目的明確國(guó)內(nèi)一株紅霉素耐藥百日咳鮑特菌P2013109的全基因組序列,了解其基因特征。方法對(duì)一株抗原基因型為ptxA1/ptxC1/ptxP1/prn1/fim2-1/fim3-1/tcfA2的臨床分離紅霉素耐藥百日咳鮑特菌P2013109采用了二代和三代高通量測(cè)序技術(shù)進(jìn)行了全基因組測(cè)序,對(duì)基因組進(jìn)行組裝、基因預(yù)測(cè)和功能注釋,并與包含我國(guó)疫苗株CS、國(guó)外疫苗株Tohama I,以及國(guó)外發(fā)表臨床分離的共15株菌的完整基因組序列進(jìn)行全基因組比較分析。結(jié)果 P2013109的完整基因組序列總長(zhǎng)度4 126 010 bp,GC含量為67.72%,預(yù)測(cè)基因有4 085個(gè)。該基因組的所有拷貝23s r RNA基因均顯示A2047G突變。相比P2013109,其他15株菌主要存在3個(gè)比較大的缺失區(qū)域。另外,將P2013109與其他16株進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)分析,顯示全部菌株分成3個(gè)遺傳分支。Tohama I和CS這兩個(gè)疫苗株歸類(lèi)為Ⅰ型,它們與其他2個(gè)型別相比較呈現(xiàn)76個(gè)SNPs。P2013109獨(dú)立為Ⅱ型,與其他菌株的進(jìn)化關(guān)系相對(duì)較遠(yuǎn),相比較其他菌株呈現(xiàn)25個(gè)SNPs。國(guó)外菌株為Ⅲ型,與其他菌株相比呈現(xiàn)2... 

【文章來(lái)源】：分子診斷與治療雜志. 2020,12(02)

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P2013109與其他15株菌的全基因組比較結(jié)果

圖1 P2013109與其他15株菌的全基因組比較結(jié)果近期，廣東李柏生等[8]對(duì)廣東分離到的1株百日咳鮑特菌BP-GD2017進(jìn)行全基因組分析報(bào)道，該菌株的基因組草圖序列數(shù)據(jù)納入基因組比較分析發(fā)現(xiàn)，該菌株處于國(guó)外菌株分支Ⅲ中（見(jiàn)圖3），它們的抗原基因型也完全相同，為ptxA1/ptxP3。P2013109獨(dú)屬一支，抗原基因型為ptxA1/ptxP1。課題組前期檢測(cè)了99株百日咳鮑特菌的疫苗相關(guān)基因型，ptxA1/ptxP1占91.9%(91/99)[3]。這些數(shù)據(jù)明確提示長(zhǎng)期疫苗使用之后，百日咳致病菌株百日咳毒素相關(guān)基因型發(fā)生了明顯變化，與既往研究報(bào)告[12-13]相符。提示近年來(lái)流行的百日咳菌株的基因改變除了疫苗壓力造成相關(guān)抗原性發(fā)生適應(yīng)進(jìn)化，也有可能在進(jìn)化分支上出現(xiàn)改變。本課題組前期研究表明，臨床分離菌株耐藥株抗原基因型均為ptxA1/ptxP1，而基因型ptxA1/ptxP3的分離株全部對(duì)紅霉素敏感，這提示國(guó)內(nèi)外臨床分離菌株耐藥性的差異，與流行菌株的遺傳背景不同相關(guān)。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]廣東省1株百日咳鮑特菌分離株的全基因組測(cè)序分析[J]. 李柏生,劉美真,宋鐵,梁景濤,柯碧霞,譚海玲,何冬梅,梁宇恒,柯昌文,張永慧.  華南預(yù)防醫(yī)學(xué). 2018(04)
[2]百日咳桿菌耐藥[J]. 楊永弘,楊穎.  中華實(shí)用兒科臨床雜志. 2016 (04)



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