本文選題：Disease + Ontology　； 參考：《哈爾濱醫(yī)科大學(xué)》2011年碩士論文

【摘要】：Disease Ontology（DO）的構(gòu)建促使了疾病和疾病風(fēng)險(xiǎn)因子的研究，通過(guò)它，我們可以用語(yǔ)義相似性的測(cè)度來(lái)研究疾病間的相似性，同時(shí)，通過(guò)基因關(guān)聯(lián)的相似疾病來(lái)理解基因之間的相似性，又可以幫助我們更好的理解疾病的異質(zhì)性和疾病的致病機(jī)理。因此，為了方便的實(shí)現(xiàn)以上功能，我們?cè)贒O體系下構(gòu)建了一個(gè)R軟件包---DOSim。DOSim可以用來(lái)實(shí)現(xiàn)計(jì)算疾病之間的相似性，，基因在疾病層面的相似性以及其他功能，包括富集分析，模塊挖掘，模塊多層注釋，模塊可視化和挖掘特定疾病的子有向無(wú)環(huán)圖等。DOSim能反映疾病相關(guān)基因的模塊特性，幫助我們更好理解疾病的復(fù)雜致病機(jī)理。通過(guò)利用DOSim中疾病相似性計(jì)算這一功能，我們對(duì)128種不同的癌癥計(jì)算相似性矩陣，然后通過(guò)應(yīng)用層次聚類方法，發(fā)現(xiàn)這128種癌癥間呈現(xiàn)模塊特性，并且發(fā)現(xiàn)相同模塊下的疾病中DO有向無(wú)環(huán)圖中呈現(xiàn)層次結(jié)構(gòu)。此外，我們利用DOSim對(duì)361個(gè)肥胖相關(guān)基因進(jìn)行基因功能相似性計(jì)算，并揭示了肥胖的復(fù)雜病理機(jī)制。同時(shí)，對(duì)361個(gè)肥胖相關(guān)基因進(jìn)行模塊挖掘和模塊多層注釋功能幫助我們更好的理解了肥胖疾病的異質(zhì)性特性。DOSim可以從CRAN上獲得，或者從我們的項(xiàng)目主頁(yè)上獲得，其網(wǎng)址是：http://bioinfo.hrbmu.edu.cn/dosim
[Abstract]:In order to realize the above functions , we have constructed an R software package - - DOSI.DOSim , which can be used to calculate the similarity between disease and the pathogenesis of disease .
【學(xué)位授予單位】：哈爾濱醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2011
【分類號(hào)】：R346

【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 鐘伶;林丹紅;;基于Ontology的傳統(tǒng)中醫(yī)藥知識(shí)的概念檢索[J];情報(bào)探索;2007年05期

2 林丹紅;鐘伶;;Ontology在中醫(yī)藥概念表達(dá)中的研究[J];醫(yī)學(xué)信息學(xué)雜志;2007年06期

3 阮學(xué)平;;創(chuàng)建適應(yīng)醫(yī)學(xué)專業(yè)用戶科研進(jìn)程的個(gè)性化服務(wù)環(huán)境[J];醫(yī)學(xué)信息學(xué)雜志;2006年05期

4 陳亮;陶怡;謝建明;孫嘯;;學(xué)習(xí)科學(xué)相關(guān)基因表型Ontology的構(gòu)建及應(yīng)用[J];生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)雜志;2007年01期

5 張曉梅;李丹亞;胡鐵軍;;一體化醫(yī)學(xué)語(yǔ)言系統(tǒng)與本體論研究[J];醫(yī)學(xué)信息學(xué)雜志;2006年02期

6 趙增翰;老年生物學(xué)的回顧與前瞻[J];中國(guó)老年學(xué)雜志;1988年01期

7 陳亮,顧珉,陶怡,謝建明,孫嘯;學(xué)習(xí)科學(xué)相關(guān)基因數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建[J];生物醫(yī)學(xué)工程研究;2004年02期

8 尚鵬,錢(qián)西漢,王成燾;個(gè)性化人工髖關(guān)節(jié)的多代理設(shè)計(jì)系統(tǒng)[J];生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)雜志;2002年02期

9 牟冬梅,崔艷玲;MeSH、本體論在醫(yī)學(xué)知識(shí)組織中的作用[J];情報(bào)雜志;2005年07期

10 李俊,魏艷華,鄭穗生,沈霞;300例鼻咽癌頸淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的細(xì)胞學(xué)研究[J];實(shí)用腫瘤學(xué)雜志;1997年03期

相關(guān)會(huì)議論文 前10條

1 王囡;王大玲;于戈;馬婷;;Ontology-Scalability:一種基于本體實(shí)現(xiàn)社會(huì)網(wǎng)絡(luò)可擴(kuò)展性的算法[A];第二十四屆中國(guó)數(shù)據(jù)庫(kù)學(xué)術(shù)會(huì)議論文集（技術(shù)報(bào)告篇）[C];2007年

2 ;Web Information Extraction based on News Domain Ontology Theory[A];Proceedings 2010 IEEE 2nd Symposium on Web Society[C];2010年

3 劉金紅;陸余良;;一種基于Ontology的網(wǎng)絡(luò)信息過(guò)濾方法研究[A];2005年“數(shù)字安徽”博士科技論壇論文集[C];2005年

4 王敬貴;蘇奮振;楊曉梅;杜云艷;仉天宇;;基于Ontology的空間知識(shí)查詢方法研究[A];第十四屆全國(guó)遙感技術(shù)學(xué)術(shù)交流會(huì)論文摘要集[C];2003年

5 ;A method for OWL Ontology Module Partition[A];Proceedings 2010 IEEE 2nd Symposium on Web Society[C];2010年

6 張亮;陳肇雄;黃河燕;張孝飛;;Ontology在智能信息檢索中的應(yīng)用[A];第二屆全國(guó)學(xué)生計(jì)算語(yǔ)言學(xué)研討會(huì)論文集[C];2004年

7 路濤;;Ontology的釋譯[A];第二屆中國(guó)科技哲學(xué)及交叉學(xué)科研究生論壇論文集（碩士卷）[C];2008年

8 趙書(shū)城;高大慶;趙雅潔;;主題數(shù)字圖書(shū)館中基于Ontology的元數(shù)據(jù)建模研究[A];第二十屆全國(guó)數(shù)據(jù)庫(kù)學(xué)術(shù)會(huì)議論文集（研究報(bào)告篇）[C];2003年

9 周相兵;;基于Ontology的語(yǔ)義Web服務(wù)聚合自動(dòng)機(jī)研究及應(yīng)用[A];第二十七屆中國(guó)控制會(huì)議論文集[C];2008年

10 姚文琳;王莉;王璀民;;基于Ontology的知識(shí)檢索系統(tǒng)的設(shè)計(jì)與實(shí)現(xiàn)[A];2008'中國(guó)信息技術(shù)與應(yīng)用學(xué)術(shù)論壇論文集（一）[C];2008年

相關(guān)重要報(bào)紙文章 前10條

1 清華大學(xué) 陳丹 謝曉芹 蔡月茹;讓知識(shí)可以共享和重用[N];計(jì)算機(jī)世界;2002年

2 何錫蓉;事關(guān)倫理[N];社會(huì)科學(xué)報(bào);2002年

3 俞吾金（復(fù)旦大學(xué)） 楊學(xué)功（中國(guó)社會(huì)科學(xué)院） 張曙光（華中科技大學(xué)） 賀來(lái)（吉林大學(xué)） 高清海（吉林大學(xué)）;超越本體論思維方式[N];社會(huì)科學(xué)報(bào);2002年

4 楊宏聲;“是論”之辨對(duì)于深化中西哲學(xué)比較的意義[N];社會(huì)科學(xué)報(bào);2004年

5 陳峗;文明共存與哲學(xué)的發(fā)展[N];文匯報(bào);2004年

6 億維訊集團(tuán) 宋保華 牛曉;可靠的創(chuàng)新[N];中國(guó)航空?qǐng)?bào);2005年

7 ;哲學(xué)軸心時(shí)代歸來(lái)[N];社會(huì)科學(xué)報(bào);2004年

8 方松華;反思20世紀(jì)中西哲學(xué)比較研究[N];社會(huì)科學(xué)報(bào);2002年

9 中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)知識(shí)管理研究所 周榮庭 陳果;基于知識(shí)管理架構(gòu)電子政務(wù)平臺(tái)[N];中國(guó)計(jì)算機(jī)報(bào);2005年

10 清華大學(xué)計(jì)算機(jī)系 徐劍軍 張釙 李涓子 王克宏;智能化應(yīng)用的基石[N];計(jì)算機(jī)世界;2004年

相關(guān)博士學(xué)位論文 前10條

1 王曉東;基于Ontology知識(shí)庫(kù)系統(tǒng)建模與應(yīng)用研究[D];華東師范大學(xué);2003年

2 常春;Ontology在農(nóng)業(yè)信息管理中的構(gòu)建和轉(zhuǎn)化[D];中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院;2004年

3 姚紹文;語(yǔ)義化Web的關(guān)鍵技術(shù)及其應(yīng)用研究[D];電子科技大學(xué);2002年

4 邱燦華;基于Ontology面向代理的供應(yīng)鏈仿真建模方法研究[D];同濟(jì)大學(xué);2005年

5 梁晟;基于語(yǔ)義Web的服務(wù)自動(dòng)組合技術(shù)的研究[D];中國(guó)科學(xué)院研究生院（軟件研究所）;2004年

6 馮建輝;蛋白質(zhì)對(duì)稱性與β發(fā)卡快速折疊機(jī)制研究[D];華中科技大學(xué);2010年

7 Khalil Ahmed Saleh Al-mekhlafi;[D];大連理工大學(xué);2011年

8 王靖;基于GO的基因功能及疾病相關(guān)通路分析[D];電子科技大學(xué);2012年

9 梅娟;復(fù)雜生物網(wǎng)絡(luò)聚類分析方法[D];江南大學(xué);2010年

10 馬馬杜 �？ɡ�;基于多智能體的流體動(dòng)力行業(yè)虛擬聯(lián)盟信息檢索的研究[D];浙江大學(xué);2002年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前10條

1 李江;基于Disease Ontology的疾病相似性和基因相似性研究[D];哈爾濱醫(yī)科大學(xué);2011年

2 陳章;“Being”、“Ontology”、“Metaphysics”的內(nèi)涵及關(guān)系[D];淮北師范大學(xué);2010年

3 馮璐;網(wǎng)絡(luò)環(huán)境下基于ontology的醫(yī)學(xué)知識(shí)組織研究[D];黑龍江大學(xué);2004年

4 朱增霞;基于Ontology的虛擬社群知識(shí)庫(kù)構(gòu)建與應(yīng)用研究[D];山東理工大學(xué);2012年

5 張琳;基于Ontology和XML的非結(jié)構(gòu)化信息語(yǔ)義表示機(jī)制研究[D];武漢科技大學(xué);2004年

6 陳蘭;基于ontology的信息抽取系統(tǒng)的研究與實(shí)現(xiàn)[D];電子科技大學(xué);2004年

7 孟令謙;基于ontology的中文信息抽取系統(tǒng)的研究與實(shí)現(xiàn)[D];電子科技大學(xué);2004年

8 熊毅;基于ontology的內(nèi)容安全技術(shù)研究與實(shí)現(xiàn)[D];電子科技大學(xué);2004年

9 張?jiān)邶?基于Mobile Agent和ontology的協(xié)同工作引擎[D];電子科技大學(xué);2003年

10 趙軍;一個(gè)基于Ontology的數(shù)字權(quán)限表達(dá)語(yǔ)言的設(shè)計(jì)與實(shí)現(xiàn)[D];東南大學(xué);2004年

本文編號(hào)：1915512