目的估測廣金錢草的基因組大小,為廣金錢草基因組測序提供依據(jù)。方法采用流式細胞術(shù)和全基因組調(diào)查（Genome Survey）相結(jié)合的方法預(yù)估廣金錢草基因組大小和雜合度。以O(shè)TTO裂解液提取廣金錢草細胞核,碘化丙啶對細胞核染色,以番茄為內(nèi)參,運用流式細胞術(shù)預(yù)估廣金錢草基因組大小;通過第二代高通量測序技術(shù)對廣金錢草基因組進行低覆蓋度評估,利用生物信息學(xué)方法估算GC含量、雜合率、重復(fù)序列等。結(jié)果流式細胞術(shù)估算廣金錢草的基因組大小為（654.80±11.88）Mbp,經(jīng)Genome Survey測定獲得廣金錢草有效數(shù)據(jù)99.18 Gb,總測序深度約為153.86×,估計基因組的大小約644.62 Mbp,雜合率約0.07%,重復(fù)序列含量約59.71%。結(jié)論兩種方法測得廣金錢草基因組大小基本一致,基因組大小適中,雜合度較低,適合進一步的結(jié)構(gòu)基因組研究。 

【文章來源】：中藥新藥與臨床藥理. 2020,31(10)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：5 頁

【部分圖文】：

廣金錢草C值的流式圖

使用廣金錢草基因組99.18 Gb的數(shù)據(jù)和2個270 bp文庫數(shù)據(jù)構(gòu)建k=21的K-mer分布圖（見圖2）。由圖2可知，平均K-mer深度即主峰對應(yīng)的K-mer深度為127。K-mer深度出現(xiàn)在主峰對應(yīng)深度2倍以上的序列為重復(fù)序列，即深度大于254的K-mer序列為重復(fù)序列。K-mer深度出現(xiàn)在主峰對應(yīng)深度一半處的序列為雜合序列，即深度出現(xiàn)在63附近的K-mer序列為雜合序列。從測序數(shù)據(jù)中得到的總K-mer數(shù)為85 936 333 901個，去除深度異常的K-mer后，共82 181 937 866個，計算得到的基因組長度約644.62 Mbp，估計重復(fù)序列含量約59.71%，沒有明顯雜合峰，雜合度約0.07%。2.2.3評估GC含量

【參考文獻】：
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本文編號：3610249