腦缺血大鼠模型的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究
發(fā)布時間:2021-04-06 22:20
目的研究腦缺血大鼠與正常大鼠在基因表達方面的差異。方法將16只雄性大鼠隨機分為正常組、模型組,采用線栓法制備大鼠左側(cè)腦缺血模型,進行RNA-seq測序。結(jié)果兩組之間存在530個差異基因,其中包括37個顯著差異基因和98個極顯著差異基因;虮倔w(GO)分析發(fā)現(xiàn),生物學(xué)過程和分子功能部分相關(guān)基因整體呈現(xiàn)上調(diào)趨勢,細胞組分相關(guān)的基因既有顯著上調(diào)趨勢也有顯著下調(diào)趨勢;通過基因和基因組京都百科全書數(shù)據(jù)庫(KEGG)通路分析發(fā)現(xiàn),P53信號通路相關(guān)基因顯著下調(diào),而固醇激素生物合成通路相關(guān)基因則顯著上調(diào)。結(jié)論腦缺血的形成可能與細胞凋亡、突觸后密度有很大關(guān)系,P53信號通路的下調(diào)、類固醇激素生物合成通路的上調(diào)可能影響腦缺血的形成。
【文章來源】:國際藥學(xué)研究雜志. 2019,46(06)北大核心
【文章頁數(shù)】:7 頁
【文章目錄】:
1 材料與方法
1.1 實驗動物
1.2 試劑
1.3 分組及動物造模
1.4 TTC染色
1.4.1 TTC溶液配制
1.4.2 腦組織切片
1.4.3 染色并觀察
1.5 HE染色
1.5.1 脫蠟
1.5.2 染色
1.5.3 脫水、透明、封固
1.6 組織取材及RNA測序
1.7 生物信息分析
2 結(jié)果
2.1 腦組織TTC染色結(jié)果
2.2 HE染色結(jié)果
2.3 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估
2.4 基因表達豐度統(tǒng)計
2.5 差異基因統(tǒng)計
2.6 GO富集分析
2.7 KEGG通路分析
3 討論
【參考文獻】:
期刊論文
[1]腦缺血再灌注損傷細胞凋亡機制的研究進展[J]. 彭智遠,劉旺華,曹雯. 中華中醫(yī)藥學(xué)刊. 2017(08)
[2]風(fēng)味甜瓜中檸檬酸代謝研究進展及RNA-seq技術(shù)應(yīng)用現(xiàn)狀[J]. 湯謐,劉曄,任儉,張娜,曾紅霞,程維舜,李煜華,孫玉宏. 長江蔬菜. 2016(24)
[3]脂肪干細胞對腦缺血損傷大鼠氧化應(yīng)激反應(yīng)的抑制作用[J]. 沈英杰,陳紅梅,房艷. 解剖科學(xué)進展. 2015(04)
[4]PSD-95與腦缺血的關(guān)系及其調(diào)控機制研究[J]. 劉穎異,胡玲芹,張映,李方欽,王靜,潘玉君. 現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)進展. 2014(09)
[5]基于新一代高通量測序的環(huán)境微生物轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究進展[J]. 蔡元鋒,賈仲君. 生物多樣性. 2013(04)
[6]轉(zhuǎn)錄組研究新技術(shù):RNA-Seq及其應(yīng)用[J]. 祁云霞,劉永斌,榮威恒. 遺傳. 2011(11)
博士論文
[1]基于RNA-Seq技術(shù)的雛鴕鳥胸腺應(yīng)答硼刺激分子機制研究[D]. 肖珂.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
碩士論文
[1]大鼠腦缺血模型評價及大鼠腦缺血慢性期GFAP、NSE、SYN、Nogo-A表達與神經(jīng)功能轉(zhuǎn)歸的相關(guān)性[D]. 劉世民.南昌大學(xué) 2011
本文編號:3122258
【文章來源】:國際藥學(xué)研究雜志. 2019,46(06)北大核心
【文章頁數(shù)】:7 頁
【文章目錄】:
1 材料與方法
1.1 實驗動物
1.2 試劑
1.3 分組及動物造模
1.4 TTC染色
1.4.1 TTC溶液配制
1.4.2 腦組織切片
1.4.3 染色并觀察
1.5 HE染色
1.5.1 脫蠟
1.5.2 染色
1.5.3 脫水、透明、封固
1.6 組織取材及RNA測序
1.7 生物信息分析
2 結(jié)果
2.1 腦組織TTC染色結(jié)果
2.2 HE染色結(jié)果
2.3 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估
2.4 基因表達豐度統(tǒng)計
2.5 差異基因統(tǒng)計
2.6 GO富集分析
2.7 KEGG通路分析
3 討論
【參考文獻】:
期刊論文
[1]腦缺血再灌注損傷細胞凋亡機制的研究進展[J]. 彭智遠,劉旺華,曹雯. 中華中醫(yī)藥學(xué)刊. 2017(08)
[2]風(fēng)味甜瓜中檸檬酸代謝研究進展及RNA-seq技術(shù)應(yīng)用現(xiàn)狀[J]. 湯謐,劉曄,任儉,張娜,曾紅霞,程維舜,李煜華,孫玉宏. 長江蔬菜. 2016(24)
[3]脂肪干細胞對腦缺血損傷大鼠氧化應(yīng)激反應(yīng)的抑制作用[J]. 沈英杰,陳紅梅,房艷. 解剖科學(xué)進展. 2015(04)
[4]PSD-95與腦缺血的關(guān)系及其調(diào)控機制研究[J]. 劉穎異,胡玲芹,張映,李方欽,王靜,潘玉君. 現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)進展. 2014(09)
[5]基于新一代高通量測序的環(huán)境微生物轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究進展[J]. 蔡元鋒,賈仲君. 生物多樣性. 2013(04)
[6]轉(zhuǎn)錄組研究新技術(shù):RNA-Seq及其應(yīng)用[J]. 祁云霞,劉永斌,榮威恒. 遺傳. 2011(11)
博士論文
[1]基于RNA-Seq技術(shù)的雛鴕鳥胸腺應(yīng)答硼刺激分子機制研究[D]. 肖珂.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
碩士論文
[1]大鼠腦缺血模型評價及大鼠腦缺血慢性期GFAP、NSE、SYN、Nogo-A表達與神經(jīng)功能轉(zhuǎn)歸的相關(guān)性[D]. 劉世民.南昌大學(xué) 2011
本文編號:3122258
本文鏈接:http://sikaile.net/xiyixuelunwen/3122258.html
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