遲緩愛德華菌（Edwardsiella tarda,簡稱Et）常存在于水體環(huán)境及水生動物中,感染宿主范圍廣,為兼性胞內(nèi)菌,而Et菌為適應各種宿主體內(nèi)環(huán)境及外界環(huán)境,必需快速調(diào)整自身的毒力基因表達。因此,Et基因組中可能存在著調(diào)節(jié)基因表達的分子,如非編碼RNA,又稱small RNA（sRNA）。但目前有關Et菌sRNA的報道很少,通過對Et菌sRNA的研究,發(fā)現(xiàn)了具有調(diào)節(jié)細菌毒力的sRNA_EsR240。第一章根據(jù)ET13菌RNA-Sequencing（簡稱RNA-Seq）的結果,結合生物信息學方法,開展了對ET13 sRNA的分析,首先對該菌株符合一定條件的基因間的非編碼區(qū)進行提取,獲得5838個新轉(zhuǎn)錄本,然后與蛋白庫注釋基因相比對,比對不上的作為候選sRNA,共得到310個候選sRNA。將這些候選sRNA與sRNA庫（sRNAMap、sRNATarBase和SIPHT）比對,得到16個已注釋的sRNA。用軟件Promoter2.0和RNAMotif將剩余未注釋的294個sRNA進行啟動子和ρ-非依賴型終止子的預測,共發(fā)現(xiàn)13個具有啟動子和ρ-非依賴型終止子的新s... 

【文章來源】：東南大學江蘇省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

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【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

GacS/GacA與RsmY/RsmZ相互作用調(diào)控Pel/Psl表達示意圖

圖 1-1 sRNA 分析流程圖-PCR不同應激條件） 酸性 LB： pH 6.3、pH 4.0 或 pH 5.0 的 LB；）營養(yǎng)缺乏培養(yǎng)基：GEM 培養(yǎng)基；）氧化 LB：50mM，100mM，200mM，300mM 和 400mM H2O2的 LB；）高鹽 LB：100mM，200mM，300mM，400mM 和 500mM Nacl 的 LB。細菌的培養(yǎng)取 ET13 單菌落接種于 5ml 液體培養(yǎng)基中，37℃過夜培養(yǎng)，將過夜培養(yǎng)的100 接種于 20ml 液體培養(yǎng)基中，37℃培養(yǎng)至穩(wěn)定期后，8,000rpm，5min 收集其重懸于不同應激條件的 LB 中，繼續(xù) 37℃培養(yǎng) 2h。細菌 RNA 提取，參照 2.1.2設計 RT-PCR 引物

圖 1-2 ET13 菌的 clean reads 在 ETATCC15947 參考菌株基因組中分布均勻蓋度統(tǒng)計序覆蓋度指的是每個基因被reads覆蓋的百分比，即基因中uniqu數(shù)和基因編碼區(qū)所有堿基數(shù)的比值。ET13 株 3001 個基因轉(zhuǎn)錄表對到基因組上的 clean reads 與 ETATCC15947 參考菌株基因序列進度分析，結果表明， ET13 的 clean reads 中覆蓋率在 90%-100%


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