目的對藥食同源植物草豆蔻Alpinia katsumadai進行基因組調(diào)研分析,完善草豆蔻基因組遺傳信息。方法研究采用Illumina高通量測序技術(shù),基于K-mer分析手段來研究草豆蔻基因組的大小及雜合度,利用MISA方法分析可能的SSR分子標記。結(jié)果草豆蔻的基因組大小為1.60 Gb,基因組雜合度為0.44%,重復序列比例為72.72%;在基因組序列中,進行SSR分子標記分析,共鑒定出了364 395個SSR,其中,單、雙、三核苷酸重復模體的比例較高,分別占比64.25%、24.05%、10.31%;從測序得到的350 bp文庫中,隨機取10 000條單端reads,與NT庫進行BLAST比對,發(fā)現(xiàn)草豆蔻的近緣物種艷山姜Alpinia zerumbet和小豆蔻Elettaria cardamomum上的reads數(shù)分別占比對上NT庫reads數(shù)的12.89%和12.36%。結(jié)論通過對草豆蔻植物的基因組大小、雜合度調(diào)查及SSR分子標記分析表明,草豆蔻物種基因組屬于高重復、大基因組的復雜基因組,這為草豆蔻的資源保護和遺傳多樣性分析及品種選育提供了遺傳信息支撐。

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【文章目錄】：
1 材料與儀器
    1.1 材料
    1.2 儀器與試劑
2 方法
    2.1 基因組DNA的提取
    2.2 測序數(shù)據(jù)質(zhì)控
    2.3 21-mer分析及基因組大小估計
    2.4 SSR分析
3 結(jié)果與分析
    3.1 草豆蔻基因組DNA的提取
    3.2 草豆蔻測序數(shù)據(jù)和拼接
    3.3 草豆蔻基因組大小及雜合度估計
    3.4 草豆蔻基因組SSR分析
    3.5 草豆蔻物種比對分析
4 討論



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