【摘要】：寨卡病毒是一類對人類危害極重的RNA病毒,為了解其密碼子使用特點和主要影響因素,本研究采用CHIPS、CUSP、Codon W和SPSS軟件對寨卡病毒所有基因序列進(jìn)行了偏愛性分析和多元統(tǒng)計分析,獲得了每個基因密碼子3個位置的GC含量和ENC值以及所有基因序列的RSCU值,并與大腸桿菌、酵母、人的密碼子使用頻率進(jìn)行了對比分析。結(jié)果顯示,寨卡病毒GC3含量相對較高,為54.14%,ENC值為52.54,表明該病毒密碼子偏愛性偏低且偏愛以G、C、A堿基結(jié)尾的密碼子,這和一般病毒的偏愛性有所不同。中性繪圖和ENC繪圖分析表明密碼子的偏愛性主要受到選擇作用的影響。通過和其它3種生物密碼子使用頻率進(jìn)行比較,發(fā)現(xiàn)其與人的密碼子使用頻率相差最小。在此基礎(chǔ)上確定了寨卡的18個最優(yōu)密碼子。研究結(jié)果對寨卡病毒尋找最佳宿主進(jìn)行體外表達(dá),從而研發(fā)基因工程疫苗及治療性抗體具有一定的意義。
[Abstract]:Zika virus is a kind of RNA virus which is very harmful to human beings. In order to understand the characteristics of codon usage and the main influencing factors of Zika virus, we analyzed all the gene sequences of Zika virus by using Chipsien CUSPCodon W and SPSS software. The GC content, ENC value and RSCU value of all gene sequences were obtained at three positions of each gene codon, and the frequency of codon usage was compared with that of Escherichia coli, yeast and human. The results showed that the GC3 content of Zika virus was relatively high, which was 54.14 and 52.54, indicating that the codon preference of Zika virus was low and preferred to the codon terminating at the end of the nucleotide base, which was different from that of other viruses. Neutral plot and ENC plot analysis show that the preference of codon is mainly affected by selection. By comparing with the other three kinds of biological codon usage frequency, it is found that the frequency of codon usage is the least different from that of human codon. On this basis, 18 optimal codon of Zika are determined. The results show that it is of significance to develop genetic engineering vaccine and therapeutic antibody in order to find the best host for Zika virus expression in vitro.
【作者單位】： 四川農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院;
【基金】：2013年四川省教育廳青年基金項目(13ZB0294) 2015年四川農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院學(xué)科建設(shè)項目(2015HH0047)共同資助
【分類號】：R373;Q78

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本文編號：2196052