本文關(guān)鍵詞：無規(guī)生物大分子與配體耦合的折疊機(jī)制　出處：《上海交通大學(xué)》2011年碩士論文　論文類型：學(xué)位論文

  更多相關(guān)文章： 無規(guī)結(jié)構(gòu) 耦合 誘導(dǎo)契合 構(gòu)象選擇 分子動(dòng)力學(xué)模擬

【摘要】：天然無規(guī)蛋白質(zhì)在天然狀態(tài)下不具有確定的三維結(jié)構(gòu)，以松散無規(guī)則的結(jié)構(gòu)存在，卻仍具有正常的生物活性。經(jīng)預(yù)測(cè)，真核生物中約有27%-41%的蛋白是天然無規(guī)的，現(xiàn)有詳細(xì)信息的天然無規(guī)蛋白有643個(gè)。很多無規(guī)蛋白質(zhì)在結(jié)合配體后會(huì)進(jìn)行有序折疊，形成穩(wěn)定的結(jié)構(gòu)，并發(fā)揮特定的生物學(xué)功能。目前，關(guān)于這種與配體耦合的蛋白質(zhì)折疊機(jī)制有兩種模型假說，即誘導(dǎo)契合和構(gòu)象選擇機(jī)制。在本研究中，我們用溶劑下的全原子分子動(dòng)力學(xué)模擬分別對(duì)三個(gè)不同體系進(jìn)行模擬，，來探究無規(guī)生物大分子與配體耦合的折疊機(jī)制。我們首先模擬了無規(guī)蛋白TIS11dTZF在mRNA耦合條件下，以及無規(guī)蛋白Brinker在DNA耦合條件下的折疊過程，進(jìn)而將實(shí)驗(yàn)對(duì)象由無規(guī)蛋白擴(kuò)展到天然無規(guī)的核酸，模擬了無規(guī)snRNA在蛋白U1A耦合條件下的折疊過程。我們的模擬結(jié)果與實(shí)驗(yàn)中觀察到的現(xiàn)象呈現(xiàn)很好的一致性。通過分析模擬結(jié)果，我們發(fā)現(xiàn)三個(gè)復(fù)合體系的折疊路徑與無規(guī)生物大分子相比都發(fā)生了顯著改變，并對(duì)三個(gè)體系的分子折疊機(jī)制進(jìn)行了分析和探討。
[Abstract]:Natural random protein has a three-dimensional structure determined under natural state, with loose structure without rules, but still have normal biological activity. The prediction of eukaryotic protein is about 27%-41% of the natural random, with existing information natural random protein has 643 many random. Protein orderly folded in ligand binding, the formation of a stable structure, and play specific biological functions. At present, the mechanism of protein folding and ligand coupling on this two kinds of model hypothesis, namely induced fit and conformation selection mechanism. In this study, we use the all atom molecular dynamics simulation of solvent three different systems are simulated to explore the folding mechanism ofdisordered biological macromolecular coupled with ligands. We first simulated random protein TIS11dTZF in mRNA coupling condition, and random protein Brinker in D The folding process of NA under the condition of the coupling, and the experimental object by random nucleic acid protein extended to natural random simulation, the snRNA protein folding process in U1A coupling conditions. Our simulation results and experimental phenomena observed in showing good agreement. Through the analysis of the simulation results, we found that the folding path of three composite system compared with the random biological macromolecules have undergone significant changes, and the three molecule folding mechanism was analyzed and discussed.

【學(xué)位授予單位】：上海交通大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2011
【分類號(hào)】：R346

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本文編號(hào)：1403262