目的重組是腸道病毒進化的重要機制,大多數(shù)重組事件發(fā)生在包括P2和P3的腸道病毒的非編碼區(qū)中,但是在�？刹《�30株中首次發(fā)現(xiàn)了作為蛋白質編碼區(qū)的VP4區(qū)域中的重組,本研究旨在探討柯薩奇病毒B5(CVB5)中是否存在類似的重組事件。方法從GenBank中檢索CVB5的核苷酸序列,分別在5′UTR和VP1區(qū)域中進行系統(tǒng)發(fā)育分析。此外,跨越5′UTR-VP4-5′VP2的部分基因組用于檢測重組并使用序列相似性作圖(Similarity plot)來分析重組體。結果 5′UTR和VP1系統(tǒng)發(fā)育樹顯示5′UTR和VP1之間有4個病毒株位于不同簇中,表明這些病毒株中存在重組事件。Similarity plot分析表明,CVB5AY875692的5′UTR-VP4-5′VP2區(qū)域存在交叉,序列分析證明VP4區(qū)域存在重組位點。結論 CVB5在VP4區(qū)域具有重組事件,表明結構蛋白編碼區(qū)亦可作為CVB5重組的候選基因位點。
【部分圖文】：

進一步聚類成１６個譜系（ａ至ｐ）。每個譜系包含１個或多個病毒分離株，并用相同形狀和顏色的相同符號標記。第１組僅包含１個譜系作為ａ；第２組包含８個譜系，包括ｂ至ｉ；其他譜系包括ｊ至ｐ構成第３組。幾乎所有來自亞洲地區(qū)的病毒分離株（除了病毒分離株ＫＰ２３３８３０和病毒分離株ＫＴ２８５０１８）聚集在第２組中，而來自歐洲、美洲和澳大利亞地區(qū)的大多數(shù)病毒分離株聚集到第３組。大多數(shù)具有相似分離時間的病毒分離株聚集成相同的譜系�；冢郑校钡南到y(tǒng)發(fā)育樹見圖１。圖１ＣＶＢ５ＶＰ１區(qū)的系統(tǒng)發(fā)育分析樹２．２５′ＵＴＲ進化分析用于ＶＰ１系統(tǒng)發(fā)育分析的相同病毒分離株同時用于５′ＵＴＲ區(qū)域分析，見圖２。樹被標記為與ＶＰ１樹中的譜系一致。該樹可分為２個分支，４個病毒分離株包括ＡＹ８７５６９２、ＭＧ８４５８９２、ＫＦ３１１７４３和ＭＧ８４５８９１，改變了譜系分布。譜系ａ和·８１８２·國際檢驗醫(yī)學雜志２０１９年１２月第４０卷第２３期ＩｎｔＪＬａｂＭｅｄ，Ｄｅｃｅｍｂｅｒ２０１９，Ｖｏｌ．４０，Ｎｏ．２３

酸序列之間的比較顯示可能的重組基因座是８０３ｎｔ和８０４ｎｔ，見圖４。ＪＸ９７６７７２．１／Ｓｈａｎｄｏｎｇ／２０１０和ＫＴ２８５０００．１／ＨｏｎｇＫｏｎｇ／１９７２的兩個病毒分離株匹配部分５′ＵＴＲ和５′ｅｎｄＶＰ２核苷酸序列，相似性分別是９３％（Ｅ值：４ｅ－４０）和９２％（Ｅ值：３ｅ－５２），見圖５。這３個核苷酸序列之間的比較顯示可能的重組基因座是８７３ｎｔ和８７４ｎｔ�？赡艿模矀�重組位點均位于ＶＰ４區(qū)域。圖２ＣＶＢ５５′ＵＴＲ區(qū)的系統(tǒng)發(fā)育分析樹注：ａ為ＫＦ３１１７４３．１／Ｃｈｉｎａ／２０１１；ｂ為ＡＹ８７５６９２．１／Ｋｏｒｅａ／２０００；ｃ為ＭＧ８４５８９１．１／Ｓｗｉｔｅｒｌａｎｄ／２０１５；ｄ為ＭＧ８４５８９２．１／Ｓｗｉｔｅｒｌａｎｄ／２０１５圖３Ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙｐｌｏｔ分析國際檢驗醫(yī)學雜志２０１９年１２月第４０卷第２３期ＩｎｔＪＬａｂＭｅｄ，Ｄｅｃｅｍｂｅｒ２０１９，Ｖｏｌ．４０，Ｎｏ．２３·９１８２·

圖３Ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙｐｌｏｔ分析
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