【摘要】：T細胞抗原表位是T細胞抗原上具有特殊功能的肽段,能夠特異性地被T細胞識別,從而激起T細胞免疫應答。因此,研究T細胞抗原表位不僅有助于了解傳染性疾病、自身免疫性疾病、過敏反應以及腫瘤等疾病的免疫應答機理,而且對計算機輔助疫苗設計起到推動作用。生物信息技術的迅猛發(fā)展為研究T細胞抗原表位提供了有效途徑。針對目前T細胞抗原表位的研究現(xiàn)狀,本文選擇了其中的幾個熱點問題進行了研究。主要工作如下： (1)結合序列信息和結構信息預測抗原表位是抗原表位預測工作的發(fā)展方向。HLA-A2分子是人群中普遍存在的一種MHCI類分子,選擇HLA-A2結合的抗原肽作為研究對象,對抗原肽的氨基酸理化性質以及其與MHC結合時的能量項進行了挖掘。為了避免使用的特征存在冗余,影響到分類的效率和性能,利用最大相關最小冗余(MRMR)的方法對特征進行了篩選,最終篩選出了50個具有較高辨識能力的特征,構建了一個針對HLA-A2類分子抗原肽的預測方法。預測結果表明篩選出的特征能夠有效地識別HLA-A2類分子結合的抗原肽。 (2)I-Ag7分子和HLA-DQ8分子是小鼠和人類體內(nèi)與Ⅰ型糖尿病有關的MHCⅡ類分子。為預測這兩類MHC分子限制性抗原表位,開發(fā)了GPS-MBA軟件包。將吉布斯取樣算法進行了改進,獲得了抗原表位的核心序列,又使用GPS算法對這些核心序列進行打分,構建出預測模型。經(jīng)過了全面的評測和比較,發(fā)現(xiàn)GPS-MBA的性能要優(yōu)于同類型軟件。使用此軟件可以預測出大量潛在的Ⅰ-Ag7和HLA-DQ8抗原表位。另外,設計了Ⅰ型糖尿病的抗原表位數(shù)據(jù)庫(TEDB),其中包含了所有的經(jīng)過實驗驗證或預測出的與Ⅰ型糖尿病有關的抗原表位。 (3)為了驗證陰性選擇假說、研究抗原表位的免疫原性,分別針對人類和小鼠兩個宿主,分析了外源T細胞抗原表位和非抗原表位肽段與宿主蛋白質序列之間的相似性。利用序列比對的方法,發(fā)現(xiàn)僅僅有極少量抗原表位與宿主蛋白質序列相似,這個數(shù)量低于非抗原表位肽段與宿主蛋白質序列相似的數(shù)量。這個結果表明,外源T細胞抗原表位與宿主蛋白質序列相似性低,提示了使用與宿主蛋白質序列相似性低的抗原表位做疫苗可以有助于降低交叉免疫反應的概率、增強疫苗免疫原性、觸發(fā)抗原特異性免疫應答。 (4)為了進一步開發(fā)蛋白酶體酶切位點預測軟件,以便提高預測抗原表位的準確度,開展了對現(xiàn)有預測軟件的評估共作。日前已經(jīng)有多種方法和軟件對蛋白酶體酶切位點進行預測,比較常用的軟件有PAProC、MAPPP與NetChop。使用統(tǒng)一的數(shù)據(jù)集對這三個軟件進行性能評測,結果表明NetChop軟件與另兩個軟件相比性能更好。
【學位授予單位】：華中科技大學
【學位級別】：博士
【學位授予年份】：2012
【分類號】：R392

【相似文獻】

相關期刊論文 前10條

1 羅勇 ,陳受霓;植物細胞工廠和粘膜疫苗[J];國外醫(yī)學.預防.診斷.治療用生物制品分冊;2004年04期

2 劉永明;強伯勤;梁植權;;一種新的工程疫苗:多抗原性肽(MAP)[J];醫(yī)學分子生物學雜志;1991年03期

3 楚莉輝;抗原表位加工的優(yōu)化對多抗原表位DNA疫苗免疫原性的強化作用[J];國外醫(yī)學.預防.診斷.治療用生物制品分冊;2002年05期

4 閆麗萍;華榮虹;亓文寶;周艷君;李國新;于海;姜一峰;田志軍;童光志;;乙型腦炎病毒E蛋白Ⅰ、Ⅱ結構域抗原表位鑒定[J];中國預防獸醫(yī)學報;2010年01期

5 王景鋒;邵軍軍;李菁;高閃電;獨軍政;叢國正;林彤;�；菔|;;Asia I型口蹄疫病毒中和表位與羊IgG重鏈恒定區(qū)的融合表達及免疫原性測定[J];生物工程學報;2010年04期

6 曹蕾;畢勝利;;病毒樣顆粒疫苗的研究進展[J];病毒學報;2011年04期

7 姜昌麗;韓葦;張英起;顏真;;重組人成熟型轉化生長因子β_1及其抗原表位在大腸桿菌中的表達、純化及其免疫原性鑒定[J];中國生物制品學雜志;2007年02期

8 李健;余傳信;;表位疫苗的研究進展[J];中國熱帶醫(yī)學;2007年09期

9 張昱;王永錄;;病毒多表位疫苗研究進展[J];畜牧與獸醫(yī);2008年10期

10 羅彬;林永達;肖紹文;謝小薰;;癌-睪丸抗原NY-ESO-1的表位鑒定及其抗原肽疫苗研究[J];中國免疫學雜志;2009年05期

相關會議論文 前10條

1 田浪;王紅寧;魯?shù)?張云飛;王霆;康潤敏;;IBV優(yōu)勢表位嵌合基因的DNA疫苗構建與免疫原性研究[A];中國畜牧獸醫(yī)學會禽病學分會第十四次學術研討會論文集[C];2008年

2 林祥梅;鄧俊花;李雅靜;吳紹強;;南非Ⅱ型口蹄疫抗原表位篩選、表達及ELISA檢測方法研究[A];動物檢疫學分會2010年學術年會論文集[C];2010年

3 李玉嬌;王晶;趙慧;賈海英;李博;馬秀敏;溫浩;丁劍冰;;細粒棘球絳蟲Eg95抗原表位的二級結構和表位預測[A];2011新型疫苗與抗體創(chuàng)制關鍵技術及質量控制研討會論文集[C];2011年

4 周恩民;郭海龍;彭軍;荊勝濤;孫培明;董施偉;張璐;崔言順;姜世金;常維山;陳自強;;禽戊性肝炎的免疫學研究進展[A];中國畜牧獸醫(yī)學會獸醫(yī)公共衛(wèi)生學分會成立大會暨第一次學術研討會論文集[C];2008年

5 胡曉林;;B細胞抗原表位研究進展[A];天津市核學會2005年學術交流會論文匯編[C];2005年

6 周宇;王永山;范紅結;歐陽偉;唐雨德;王忠燦;;IBDV抗原表位與VP2組合基因的分子構建及其在昆蟲細胞中的表達[A];第四屆第十次全國學術研討會暨動物微生態(tài)企業(yè)發(fā)展戰(zhàn)略論壇論文集（下冊）[C];2010年

7 黃革;王德斌;郭黎平;趙念璽;李媛媛;陸士新;;食管癌相關基因2(ECRG2)多肽C末端抗原表位在E.coli和COS-7細胞中的表達分析[A];科技、工程與經(jīng)濟社會協(xié)調發(fā)展——中國科協(xié)第五屆青年學術年會論文集[C];2004年

8 王進榮;楊利國;;人卵泡抑制素α亞基抗原表位的預測[A];第四屆中國畜牧獸醫(yī)青年科技工作者學術研討會論文集[C];2001年

9 李作生;余興龍;張茂林;喬紅偉;程從升;扈榮良;涂長春;;豬瘟病毒E2抗原單表位4重復基因兔體免疫保護研究[A];中國畜牧獸醫(yī)學會家畜傳染病學分會第六屆理事會第二次會議暨教學專業(yè)委員會第六屆代表大會論文集[C];2006年

10 陳書明;張秋偉;曹瑞兵;陳溥言;;雞腎型傳染性支氣管炎病毒S1抗原表位富集區(qū)在畢赤酵母中的表達[A];全國動物生理生化第十次學術交流會論文摘要匯編[C];2008年

相關重要報紙文章 前10條

1 記者楊健;腫瘤細胞遨游太空后發(fā)生變化[N];人民日報;2003年

2 齊繼成編譯;PowderJect的Fluvirin進入Ⅰ期臨床[N];醫(yī)藥經(jīng)濟報;2003年

3 賢人;唐教授談流感疫苗[N];保健時報;2003年

4 張路 王立成;我國流感疫苗的研發(fā)史[N];健康報;2003年

5 本報記者 洪天語;GLP，困于錢財和人才[N];醫(yī)藥經(jīng)濟報;2004年

6 記者 李泳溈;長春百克多個新藥進入臨床研究[N];吉林日報;2009年

7 王興波;我國獸用生物制品業(yè)面臨的選擇[N];中國畜牧報;2005年

8 王;乙肝疫苗成本有望減少[N];醫(yī)藥經(jīng)濟報;2002年

9 黃敏燕　譯;靜脈用Ferumoxytol可安全有效治療貧血癥[N];中國醫(yī)藥報;2009年

10 記者 張周來　吳小康;志愿者接種正常[N];新華每日電訊;2009年

相關博士學位論文 前10條

1 蔡瑞琨;高免疫原性T細胞抗原表位預測方法的研究[D];華中科技大學;2012年

2 井申榮;微載體制備甲肝滅活疫苗的研究[D];中國協(xié)和醫(yī)科大學;2000年

3 王哲;耶爾森氏菌蛋白在促甲狀腺素受體自身抗體產(chǎn)生中分子模擬機制的研究[D];山東大學;2010年

4 馬海利;O型FMDV復合表位/CTB重組枯草芽孢桿菌構建與實驗免疫[D];吉林大學;2008年

5 郭愛疆;豬帶絳蟲六鉤蚴TSOL18抗原表位及組織定位的研究[D];甘肅農(nóng)業(yè)大學;2010年

6 商紹彬;豬圓環(huán)病毒衣殼蛋白抗原表位的精細定位與間接ELISA檢測技術[D];浙江大學;2007年

7 王艷華;弓形蟲代謝分泌抗原和表面蛋白1抗原表位研究[D];中國農(nóng)業(yè)科學院;2011年

8 李崢;高致病性禽流感H5N1病毒血凝素蛋白中和抗原表位鑒定及其跨物種傳播規(guī)律的研究[D];北京協(xié)和醫(yī)學院;2009年

9 劉霄卉;JSRV表面蛋白抗原表位的篩選及檢測試劑盒的制備[D];內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學;2011年

10 金洪娟;MAGE-1短肽體外免疫效應的實驗研究[D];吉林大學;2011年

相關碩士學位論文 前10條

1 王小娥;利用噬菌體展示技術鑒定vvIBDV抗原表位及多表位模擬蛋白表達[D];山東農(nóng)業(yè)大學;2008年

2 李云云;豬乙型腦炎抗原表位的原核表達及以減毒沙門氏菌為載體的口服疫苗的免疫原性研究[D];四川農(nóng)業(yè)大學;2010年

3 柴偉東;豬傳染性胃腸炎基因工程活疫苗的構建與免疫原性測定[D];華中農(nóng)業(yè)大學;2010年

4 楊錚;低聚糖糖基化法降低牛乳蛋白免疫原性的研究[D];北京林業(yè)大學;2010年

5 王素華;雞E.tenella 5401基因的克隆及免疫原性的研究[D];浙江大學;2004年

6 甘黎明;雞大腸桿菌1型菌毛的抗原性分析及pi/A基因表達載體構建[D];揚州大學;2005年

7 唐艷;TRP-2_（180-188）CTL表位之APL的設計和評價[D];第三軍醫(yī)大學;2005年

8 陳金武;聚乙二醇化重組人生長激素的免疫原性、生物活性及藥代動力學研究[D];安徽大學;2007年

9 趙潔;鴨疫里默氏桿菌自然弱毒株的部分特性研究[D];西南大學;2008年

10 張莉;豬肺炎支原體MY-99株的培養(yǎng)特性、致病性及免疫原性研究[D];四川農(nóng)業(yè)大學;2008年

，

本文編號：2586341