目的利用16S rRNA高通量測序研究廣西水牛研究所3品種水牛生鮮乳中的細菌多樣性。方法提取當(dāng)天采集的水牛生乳樣本細菌總DNA、PCR擴增細菌的16SrDNA、純化PCR擴增目的片斷,將PCR產(chǎn)物與pMD18-T載體連接,構(gòu)建其菌群的16S rDNA文庫。用Miseq對其16S rRNA基因的V3-V4可變區(qū)進行測序以及基于局部比對算法的搜索工具(basic local alignment search tool, BLAST)比對。結(jié)果 3品種27個樣本共獲得1223個光轉(zhuǎn)化單元(optical transform unit, OTUs),三品雜水牛乳、摩拉水牛乳、尼里-拉菲水牛乳獨有的OTU分別為295、41和42,共有OTU為511。物種組成與豐度差異顯示:3品種優(yōu)勢菌門為:變形菌門(Proteobacteria)、厚壁菌門(Firmicutes)、擬桿菌門(Bacteroidetes)。優(yōu)勢菌屬為:金黃桿菌屬(Chryseobacterium)、不動桿菌屬(Acinetobacter)、乳球菌屬(Lactococcus)、假單胞菌屬(Pseusomonas)。樣本層級聚類顯示:...

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圖1樣本序有效列長度分布

隨機抽取一定數(shù)量的樣本序列,統(tǒng)計這些序列對應(yīng)樣本的Alpha多樣性指數(shù),以抽取的序列數(shù)據(jù)量為橫坐標(biāo),以Alpha為縱坐標(biāo),繪制稀釋性曲線(rarefactioncurve),根據(jù)曲線是否達到平緩來判斷測序數(shù)據(jù)量是否足夠[8]。稀釋性曲線主要反映測序深度,并間接反映出樣本中物種的....

圖2樣本OTU分布韋恩圖

圖1樣本序有效列長度分布3.2物種組成與豐度差異分析

圖3Sobs指數(shù)稀釋性曲線

以樣本OTU的物種分類結(jié)果為依據(jù),按菌落柱形圖在屬的分類水平,以相對豐度≥0.1%為閾值,對3品種水牛乳的細菌種類和豐度進行統(tǒng)計,橫坐標(biāo)為樣本,縱坐標(biāo)為菌群豐度,不同顏色代表不同的物種,柱子的長短代表該物種所占比例大小[10]。由圖5可知,27個樣本共檢測到19個細菌屬,剩余相對....

圖4香農(nóng)指數(shù)稀釋性曲線

圖3Sobs指數(shù)稀釋性曲線圖5樣本基于屬水平的群落分布

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