大學從事博士后研究工作。1988年回國，同年晉升為教授。1993年聘為博士生導師。龔曉南教授在復合地基和地基處理理論及工程實踐，以及地基處理技術的普及推廣、基坑圍護設計、基礎工程施工環(huán)境效應及對策、土木工程教育和人才培養(yǎng)等方面作出了突出的貢獻，2002年獲茅以升土力學及基礎工程大獎。 1992年出版了國內外第一部復合地基專著《復合地基》,首次提出廣義復合地基理論框架。2002年出版《復合地基理論及工程應用》，完善了廣義復合地基理論體系。自1991年起將研究成果應用于多項工程。在廣義復合地基方面取得的創(chuàng)新成果已被業(yè)界廣泛引用�！稄V義復合地基理論及工程應用》項目2003年通過鑒定，總體研究成果處于國際領先水平。參加一系列軟土地基處理工程的咨詢與設計工作。1984年參加組織編寫《地基處理手冊》，1990年創(chuàng)辦《地基處理》刊物， 2000年主編《地基處理手冊》第二版，2004年主編《地基處理技術發(fā)展與展望》，長期主持中國土木工程學會土力學及巖土工程分會地基處理學術委員會工作。主編《深基坑工程設計施工手冊》（1998），主持多項深、大基坑工程設計。在《深埋重力—門架式圍護結構性狀研究與應用》和《軟土地基基坑工程環(huán)境效應和控制方法》等領域的研究成果提高了我國基坑工程設計水平。主持中國建筑學會建筑施工學術委員會基坑工程專業(yè)委員會工作。作為浙江大學分項目負責人主持國家自然科學基金重點項目《受施工擾動影的土體環(huán)境穩(wěn)定理論和控制方法》研究工作。該項目獲2003年教育部科技進步一等獎。主持解決各地多項工程因基礎工程施工造成的環(huán)境影響問題。長期從事軟粘土地基性狀研究，將本構理論、滑移線場理論和極限分析法在土工中的應用融為一體，編著《土塑性力學》, 促進了塑性理論在土工中的應用。著《高等土力學》、主編《土工計算機分析》。主持多項工程的加固和糾傾工作。自1984年相繼開設了高等土力學、土塑性力學、工程材料本構方程、計算土力學、地基處理技術和廣義復合地基理論等研究生課程，相繼出版的教材得到廣泛好評。已指導碩士58名，，博士58名。發(fā)表刊物論文和專題報告等300余篇，出版著作26部。