本文選題：軍團(tuán)菌 + 群體遺傳學(xué)�。� 參考：《遼寧大學(xué)》2012年碩士論文

【摘要】：嗜肺軍團(tuán)菌(Legionellapneumophila)廣泛存在于各種水生環(huán)境中，例如江、河、湖泊、冷卻水塔、空調(diào)、噴泉、加濕器等。嗜肺軍團(tuán)菌是軍團(tuán)病的致病因子，吸入軍團(tuán)菌污染的水汽可發(fā)生軍團(tuán)病的感染，經(jīng)常引起散發(fā)病例，以及社區(qū)獲得的暴發(fā)疫情。本研究針對(duì)廣州地區(qū)分離的116株嗜肺軍團(tuán)菌，采用序列分型方法(Sequence-based-technology，SBT)方法進(jìn)行分型研究，旨在了解廣州地區(qū)水環(huán)境中嗜肺軍團(tuán)菌的群體遺傳學(xué)特征，為我國(guó)軍團(tuán)病的分子流行病學(xué)研究提供依據(jù)。對(duì)116分離株的7個(gè)等位基因進(jìn)行PCR擴(kuò)增測(cè)序，獲得各個(gè)分離株的等位基因譜(allelicprofile)和序列型(sequencetype，ST)。隨后以等位基因譜和ST型為基礎(chǔ)，利用Bionumerics6.6，eBURST，START2.0，SplitsTree4.0，RDP3.0，ClonalFrame等軟件，對(duì)廣州地區(qū)軍團(tuán)菌的群體遺傳學(xué)結(jié)構(gòu)進(jìn)行深入分析。Bionumerics6.6軟件對(duì)116分離株SBT分型，共確定了30個(gè)ST型，其中有16個(gè)為新ST型；eBURST對(duì)ST型的克隆群(ClonalComplex，CCs)分析，共得到2個(gè)克隆群和22個(gè)單一ST型(singletons)；在CC1中ST-1被鑒定為祖先。利用START2.0分別對(duì)30個(gè)ST和116分離株計(jì)算連鎖不平衡，116株分離樣品得到ISA=0.6969(p0.001)，，30個(gè)ST得到的ISA=0.3259(p0.001)；SplitsTree4.0對(duì)30個(gè)ST型和116分離株的拼接序列構(gòu)建分裂樹，均得到網(wǎng)狀樹，以上結(jié)果表明嗜肺軍團(tuán)菌中存在重組。利用RDP3.0對(duì)30個(gè)ST型和116分離株的拼接序列進(jìn)行重組事件估算，30個(gè)ST型預(yù)測(cè)到5個(gè)重組事件，而116分離株預(yù)測(cè)3個(gè)可能的重組事件。ClonalFrame計(jì)算重組與突變的比例r/m=0.9(0.95%[0.2-1.9])；表明嗜肺軍團(tuán)菌中雖然存在重組，但不足以影響其群體遺傳學(xué)結(jié)構(gòu)。本研究還結(jié)合歐洲軍團(tuán)菌感染工作組(EuropeanWorkingGroupforLegionellaInfections，EWGLI)對(duì)全世界軍團(tuán)菌的研究數(shù)據(jù)，初步分析了世界軍團(tuán)菌的種群結(jié)構(gòu)。綜合以上分析可以確定廣州水環(huán)境分離的116分離株的種群結(jié)構(gòu)為克隆化(Clonal)。
[Abstract]:This study is aimed to understand the population genetics characteristics of basophilic bacteria in the water environment of Guangzhou , and to provide the basis for the molecular epidemiology study of the disease in Guangzhou . Based on the alleles spectrum and ST type , we analyzed the population genetics structure of legionum in Guangzhou area by using software of Bionumerics6 . 6 , eburst , START2 . 0 , SplitsTree 4.0 , RDP3 . 0 , ClonalFrame and so on .
Two clones were obtained and 22 single ST - type ( singletons ) were obtained by eburst ' s analysis of ST - type clones ( CCs ) .
In CC1 , ST - 1 was identified as an ancestor . Using START2.0 , the linkage disequilibrium was calculated for 30 ST and 116 isolates , and 116 isolates were ISA = 0.6969 ( p0.001 ) and 30 ST - derived ISA = 0.3259 ( p0.001 ) ;
By using RDP3.0 to estimate the recombination events , 30 ST - type and 116 isolates were used to estimate the recombination events , while 116 isolates predicted three possible recombination events .
In this study , the population structure of the world military community was preliminarily analyzed . The population structure of 116 isolates from Guangzhou water environment was determined to be Clonal .

【學(xué)位授予單位】：遼寧大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2012
【分類號(hào)】：R378

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前1條

1 劉洪亮;檢驗(yàn)嗜肺軍團(tuán)桿菌新方法[J];天津科技;2004年02期

本文編號(hào)：1826366