本文選題：登革型病毒　切入點：全基因組　出處：《中國人獸共患病學報》2017年10期

【摘要】：目的闡明云南省2015年5株登革4型病毒(DENV-4)流行株的全基因組序列特征及分子流行病學特點。方法采用C6/36細胞培養(yǎng)法分離病毒,用RT-PCR法擴增新分離DENV-4的全基因組序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息學軟件進行核苷酸和推導氨基酸序列同源性及系統(tǒng)進化分析。結(jié)果從2015年云南省瑞麗市登革熱患者血清中分離到5株DENV-4(本地病例2株,來自緬甸臘戍和南坎市輸入性病例3株)。經(jīng)RT-PCR和序列測定,獲得這5株DENV-4的全基因組序列(10 661nt),其開放讀碼框(103-10 264)編碼3 386個氨基酸。全基因組或結(jié)構(gòu)蛋白和非結(jié)構(gòu)蛋白基因序列的系統(tǒng)進化和同源性分析表明,云南分離株間高度同源并聚集為一個進化支,并與泰國不同年代DENV-4基因I型(G-I)流行株具有較近的進化關(guān)系和較高的同源性,同屬G-I。云南株和泰國株均與同基因型的DENV-4原型株(H241,1956年菲律賓)和中國廣州1990年B5株親緣性和同源性都較低。云南株與H241株在結(jié)構(gòu)蛋白或非結(jié)構(gòu)蛋白中分別存在21和45個氨基酸位點差異。結(jié)論首次獲得云南省DENV-4分離株的全基因組序列并發(fā)現(xiàn)它們與近期東南亞DENV-4G-I流行株親緣關(guān)系較近。首次證實云南省存在DENV-4本地流行,傳播來源為相鄰緬甸北部邊境地區(qū)。云南分離株某些氨基酸位點的改變是否與其抗原性和毒力有關(guān)尚需進一步研究。
[Abstract]:Objective to elucidate the characteristics of the whole genome sequence and molecular epidemiology of five dengue type 4 virus (DENV-4) strains in Yunnan Province in 2015. Methods the virus was isolated by C6 / 36 cell culture method and the whole genome sequence of newly isolated DENV-4 was amplified by RT-PCR. Nucleotide and deduced amino acid sequence homology and phylogenetic analysis were carried out using bioinformatics software such as ClastalX1.83 and MEGA6. Results five DENV-4 strains were isolated from serum of dengue fever patients in Ruili City, Yunnan Province in 2015. Three strains of imported cases from Lasso and Namkam, Myanmar. RT-PCR and sequence analysis were performed. The whole genome sequence of these five DENV-4 strains was 10661ntTN, which encodes 3 386 amino acids. The phylogeny and homology analysis of the whole genome or structural protein and non-structural protein gene sequence showed that the sequence of the whole genome or structural protein and the non-structural protein gene were homologous. The isolates from Yunnan were highly homologous and clustered into an evolutionary branch, and had a close evolutionary relationship and high homology with the epidemic strains of DENV-4 gene type I in Thailand in different ages. The relationship and homology between Yunnan strain and H241 strain were lower than those of H241 (1956, Philippines) and 1990 B5 strain (Guangzhou, China). There were 21% structural protein or non-structural protein in Yunnan strain and H241 strain, respectively. Conclusion the whole genome sequence of DENV-4 isolates from Yunnan Province was obtained for the first time, and their genetic relationship with the recent DENV-4G-I epidemic strains in Southeast Asia was found to be close. It is the first time to confirm the existence of DENV-4 endemic in Yunnan Province. The source of transmission is the border area of northern Myanmar. Whether the change of amino acid sites of Yunnan isolate is related to its antigenicity and virulence should be further studied.
【作者單位】： 成都軍區(qū)疾病預(yù)防控制中心;瑞麗市疾病預(yù)防控制中心;
【基金】：國家十三五重大專項(No.2016YFC1200100) 全軍青年培育項目(No.15QNP035) 中國博士后基金項目(No.2015M582907和2016T91009)聯(lián)合資助~~
【分類號】：R373

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