發(fā)布時間：2018-01-14 08:11

  本文關(guān)鍵詞：高通量測序H6N6亞型禽流感病毒及遺傳進(jìn)化分析　出處：《華南預(yù)防醫(yī)學(xué)》2016年04期 　論文類型：期刊論文

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【摘要】：目的對2013年在廣東地區(qū)活禽交易市場外環(huán)境中分離到的2株H6N6亞型禽流感病毒株進(jìn)行全基因組測序和遺傳進(jìn)化分析,為廣東地區(qū)外環(huán)境禽流感病毒監(jiān)控提供實驗數(shù)據(jù)。方法應(yīng)用Ion Torrent對2份樣本[A/Environment/Guangdong/SW-C12382070/2013(H6N6)和A/Environment/Guangdong/SW-C12382099/2013(H6N6)]進(jìn)行高通量測序,然后采用分子生物學(xué)軟件對測序結(jié)果進(jìn)行序列分析。結(jié)果 BLAST結(jié)果顯示,2株毒株血凝素蛋白(HA)基因裂解位點附近序列均為P-Q-I-E-T-R-G,僅含有1個堿性氨基酸,是典型的低致病性禽流感病毒特征序列。2株毒株的HA基因與越南分離株A/duck/Nha Trang/60/2013(H6N6)相似性最高,神經(jīng)氨酸酶(NA)基因與湖南分離株A/chicken/Hunan/S4495/2010(H6N6)相似性最高。全基因組序列遺傳進(jìn)化分析結(jié)果顯示,2株毒株的8個基因片段均屬于歐亞譜系的禽源進(jìn)化分支,其中HA基因?qū)儆赟T2853-like分支,NA基因?qū)儆赟T192-like分支,核蛋白(NP)基因?qū)儆贖N573-like分支,堿性聚合酶2(PB2)、堿性聚合酶1(PB1)、酸性聚合酶(PA)、基質(zhì)蛋白(M)和非結(jié)構(gòu)蛋白(NS)基因?qū)儆赟T339-like分支。結(jié)論本研究中的2株H6N6亞型禽流感病毒株為同一亞型不同基因群間基因交換的重組病毒。
[Abstract]:Objective to sequence the whole genome and analyze the genetic evolution of two strains of H6N6 subtype avian influenza virus isolated from live poultry market in Guangdong in 2013. To provide experimental data for monitoring avian influenza virus in Guangdong province. Methods two samples were collected by Ion Torrent. [Ar / Environmental / Guangdong / SW-C12382070 / 2013H6N6). And A / P environment / SW-C12382099 / 2013 / H6N6)] high-throughput sequencing. Then the sequencing results were analyzed by molecular biology software. The results of BLAST showed that. The sequence near the cleavage site of the two strains of hemagglutinin protein (HA) gene was P-Q-I-E-T-R-G, which contained only one basic amino acid. The HA gene of A / Duck / Nha Trang-R / 60 / 2013 H6N6 is the most similar between the HA gene of the typical low pathogenic avian influenza virus characteristic sequence .2 strain and the Vietnamese isolate A / Duck / Nha Trang-R / 60 / 2013 (H6N6). Neuraminidase NAA gene and Hunan isolate A / chicken / Hunan / S 4495 / 2010 H6N6). The genetic evolution analysis of the whole genome sequence showed the highest similarity. The 8 gene fragments of the two strains belong to the avian evolutionary branch of the Eurasian lineage, and the HA gene belongs to the ST2853-like branch and na gene belongs to the ST192-like branch. The nucleoprotein (NPN) gene belongs to the HN573-like branch, alkaline polymerase 2 (Pb2), alkaline polymerase 1 (Pb1) and acidic polymerase (PPA). Matrix protein (M) and nonstructural protein (NSN). Conclusion the two strains of H6N6 subtype avian influenza virus in this study are recombinant viruses with gene exchange among different gene groups of the same subtype.
【作者單位】： 廣東省疾病預(yù)防控制中心;華南農(nóng)業(yè)大學(xué)獸醫(yī)學(xué)院;中山大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院;廣州市疾病預(yù)防控制中心;
【分類號】：R373
【正文快照】： 禽流感病毒(AIV)屬于正粘病毒科流感病毒屬的A型流感病毒,基因組含8個節(jié)段,能引起禽類呼吸道感染或疾病綜合征。根據(jù)病毒表面血凝素(HA)和神經(jīng)氨酸酶(NA)抗原性的不同可將流感病毒劃分為H1~H18共18個HA亞型和N1~N11共11個NA亞型[1-2],除H17N10和H18N11分離于蝙蝠,目前已知的各

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本文編號：1422738