在病原微生物持續(xù)危害公眾健康與生命的今天,及時有效的檢測將顯著提高人類監(jiān)控應對此類風險的能力。當前,微生物檢測仍以PCR技術為基礎,因此敏感而又特異的PCR引物,將是檢測成功與否的關鍵。本論文基于公共數(shù)據(jù)庫中廣泛存在的核酸序列片段,針對常見的呼吸系統(tǒng)傳染性病毒,成功設計了一套新的引物設計流程,使得這些引物一方面在病毒或其亞型內部保守,同時又不與其他相近病毒或亞型的基因組序列相似,保證了其特異性地擴增目標產物的能力,實現(xiàn)有效檢測病毒病原體的目的。在明確目標病原微生物后,研究其基因組功能,了解傳染致病的分子機制,則有助于人們預防并治療病原微生物所引起的各種疾病。故而,發(fā)展準確的基因組注釋計算方法,就顯得很有必要。鑒于傳統(tǒng)的序列同源比對方法無法推斷出序列同源性較差的基因的功能,同時數(shù)據(jù)庫中許多基因的功能也仍然未知,本論文通過整合基因之間的相互作用網(wǎng)絡關系數(shù)據(jù),并在相互關聯(lián)的基因之間可能具有相似或相同的功能的假設下,開發(fā)出了一套新的基因功能預測方法。該方法在細菌蛋白質組有害因子的鑒定中,預測準確度高達90%,遠遠超過了傳統(tǒng)的序列同源比對BLAST方法(<80%),而且也優(yōu)于國際上基于序列... 

【文章來源】：華中科技大學湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：146 頁

【學位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
1 緒論
    1.1 微生物及其與人類的關系
    1.2 微生物的檢測方法
    1.3 微生物基因組功能注釋的研究方法
    1.4 微生物與宿主蛋白質相互作用的研究方法
    1.5 本論文擬解決的問題與主要內容
2 病毒檢測之引物設計方法探究
    2.1 研究背景
    2.2 材料與方法
    2.3 結果與討論
    2.4 結論
3 微生物有害因子鑒定方法探究
    3.1 研究背景
    3.2 材料與方法
    3.3 結果與討論
    3.4 結論
4 高通量測序微生物比較基因組分析方法探究
    4.1 研究背景
    4.2 材料與方法
    4.3 結果與討論
    4.4 結論
5 病毒宿主蛋白質結構域相互作用網(wǎng)絡研究方法探究
    5.1 研究背景
    5.2 材料與方法
    5.3 結果與討論
    5.4 結論
6 總結與展望
致謝
參考文獻
附錄1 攻讀博士學位期間發(fā)表的主要論文


【參考文獻】：
期刊論文
[1]KaKsCalculator 2.0:A Toolkit Incorporating Gamma-Series Methods and Sliding Window Strategies[J]. Dapeng Wang1,3,Yubin Zhang1,2,3,Zhang Zhang4,Jiang Zhu1,3,and Jun Yu1,2 1CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information,Beijing Institute of Genomics,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100029,China;2Institute of Computing Technology,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100190,China;3Graduate University of Chinese Academy of Sciences,Beijing 100049,China;4Plant Stress Genomics Research Center,Division of Chemical and Life Sciences & Engineering,King Abdullah University of Science and Technology,Thuwal 23955-6900,Saudi Arabia..  Genomics Proteomics & Bioinformatics. 2010(01)
[2]VICMpred: An SVM-based Method for the Prediction of Functional Proteins of Gram-negative Bacteria Using Amino Acid Patterns and Composition[J]. Sudipto Saha,G.P.S. Raghava.  Genomics Proteomics & Bioinformatics. 2006(01)



本文編號：2947975