yù)測(cè)軟件TargetScan、PicTar2和miRanda分別預(yù)測(cè)miR-200家族9個(gè)成員的靶基因,再分別取各自在三個(gè)軟件下預(yù)測(cè)所得靶基因的交集,然后利用miRTarbase數(shù)據(jù)庫(kù)獲取這9個(gè)miRNA經(jīng)過(guò)至少3種實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證并且靶向關(guān)系類型為具有功能的miRNA-靶基因互作的靶基因,將軟件預(yù)測(cè)所得結(jié)果與靶向關(guān)系預(yù)測(cè)結(jié)果取并集,作為所納入每個(gè)miRNA的靶基因集合,然后分別對(duì)靶基因集合進(jìn)行生物學(xué)過(guò)程的功能富集,信號(hào)通路及蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析。結(jié)果 miR-200家族的預(yù)測(cè)靶基因富集于多個(gè)生物學(xué)過(guò)程,其生物學(xué)過(guò)程主要富集于:RNA聚合酶Ⅱ啟動(dòng)子的轉(zhuǎn)錄負(fù)調(diào)控、DNA模板轉(zhuǎn)錄負(fù)調(diào)控、RNA聚合酶Ⅱ啟動(dòng)子的轉(zhuǎn)錄調(diào)控等;信號(hào)通路主要富集于:腫瘤、膠質(zhì)瘤、黑色素瘤、肺小細(xì)胞癌等多種腫瘤和EB病毒感染、乙型肝炎等感染相關(guān)通路,蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)顯示9個(gè)成員的預(yù)測(cè)靶基因編碼蛋白質(zhì)間存在復(fù)雜的相互作用,靶基因編碼蛋白質(zhì)"RAC1"、"SRC"、"RHO... 

【文章來(lái)源】：西部醫(yī)學(xué). 2020,32(01)

【文章頁(yè)數(shù)】：5 頁(yè)

【部分圖文】：

miR-200家族預(yù)測(cè)靶基因的通路富集分析結(jié)果

miR-200家族的靶基因編碼蛋白互作圖

miR-200家族預(yù)測(cè)靶基因的功能富集分析結(jié)果

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號(hào)：3210702