竹節(jié)參,五加科人參屬,是具有極高藥用價(jià)值的珍稀瀕危藥用植物。但竹節(jié)參的居群混雜亟需建立一種能準(zhǔn)備鑒別竹節(jié)參不同居群來源的方法�；谇捌诒容^轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)篩選竹節(jié)參SNP位點(diǎn),并基于這些SNP位點(diǎn)設(shè)計(jì)特異性引物,并對(duì)來自不同居群的竹節(jié)參(云南魯?shù)椤⒑比A中藥用植物園、四川樂山、陜西平利縣、湖北七姊妹山)進(jìn)行PCR鑒定和優(yōu)化。結(jié)果篩選得到磷酸甲羥戊酸激酶1(PMK1)基因上的A/G點(diǎn)突變是可鑒別不同居群竹節(jié)參遺傳變異的有效SNP位點(diǎn)。本實(shí)驗(yàn)室初步建立了基于竹節(jié)參的單核苷酸多態(tài)性(SNP)位點(diǎn)的PCR體系,進(jìn)一步鑒別了不同居群的竹節(jié)參,為實(shí)現(xiàn)竹節(jié)參及其近緣種的分子鑒別奠定基礎(chǔ)。

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圖1SNP突變類型分布

通過轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)的拼接比對(duì),初步篩選獲得了371358個(gè)單位點(diǎn)突變。其中以質(zhì)量值大于等于30的位點(diǎn)有218464個(gè),其中包括堿基轉(zhuǎn)換位點(diǎn)126262個(gè),顛換型位點(diǎn)92203個(gè),轉(zhuǎn)換與顛換比為1.37。在轉(zhuǎn)換位點(diǎn)中,A/G和G/A分別有27317個(gè)(占比21.63%),3....

圖2PCR擴(kuò)增電泳

初步篩選出能用于后續(xù)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的結(jié)果后,采用竹節(jié)參模板DNA(DNA1-5:①四川樂山竹節(jié)參、②湖北華中藥用植物園竹節(jié)參、③云南魯?shù)橹窆?jié)參、④湖北七姊妹山竹節(jié)參、⑤陜西平利縣竹節(jié)參)繼續(xù)進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。為了使擴(kuò)增出的產(chǎn)物在電泳結(jié)果中能顯示出更明亮的條帶,實(shí)驗(yàn)在原來的梯度退火溫度上繼續(xù)提升....

圖3不同居群竹節(jié)參DNA的多態(tài)性

接下來設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)消除非特異性條帶以及篩選在5個(gè)不同來源竹節(jié)參中均能體現(xiàn)多態(tài)性的引物。在正常實(shí)驗(yàn)的條件下,對(duì)實(shí)驗(yàn)的退火溫度進(jìn)行了三次調(diào)整。在引物原有的退火溫度基礎(chǔ)上提升1℃(57℃)、3℃(59℃)后,結(jié)果顯示非特異性條帶十分明顯,且?guī)缀鯚o特異性條帶。而退火溫度提升2℃(5....

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