本文選題：納米分子動(dòng)力學(xué)(NAMD) + 可視化分子動(dòng)力學(xué)(VMD)�。� 參考：《中國藥科大學(xué)學(xué)報(bào)》2017年02期

【摘要】：建立含有L-對硝基苯丙氨酸(p-nitro-L-phenylalanine,pNO_2Phe)蛋白的分子動(dòng)力學(xué)模擬方法,分析了含有pNO_2Phe的蛋白具有免疫原性的構(gòu)效關(guān)系,為其他含有非天然氨基酸蛋白的動(dòng)力學(xué)模擬研究提供參考。使用CGenFF-paramchem計(jì)算天然氨基酸中不存在的L-對硝基苯丙氨酸的新的成鍵、鍵角、二面角信息與能量,將新成鍵的鍵長、鍵角、二面角參數(shù)與相應(yīng)的能量信息寫入CHARMM(chemistry at Harvard macromolecular mechanics)力場參數(shù)文件中。重新定義L-對硝基苯丙氨酸的CHARMM力場參數(shù)后,利用納米分子動(dòng)力學(xué)(NAMD)成功對含有L-對硝基苯丙氨酸的B淋巴細(xì)胞刺激因子(BAFF)進(jìn)行動(dòng)力學(xué)模擬。統(tǒng)計(jì)動(dòng)力學(xué)模擬過程中的每一幀體系的溫度,作出的溫度分布圖符合正態(tài)分布,證明了新定義力場參數(shù)的穩(wěn)定性。模擬結(jié)果中,蛋白的均方根偏差(RMSD)在趨近于2.5,pNO_2Phe殘基的均方根漲落(RMSF)為3.7,顯著高于分子的其他部位,表明pNO_2Phe殘基運(yùn)動(dòng)劇烈,蛋白在該殘基附近結(jié)構(gòu)的可變性較大,可能會(huì)產(chǎn)生新的構(gòu)象表位,為含有pNO_2Phe蛋白成為自體疫苗的設(shè)計(jì)提供了理論上的可行性。
[Abstract]:A molecular dynamics simulation method containing p-nitro-L-phenylalanine (p-nitro-L-phenylalanine) protein was established, and the immunogenicity of the protein containing pNO2Phe was analyzed, which provides a reference for the kinetic simulation of other non-natural amino acid proteins. Using CGenFF-paramchem to calculate the new bond, bond angle, dihedral angle and energy of L- p-nitrophenylalanine, which does not exist in natural amino acids, the new bond length, bond angle, The dihedral angle parameter and the corresponding energy information are written into the force field parameter file of CHARMMMU chemistry at macromolecular mechanisms. After redefining the CHARMM force field parameters of L- p-nitrophenylalanine, the kinetics of B lymphocyte stimulating factor (BAFF) containing L- p-nitrophenylalanine was successfully simulated by nano molecular dynamics (NAMD). The temperature distribution diagram of each frame system in the process of statistical dynamics simulation accords with the normal distribution, which proves the stability of the newly defined force field parameters. In the simulated results, RMSD) of the RMSD of the protein approaching to 2.5pNO2Phe residue was 3.7, which was significantly higher than that of the other parts of the molecule, indicating that the movement of the PNO2Phe residue was intense, and the structure of the protein near the residue was more changeable, and the RMSF of the protein was higher than that of the other parts of the molecule, which indicated that the RMSD of the protein was significantly higher than that of the other parts of the molecule. A new conformational epitope may be produced, which provides theoretical feasibility for the design of autogenous vaccine containing pNO2Phe protein.
【作者單位】： 中國藥科大學(xué)生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院;
【基金】：國家教育部博士點(diǎn)基金資助項(xiàng)目(No.20120096110007) 國家自然科學(xué)基金資助項(xiàng)目(No.81273426)~~
【分類號】：R392

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本文編號：2014832