發(fā)布時(shí)間：2017-11-24 12:29

  本文關(guān)鍵詞：輪狀病毒非結(jié)構(gòu)蛋白NSP1與干擾素調(diào)節(jié)因子結(jié)合結(jié)構(gòu)域的分析

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【摘要】：目的同源模建輪狀病毒NSP1 C末端效應(yīng)區(qū)及干擾素調(diào)節(jié)因子IRF3、IRF5、IRF7結(jié)合結(jié)構(gòu)域(IAD)的三維結(jié)構(gòu),應(yīng)用分子對(duì)接的方法,預(yù)測(cè)NSP1與IRF的候選結(jié)合氨基酸殘基。方法以Prot Scale進(jìn)行疏水性分析,APBS進(jìn)行表觀靜電勢(shì)的分析,采用MODELLER程序進(jìn)行三維結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè),對(duì)NSP1 C末端效應(yīng)區(qū)和IRF3、IRF5、IRF7的IAD應(yīng)用PLATINUM程序進(jìn)行分子對(duì)接,尋找它們的結(jié)合位點(diǎn)。結(jié)果 NSP1與IRF3、IRF5、IRF7的作用表現(xiàn)為2個(gè)不同類(lèi)型,其中NSP1與IRF3的作用位點(diǎn)集中在效應(yīng)區(qū)LEU 3~ARG 67一個(gè)較大范圍內(nèi);作用方式呈現(xiàn)多樣性(疏水作用、芳香共軛作用以及氫鍵作用);NSP1與IRF5、IRF7的作用位點(diǎn)集中在效應(yīng)區(qū)SER74~GLU87一個(gè)較小的范圍內(nèi),作用方式也表現(xiàn)為單一的氫鍵作用。結(jié)論應(yīng)用計(jì)算機(jī)模擬技術(shù)預(yù)測(cè)了NSP1和IRF3、IRF5、IRF7的作用方式及結(jié)合位點(diǎn),為進(jìn)一步研究NSP1對(duì)IRF的作用提供一些新的思路。
【作者單位】： 蘭州生物制品研究所有限責(zé)任公司疫苗一室甘肅省疫苗工程技術(shù)研究中心;
【分類(lèi)號(hào)】：R373
【正文快照】： 輪狀病毒(Rotavirus,RV)屬于呼腸病毒科輪狀病毒屬,是二十面體、無(wú)包膜、具有2層衣殼的雙鏈RNA病毒。該病毒主要在小腸絨毛上皮細(xì)胞內(nèi)復(fù)制,是全球兒童重癥腹瀉的最常見(jiàn)病原體[1]。RV基因組由11個(gè)不連續(xù)的節(jié)段組成,分別編碼6個(gè)結(jié)構(gòu)蛋白和6個(gè)非結(jié)構(gòu)蛋白,由第5基因片段編碼的非結(jié)

【相似文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：1222286