目的通過對(duì)日本血吸蟲蟲卵分泌物（egg secreted products,ESP）的小RNA進(jìn)行高通量測序,分析、鑒定已知miRNA的表達(dá)水平。方法提取日本血吸蟲蟲卵ESP miRNA進(jìn)行高通量測序;通過對(duì)數(shù)據(jù)分析包括統(tǒng)計(jì)長度分布與比對(duì)注釋,鑒定已知miRNA的表達(dá)水平。結(jié)果將構(gòu)建文庫中日本血吸蟲蟲卵ESP表達(dá)的miRNA與最新miRBase數(shù)據(jù)庫中的miRNA比對(duì),發(fā)現(xiàn)在鑒定的12個(gè)miRNAs中,sja-miR-3488為表達(dá)量最高的miRNA,其次為sja-miR-36-3p和sja-miR-71a,上述三種miRNA表達(dá)量占比91.8%。結(jié)論日本血吸蟲蟲卵ESP三個(gè)miRNAs（sja-miR-3488、sja-miR-36-3p和sja-miR-71a）的鑒定為下一步探尋血吸蟲病診療新靶標(biāo)奠定了基礎(chǔ)。 

【文章來源】：熱帶病與寄生蟲學(xué). 2019年04期

【文章頁數(shù)】：4 頁

【部分圖文】：

總RNA提取質(zhì)量分析

本研究利用IlluminaNextSeq 500測序平臺(tái)對(duì)血吸蟲ESP進(jìn)行測序分析獲得原始閱讀序列讀數(shù)(Raw Reads)為23 348 390條。應(yīng)用fastx(fastx_toolkit-0.0.13.2)對(duì)日本血吸蟲蟲卵ESP測序,原始序列數(shù)(reads)進(jìn)行預(yù)處理,去除接頭序列以及低質(zhì)量序列(包括模糊堿基N,堿基質(zhì)量小于20以及長度小于18 nt的序列),最終獲得ESP過濾后的序列讀數(shù)為13 190 761條。去掉重復(fù)序列前ESP序列長度分布統(tǒng)計(jì)在30 nt處出現(xiàn)最高峰;去重后ESP序列長度分布統(tǒng)計(jì)主要分布在26～30 nt處(見圖2)。三、比對(duì)注釋及miRNA表達(dá)

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號(hào)：2936864