本文關(guān)鍵詞：最大熵算法在SNP與疾病關(guān)聯(lián)性研究的應(yīng)用　出處：《西安電子科技大學(xué)》2011年碩士論文　論文類型：學(xué)位論文

  更多相關(guān)文章： SNP 穩(wěn)定性 最大熵 解交叉 bootstrap

【摘要】：單核苷酸多態(tài)性(SNP)是一種由人類DNA的等位基因變異導(dǎo)致的DNA的多態(tài)性。醫(yī)學(xué)研究證明,SNP與人類的許多疾病都有著密切的聯(lián)系,對(duì)SNP與人類疾病之間的相關(guān)性進(jìn)行研究能夠提早發(fā)現(xiàn)可能在患者身上出現(xiàn)的潛在疾病,在醫(yī)學(xué)研究上能夠?qū)σ恍┮呻y雜癥的形成原因提供理論依據(jù),在對(duì)威脅人類健康的重大疾病的預(yù)防與治療提供更加深入的診斷方式。同時(shí)這一研究目前在世界范圍尚屬前沿領(lǐng)域,具有重大意義。 本文研究了通過最大熵對(duì)SNP與疾病相關(guān)性建模的方法。針對(duì)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)中存在的小樣本、信息交叉的情況,提出了bootstrap、穩(wěn)定性計(jì)算及解交叉等數(shù)據(jù)處理方法,分析了各個(gè)方法的原理及實(shí)驗(yàn)中的作用,通過這些方法對(duì)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行數(shù)據(jù)擴(kuò)展、穩(wěn)定性計(jì)算、信息解交叉等工作。同時(shí)從理論上分析了最大熵方法在本文工作中的適用性,并利用最大熵方法建立SNP與疾病相關(guān)性的模型。通過對(duì)真實(shí)SNP樣本數(shù)據(jù)進(jìn)行實(shí)驗(yàn),求解出每個(gè)SNP模型的致病概率,并利用測試樣本對(duì)結(jié)果的性能進(jìn)行評(píng)價(jià)。通過實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證了bootstrap最大熵方法對(duì)SNP與疾病相關(guān)性模型的優(yōu)化作用,對(duì)比解交叉前后的實(shí)驗(yàn)結(jié)果,驗(yàn)證了解交叉方法對(duì)實(shí)驗(yàn)性能的提升作用。對(duì)實(shí)驗(yàn)中出現(xiàn)的問題做了分析,指出了SNP與疾病相關(guān)性研究的下一步工作思路。
[Abstract]:Single nucleotide polymorphism (SNP) is a kind of polymorphism caused by human DNA allelic variants of DNA. Medical studies have shown that many diseases and human SNP are closely linked, the correlation between SNP and human disease research can be found early in patients with underlying disease may appear on the body that can provide the theoretical basis for the formation of some Difficult miscellaneous diseases in medical research, provide more in-depth diagnostic methods in the prevention and treatment of major diseases threatening human health. At the same time, the present research is still in the world before the field is of great significance.
This paper studies the method of SNP and disease correlation modeling through the maximum entropy. According to the existing experimental data in small sample information, cross, put forward bootstrap, stability calculation and processing method of cross data analysis solutions, principle and experiment of each method in the role of experimental data expansion, stability calculation through these methods, information and so on. At the same time cross solution from the theoretical analysis of the applicability of the maximum entropy method in this work, and the maximum entropy method is used to establish the relationship between SNP and disease model. Through the experiment of real SNP data, calculate the pathogenic probability of each SNP model, and evaluate the performance of the the results of the test samples was verified by experiments. The optimization function of bootstrap maximum entropy method to SNP and disease correlation model, compared the experimental results before and after the solution of cross validation. Understand the improvement of cross method on the performance of the experiment. Analyze the problems in the experiment, and point out the next step of SNP related research.

【學(xué)位授予單位】：西安電子科技大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2011
【分類號(hào)】：R394

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本文編號(hào)：1374398